隨後宇文化及發動江都之變，隋煬帝遇弒身亡。蕭後帶領幼孫和皇室諸女，輾轉於宇文化及、竇建德之處，跟隨義成公主前往東突厥，擁立隋煬帝之孫楊政道為主，定居於定襄。貞觀四年，李靖攻滅東突厥後，迎接蕭後迴歸長安，居於興道里。

貞觀二十一年，去世，享年八十一歲。以皇后之禮同隋煬帝合葬揚州，諡號為愍。

關於民間傳聞，尤其是清代小說《隋唐演義》描寫蕭後一生嫁六個男人，宇文化及，竇建德，李世民等，按照客觀的說話，沒證據能證明其從過這六人，也沒證據證明其沒有從過，只是蕭後一生坎坷悲慘，又是西梁公主，國色天香，所以後世對於蕭後的關注度都非常之高，無奈嫁給楊廣，導致後半生顛沛流離，首先真實的楊廣，是一個暴君，大興土木，殘暴不仁，對於蕭後宮女告發人人都想叛變，竟不予理睬，反斬了宮女，導致最後被宇文化及所殺2013年3月，在揚州市西湖鎮司徒村曹莊中星海上紫郡房地產建設專案中發現兩座磚室墓，揚州市文物考古研究所申報了考古發掘執照，開展搶救性考古發掘。4月中旬，揚州曹莊隋唐墓葬一號墓出土了一合墓誌，志文中有“隋故煬帝墓誌”等文字。考古隊完成勘探面積109000平方米，勘探出墓葬跡象136座、夯土2處、溝2條、磚基1處、井5口、坑（塘）29個。

二號墓為腰鼓形磚室墓，由主墓室、東西耳室、甬道、墓道五部分組成。墓葬通長12.64米，寬5.9米，殘高1.6米。墓室東、西、北壁各有3個小壁龕；甬道兩側各有1小耳室。出土玉器、銅器、鐵器、陶瓷器、木漆器等200餘件（套）。其中玉器有白玉璋1件，質地瑩潤；銅器有編鐘、編磬、銅燈、銅豆等，成套的編鐘16件、編磬20件，是迄今為止國內唯一出土的隋唐時期的編鐘編磬實物，填補了中國音樂考古史上的一項空白；陶器有罐、爐、缽、燈、幾、磨等，陶俑有牛、馬、豬、羊、駱駝、雙人首蛇身俑、文官俑、執盾武士俑等，部分陶器有彩繪；瓷器有青釉辟雍硯1件，造型精美；一套女性用冠飾，工藝精巧，國內罕見。墓內儲存有部分人骨遺骸，經南京大學體質人類學專家鑑定為大於56歲、身高約1.5米的女性遺骸。二號墓雖無文字資訊，根據墓葬形制、墓內出土高等級隨葬品和對人骨遺骸的鑑定，結合文獻記載，判明墓主人是隋煬帝蕭後，所以說蕭後是存在的，而且是一位傳奇女性，在封面社會，天子被叛軍所殺，還能一直存活，真不好想象那個時代發生了什麼

蕭姓在古代確確實實是帝后之姓，在今時也算是大姓（在2013年中國四百名義大姓排名第30位）。其中，以遼朝最為典型。

遼朝雖然是契丹人所建立的政權，皇室也以“耶律”這一胡化的姓氏作為國姓，但是由於遼太祖阿保機欽慕漢朝，於是令乙室、撥裡兩大姓氏改為蕭姓，以希望其能像西漢的蕭何一樣，永保大遼萬年基業：

太祖稱帝，尊祖母曰太皇太后，母曰皇太后，嬪曰皇后……後族唯乙室、撥里氏，而世任其國事。太祖慕漢高皇帝，故耶律兼稱劉氏，以乙室、撥里氏比蕭相國，遂為蕭氏。——《遼史-后妃傳》

因此，遼朝的皇后雖然有十八位，但是個個姓蕭。這個慣例，即使到了後來耶律大石西行，在中亞建立西遼帝國的時候也沒有改變。

蕭皇后裡，最著名的就要數楊家將故事裡的反面典型、遼聖宗的母親蕭綽（小名蕭燕燕）了。她身為太后27年，輔佐幼小的聖宗逐漸成長為遼朝最偉大的皇帝，在任期間數次發動對宋戰爭，並和宋朝簽訂了著名的《澶淵之盟》。對於宋人來說，這是一個最可怕的對手；但對於遼人而言，她卻是最偉大的太后。

除了這位蕭皇后以外，歷史上還有一位著名的蕭皇后——隋煬帝的皇后，出自蘭陵蕭氏，西梁明帝蕭巋之女，乃是南朝皇室的後裔。她一生歷經西梁、隋、唐三朝，還曾被突厥人擄為俘虜，數次淪為亡國之人，但是卻異常堅強，活到貞觀二十一年才以八十一歲的高齡去世。