庫圖佐夫下令在波克洛納亞山上建一個炮臺，但是據葉爾莫洛夫將軍所說，這位老謀深算的將軍根本沒有在那兒戰鬥的意圖，他正在尋找一個合適的藉口撤退。

1812年9月1日，距離德拉戈米洛夫哨位約4km遠的菲利村莊邊緣，庫圖佐夫在一個農戶家裡召開了戰時會議。受邀出席的人員包括戰爭大臣巴克萊·德·託利、總參謀長本尼格森、第2集團軍司令多克圖羅夫、軍需總監托爾、第1集團軍司令伊爾·莫洛夫，以及烏瓦羅夫將軍、奧斯特曼·托爾斯泰將軍、科諾夫尼岑將軍和拉耶夫斯基將軍。

這間屋子裡發生的事情至今仍困擾著歷史學家們，庫圖佐夫禁止記錄會議內容，我們只能從參與者的回憶中瞭解大概。庫圖佐夫建議所有的將軍都應該就這一重大問題說說自己的想法，接下來要做什麼？他們是應該繼續戰鬥還是離開莫斯科？本尼格森和葉爾莫洛夫支持戰鬥，巴克萊德、託利奧斯特曼、托爾斯泰和托爾認為應該離開莫斯科，我們不確定烏瓦羅夫、科諾夫尼岑和多克圖羅夫的立場，拉耶夫斯基是最後表態的。根據本尼格森的回憶，六名將軍支持戰鬥，包括庫圖佐夫在內的四名將軍反對，而根據伊爾莫洛夫的回憶，情況正好相反。

人們幾次聽到總司令在他的房間裡哭泣，隨後，委員會的決定傳達到了，軍隊士兵們很失落。在9月1日晚上10點，軍隊離開了菲利村莊，向莫斯科前進。黎明時分，第一批俄軍進入了城市。橋上、街道上擠滿了運送難民和傷員的車輛，士兵們垂著頭默默的走著，他們中的許多人都在哭泣。庫圖佐夫命令率領後衛部隊的米羅拉多維奇將軍拖延敵人，直到大部隊通過莫斯科。

法軍的繆拉元帥試圖將米羅拉多維奇的後衛部隊和城市分隔開，並且將其包圍，就在此時，米羅拉多維奇致信繆拉元帥：如果你要開戰，那麼俄華人會為了保住每條街道、每座房屋而戰鬥到底，最後將莫斯科付之一炬。

米哈伊爾·安德烈伊奇·米羅拉多維奇步兵，上將。他帶領的後衛部隊在俄軍進攻期間充當前衛部隊，他因勇氣過人，在士兵中很有威望。1818年，他被任命為聖彼得堡軍事總督；1825年在參議院廣場叛亂當天，他向反政府武裝喊話，親自與士兵們交談，勸他們回到軍營。歷經50場戰役，他毫髮未傷。然而，在12月14日，激進的起義領袖卡霍夫斯基向他的後背打出了致命的一槍。

繆拉同意讓最後的俄國部隊離開首都，這種高尚的妥協有部分原因是因為繆拉自己的騎兵隊伍情況堪憂。得益於米羅拉多維奇和繆拉之間的協議，俄軍和城裡的大多數居民都順利離開了城市。到了9月2日夜晚，莫斯科幾乎成了一座空城。此時，拿破崙和他的軍隊來到了莫斯科附近。

威尼斯、米蘭、亞歷山大港、里斯本、維也納、柏林以及羅馬都向這位法國君主屈服了，但是對於拿破崙來說，沒有哪個首都像莫斯科這麼重要。這座城市對他來說充滿了神秘感，他希望在這兒收到俄國沙皇遞上的停戰協議書，他認為自己的軍隊將住進溫暖的公寓，有充足的食物和草料工具。

法軍就這樣進入了莫斯科，他們經歷了無休無止的行軍、滴水未進的酷暑和在瓢潑大雨中忍飢挨餓的夜晚；他們經歷了血與火的洗禮，見證了成千上萬人的犧牲，擺在他們面前的是君主承諾的和平；他們相信他們已經打敗了俄軍，打敗了這個國家以及它的人民。

從波克洛納亞山俯瞰這座城市，拿破崙大地倍感震撼，他正等待俄方代表團向他獻上莫斯科城的鑰匙。時間很快過去，但一直沒有人前來。拿破崙越來越不耐煩。就在此時，他接到報告稱城中從政府到大量的普通市民早已撤離。當天晚上，拿破崙開始得到越來越令人不安的報告。莫斯科發生了火災，破侖認為是法軍中放火、搶劫的士兵所為。他任命莫迪埃元帥為莫斯科總督，他要求立即整頓部隊秩序，並停止搶劫。

大火在扎良奇耶肆虐之後，中央城區也著火了。大火很快蔓延到了另外兩個區。俄華人撤離時將滅火工具全部撤走，。更何況此時無精打采的士兵們不願參與滅火，他們勉強撲滅了集市廣場的大火。第二天，拿破崙踏入了濃煙籠罩的莫斯科。

晚上，大火又燃起來了，城市的主要部分都起了火，夜空就像白晝一樣耀眼。大風把火焰吹向莫斯科中心，不久就燒到了克里姆林宮。禁衛軍成功撲滅了軍工廠的明火，軍工廠裡仍存有一些火藥和炮彈。但是當克里姆林宮的一座古塔著火時，元帥們請求拿破崙離開克里姆林宮。拿破崙仍然心有不甘，他作為一個勝利者來到克里姆林宮，怎麼能還沒有待上一晚就離開呢？

火勢愈演愈烈，濃煙瀰漫，令人窒息。拿破崙和他的隨從沿著莫斯科河勉強向彼得羅夫莊園前進，俄國沙皇的行宮成了拿破崙的臨時司令部，但這僅維持了三天，莫斯科仍在一片火海之中。

歷史學家仍在為大火產生的原因爭論不休。在拿破崙寫給亞歷山大一世的信中，他指責莫斯科總督羅斯托普欽伯爵毀掉了一座美麗而又偉大的城市。被法軍扣留的縱火犯聲稱他們是在總督的命令下縱火的。戰後，羅斯托普欽先是承認，然後又否認自己參與了縱火。當然也有其他的版本，包括俄國童子軍縱火，以及法軍的士兵失手引發了火災，甚至有人認為這是戰亂中不可避免的事故。

根據估算，莫斯科大火共摧毀了9000棟房屋中的6500棟，329座教堂中的122座，八千多個倉庫和商店、大學圖書館，彼得羅夫斯基和阿爾巴斯基劇院也都在大火中燒燬，還有將近兩千名受傷的俄國官兵在大火中身亡。

這次大火使莫斯科遭受了一次浩劫。9月7日，當拿破崙回到這個城市時，他看到的是燒焦的街道、遭到劫掠的商店和醉醺醺的士兵。這位法國皇帝為眼前的一切憂心忡忡。在一座被燒燬的城市過冬並不是個好主意，更何況此時的軍隊軍心渙散。然而拿破崙依然精力充沛，銳意不減，他繼續在莫斯科發號施令，統治他的帝國。他仍然堅持簽署法令，任命官員，頒發獎賞和下達命令，其中就包括至今仍然有效的《法蘭西喜劇院法規》。