為什麼將五帝本紀放在開頭，太史公已經有過解釋了，在五帝本紀的最後，我們把他用白話的形式來進行說明：

學者們很多人都稱述五帝,五帝的年代已經很久遠了。《尚書》只記載著堯以來的史實;而各家敘說黃帝,文字粗疏而不典範,士大夫們也很難說得清楚。孔子傳下來的《宰予問五帝德》及《帝系姓》,讀書人有的也不傳習。

我曾經往西到過空桐,往北路過涿鹿,往東到過大海,往南渡過長江、淮水,所到過的地方,那裡的老前輩們都往往談到他們各自所聽說的黃帝、堯、舜的事蹟,風俗教化都有不同,總起來說,我認為那些與古文經籍記載相符的說法，接近正確。我研讀了《春秋》、《國語》,它們對《五帝德》、《帝系姓》的闡發都很明瞭,只是人們不曾深入考求,其實它們的記述都不是虛妄之說。《尚書》殘缺已經有好長時間了,但散軼的記載卻常常可以從其他書中找到。如果不是好學深思,真正在心裡領會了它們的意思,想要向那些學識淺薄,見聞不廣的人說明白,肯定是困難的。我把這些材料加以評議編次,選擇了那些言辭特別雅正的,著錄下來,寫成這篇本紀,列於全書的開頭。

內容比較長，沒看完也沒關係，總結來說就是太史公認為根據他的考證和相關資料的佐證，五帝的故事至少在他看來是真實的。

至於三皇：

我們印象當中就是這三個人：燧人氏、伏羲氏、神農氏，當然還有其他版本傳說，我這裡呢就說這個版本。

從太史公的角度來說，由於都是上古傳說，口口相傳，資料更加少，所以也就沒有采用三皇作為開頭，這點在《貨殖列傳》中他就明言：神農氏之前的事情他不瞭解。

而在開篇的五帝本紀中，他提到“軒轅時代，神農氏的後代已經衰敗，各諸侯混戰，而神農氏沒有力量去討伐他們，於是軒轅黃帝趁勢崛起。”，看到這裡，是不是有一種濃濃的春秋時代即視感？

但是，人類統治秩序的建立總要有個頭吧？而五德理論在武帝時期官方確認漢朝為土德，那麼“黃帝有土德之瑞”，他的位置自然而然水漲船高（這裡太史公給劉徹面子）。

對於三皇究竟是誰，歷來都是說法不一，其中燧人氏、伏羲氏和神農氏應該是比較有說服力的！而之所以史記中沒有他們的本紀，有可能是以下原因：

傳說，有一個聖人，在不經意間發現鑽木取火，經過反覆試驗，繼而發現燧石也可以取火。驚喜之餘，他就把這項技能教會了同部落的人，從此人們在野外用火來抵禦猛獸，並用火來烤熟一些不適合生吃的蝦蟹，人們有感於他的功績，尊稱他為“燧人氏”。

後來，又有一個牛人，他教會了人們製作弓箭和漁網，人們可以利用這兩樣強大的工具捕捉大型野獸、飛鳥以及游魚，生活水平有了顯著的提升。據說，此人還發明瞭八卦，可以幫助人們更好的適應自然，人們同樣感其功績，尊稱其為“伏羲氏”。

再後來，又有一個聖人，他教會了人們適應天時種植各種植物。並親自品嚐各種草藥，發明了中醫。讓人們可以擺脫疾病帶來的困苦，生命得以延長。所做的種種，都極大的提升了當時人的生活水平。據說，此人還發明瞭茶。人們感其功績，尊稱其為“神農氏”。

透過稱呼上我們不難發現，他們名字都有一個共同點，那就是後面都有一個“氏”字。而氏字在當時是“一族”的意思，就是指一群人，有可能是指一個部落。這樣說來，燧人氏、伏羲氏和神農氏的原型可能是某一個部落最先開始使用某項技術，並毫無保留的推廣給其他部落，鑑於此，這三個部落就可能被推為當時的第一氏族。那麼本紀是專門記述一個帝王的傳記，並不能以部落中的一群人作為物件。所以，三皇沒有出現在本紀的開篇三章，而是先以五帝為始，因為他們是獨立個體。

再者說，《史記》成書於西漢年間，距離黃帝已經三千多年，從邏輯上來講，能描述五帝的真實境況已經很難了。要描述三皇，那內容的真實性就大打折扣。司馬遷估計也不想憑藉什麼子虛烏有的傳說來撰寫開篇，所以我認為沒有三皇是正常情況。

拓展：如果褪去傳說的外衣，從歷史角度看。關於三皇的傳說，反應古代中國人民對文明不斷的探索。要知道，從原始人類，到刀耕火種，每一次的技術突破，都給人們帶來無限光明，足以被人們稱頌，即使不知道是誰帶著人們不斷向前，每次技術突破這件事，就值得人們景仰並紀念。

樓主的疑惑其實前人也有過。東漢時候的張衡（就是發明地動儀那位）就認為司馬遷在《史記》裡頭獨載五帝，不紀三皇是不合適的，應該要把三皇補上去。後來，唐代的小司馬（司馬貞，作《史記索隱》）還真就把《三皇本紀》補進了《史記》裡頭。現代出版的本子大都沒有收錄，但是如果尋得一些舊的影印本（如百衲本），《三皇本紀》就明明白白擺在開卷第一篇。

小司馬在開頭介紹補《三皇本紀》的原因

太史公作《史記》……今闕三皇而以五帝為首者，正以《大戴禮》有《五帝德》篇，又《帝世》皆敘自皇帝已下，故因以《五帝本紀》為首。其實，三皇以還，載籍罕備，然君臣之始，教化之先，既論古史，不合全闕。近代皇甫謐作《帝王代紀》，徐整作《三五歷》，皆論三皇以來事，斯亦近古之一證。今並採而集之，作《三皇本紀》。雖復淺顯，聊補闕雲。

引文較長，但是很重要。因為小司馬解釋的很清楚。司馬遷不記載三皇，是因為關於三皇的記載太少，幾乎都是隻言片語，沒法寫成一篇本紀。而對三皇故事進行收集整理，形成一些片段的書籍，如《帝王世紀》、《三五歷》等，都是漢晉之間的作品，司馬遷當然看不到這些。實際上，司馬遷是相當嚴謹的史家，按照他的想法，一開始連《五帝本紀》都覺得很難寫出的。他自己說過

學者多稱五帝，尚矣。然《尚書》獨載堯以來，而百家言黃帝，其文不雅馴，薦紳之士難言之。

什麼意思？就是說目前能看到的最古老史書《尚書》只追溯到堯帝，而對黃帝只有一些口頭傳說，而其中許多又不“雅馴”，於是就很難說的清楚。打個比方，假如我們現在存在的最古老的史書是《明史》，其他的材料都是清以後的了，我們對於歷史就只能追溯到明朝開國。但是有一些涉及唐朝的歷史故事，比如像《西遊記》那樣的，至於唐朝以前，那隻留下一些隻言片語。那麼，現在的你要修一部通史，是從明朝修起，還是從唐朝修起，還是唐以前呢？

（黃帝）

司馬遷為了解決這個問題，到處去遊歷，去考證。西到崆峒，北過涿鹿，東到海邊，南浮江淮，聽各地的老人說口口相傳的歷史記憶，最後決定把其中一些言語“尤雅”者記錄下來，寫成了《五帝本紀》。這就好比把西遊記故事裡那些太離譜的說法捨去，只記錄唐太宗讓玄奘去取印度取經以及大致經歷的國家。

（司馬遷）

所以，《史記》沒有記載三皇是由於太史公的嚴謹態度，而後代收集整理三皇故事，也是為了存疑補闕。今天的我們，大可以把三皇時代當作中華文明的曙光。