神奇寶貝第一季主要分為三部分，石英聯盟，橘子聯盟，成都聯盟，以下我們注意講述以下各個聯盟下挑戰的道館與所用的神奇寶貝。

石英聯盟下小智挑戰的道館與所用的神奇寶貝尼比市的尼比道館——小剛[灰色徽章]

館主使用神奇寶貝：小拳石，大巖蛇

華藍市的華藍道館——小霞[藍色徽章]

館主使用神奇寶貝：寶石海星

枯葉市的枯葉道館——馬奇[橘色徽章]

館主使用神奇寶貝：雷丘

金黃市的金黃道館——娜姿[黃金徽章]

館主使用神奇寶貝：凱西

彩虹市的彩虹道館——艾莉嘉[彩虹徽章]

館主使用神奇寶貝：臭臭花、口袋花、藤蔓怪

淺紅市的淺紅道館——阿桔[粉紅徽章]

館主使用神奇寶貝：摩魯蛾、大嘴蝠

紅蓮市的紅蓮道館——夏伯[深紅徽章]

館主使用神奇寶貝：九尾、鴨嘴火龍、鐵甲暴龍

常磐市的常磐道館——武藏[綠色徽章]

館主使用神奇寶貝：巨鉗蟹、怪力、鐵甲暴龍

橘子聯盟下小智挑戰的道館與所用的神奇寶貝夏幹島的夏幹道館——敦美[櫻花徽章]

館主使用神奇寶貝：海刺龍、水箭龜、

奈普魯島的奈普魯道館——小丹[白浪徽章]

館主使用神奇寶貝：尼多後、豪力、飛天螳螂和尼多王

柚子島的柚子道館——阿義[輪寶徽章]

館主使用神奇寶貝：電擊獸、椰蛋樹、寶石海星

榴柑島的榴柑道館——琉麗[琉璃徽章]

館主使用神奇寶貝：胡地、嘎啦嘎啦

成都聯盟下小智挑戰的道館與所用的神奇寶貝桔梗市的桔梗道館——阿速[飛翼徽章]

館主使用神奇寶貝：比雕、嘟嘟利

檜皮市的檜皮道館——阿筆[昆蟲徽章]

館主使用神奇寶貝：飛天螳螂、鐵甲蛹、線球

滿金市的滿金道館——小茜[正式徽章]

館主使用神奇寶貝：大奶罐

圓朱市的圓朱道館——小松[魅影徽章]

館主使用神奇寶貝：耿鬼

淺蔥市的淺蔥道館——阿蜜[鋼鐵徽章]

館主使用神奇寶貝：小磁怪、大鋼蛇

湛藍市的湛藍道館——阿四[打擊徽章]

館主使用神奇寶貝：豪力、快泳蛙

卡吉市的卡吉道館——柳伯[冰之徽章]

館主使用神奇寶貝：白海獅、長毛豬

煙墨市的煙墨道館——小樁[升龍徽章]

館主使用神奇寶貝：哈克龍、暴鯉龍