日本戰國時代對於敗軍之將基本是如下幾種處置：

談判→敗者表示降服→安堵→敗者獻出人質/與勝者通婚/收勝者的兒子作養子

這是最寬容的處置方式，敗者只要表示臣服就能保全領土完整，隨後互相通婚/養子表示獻忠心。這種處置方式與其說是處置不如說是在拉攏敗者。因為敗者往往是實力強大的大名，想要連根拔起非常困難，還不算未來的管理成本，與其去斬草除根不如拉攏他們成為盟友，免得其他大名螳螂捕蟬黃雀在後，用最小的成本辦最大的事，還能為自己披上一層仁政的外衣，方便日後與其他大名進行外交。

談判→敗者表示降服→敗者改易/出家當和尚

這是最常見的處置方式，敗者能夠保全香火但被迫交出自己的土地，轉封到其他地方去。勝利者這樣做主要是為了擴充自己的領土與實力，用敗者的土地來賞賜立下戰功的家臣。在戰國時代這種辦法是非常合情合理的，既能削弱敗者又能穩住自己的家臣---畢竟戰國時代窩裡反的例子太多了。

談判→敗者表示降服→敗者流放

這種情況比較特殊，勝者對敗者的仇恨很大，但是出於種種原因（往往是其他大名求情）使得勝者出於面子問題不能宰了敗者，於是乎就搞出了流放這一招。流放地根據獲勝者對敗者的仇恨程度而不同，仇恨越深的流放的距離越遠，通常會選擇深山或者海島。

談判→敗者表示降服→敗者代表切腹→敗者改易

這種處置辦法就比較狠了，既要當事者死以絕後患，又要削弱他們的實力免得日後東山再起。這種情況下一般是勝者與敗者之間有很深的仇恨。

有朋友提到了斬首，這才是最狠的處置方式，而且往往不是斬首某一個人...這辦法非常殘忍，通常來說不利於獲勝者接下來對該地區的統治，弊大於利。

題主這個處罰話題的範圍有點太大了。因為你沒說清楚實施處罰的人是誰，到底是這些將領原來侍奉的大名呢，還是抓住這些將領的人呢？

如果是前者，是要看大名本身情況的。尤其是這些大名的性格特點。遇上織田信長那種只看重價值的，別說你打敗仗了，就算你是家老級的人物，也沒打敗仗，只是仗打的不理想，也會在他眼裡失去價值，然後被流放掉...比如林秀貞和佐久間信盛。跟這種老大，不但要有才，而且必須時時刻刻地用力賣命，就像秀吉那樣。

但也有那種視家臣為自家人的做法。比如號稱‘天下第一賠臣’...咳咳...的直江謙續，都幫著主公從120萬石賠成30萬了，還宣稱‘決不放棄任何一個家臣’...跟著這樣的老大，雖然溫飽可能有點問題，但好歹性命和尊嚴都能保留下來的。

至於說俘虜那些敗軍之將的人...很少，很少，實在是太少了。絕大多數打敗仗的人，要是沒能逃出戰場，通常被抓住就是直接被斬首的，極少生俘。

當然這也並不是說日本人本性殘忍之類的，這都是因為日本戰國時期的生產力制約造成。從軍者不是農民就是浪人，對他們來說，軍糧大米已經是平時裡都很難享受的美食了。要想吃的更好更飽，只能靠軍功積累，不是每個人都有三獻茶機會的。而軍功最重者莫過於敵人首級，並且官位和名氣越大越好...

在當時的社會環境下，要想給那些很多連名字都沒有的足輕們說，抓住敵人比殺死敵人更好，那不但難以理解，在生死繫於一線的戰場上效果更可能適得其反。

所以真實的日本戰國戰場上，生俘極少，失敗一方要麼跑的快溜回去了（德川家康），要麼被當做功績砍了頭（真田信繁），也有一部分，拿著短刀戳了自己肚皮（大谷吉繼）。即使有被生擒的，下場也不見得多好（石田三成）。