兩者綜合能力和其他人對比的話，長門厲害一點（水門不包括九尾模式的情況下。九尾水門基本能全方位壓制長門）。但如果讓長門和水門單挑，長門絕對打不過水門。水門的飛雷神完美剋制長門的全部忍術，基本除了像須佐這種全方位高強度防禦，或者有六道之軀，其他都沒辦法剋制飛雷神。而長門唯一的防禦用忍術就是神羅天徵，但有5秒冷卻時間。這5秒時間完全夠水門捅長門幾刀了。而長門其他能力，不管是通靈，修羅炮，抽魂，永珍，甚至地爆，水門都能用飛雷神全身而退躲避，長門打水門基本沒有勝算

不管是永珍天引還是地爆天星，都需要一個吸引的過程，意即是在這個吸引過程中水門絕對可以依靠飛雷神來逃脫吸引。

神羅天徵應該是一個比較好的近戰手段，如果在雙方情報不公開的條件下就算是水門肯定也會吃虧。但是吃虧是其次，只要能把飛雷神的座標留在行動不便的長門身邊就擁有再次襲擊的可能。

水門在對戰人形敵人時的頭腦和飛雷神的速度都是很大的優勢；而擁有輪迴眼認為自己是天選之人的長門因為起點高戰鬥時不會太仔細思考，水門只要能夠在長門身邊留下座標就基本上穩贏了。

但是長門在對戰大體型敵人甚至尾獸時的優勢也是水門沒有的，水門在對戰大體型敵人時優勢很小，很難在1v1中壓倒性獲勝。

當然上面也只是咕噠的一個理想想法，真正打起來還是瞬息萬變的，再加上劇情兩人沒有對戰過。所以真正的勝負很難說。

水門是忍者世界裡百年難遇的天才，長門的輪迴眼本來就不屬於他的，是班給的！

你要說誰厲害，肯定是水門，精通各種封印術等等

1、半九喇嘛

2、飛雷神

3、螺旋丸

4、封印術

5、人家有老婆

大家都知道四代和長門屬於不同時期的人物，也沒有遭遇過，但還是忍不住去比較這師兄弟兩人的實力。

波風水門在第三次忍界大戰中，水門以無人能及的速度威震忍界，被稱為“黃色閃光”。因此導致外各國高層下令，凡遇到木葉的“黃色閃光”可以立即逃跑，而且不會受到處罰，其實力更是得到過四代雷影的稱讚，第三次忍結大戰結束之後就被任命為四代火影。

而擁有輪迴眼的長門更是一人便能發動一場戰爭摧毀木葉忍者村，要不是當時鳴人趕到，估計木葉就被全滅了。那麼接下來看看二人實力的對比，此處的實力對比不算被穢土轉生之後的，那時候人人都開了掛一樣，連之前實力和卡卡西差不多的凱都差點一腳踢出一個大結局。

水門最精通的忍術是時空忍術飛雷神和螺旋丸，可以瞬間移動到敵人身旁，讓人防不勝防，也可以專業一些敵人的攻擊手段，在九尾襲擊木葉的時候用空間忍術接下過九尾的尾獸玉，可以說是攻防一體。至於搓丸子更是他們一大家子的看家本領，像什麼螺旋丸、大玉螺旋丸、太極螺旋丸、仙法螺旋丸等等，可以吃到飽。

而長門也有類似攻防一體的忍術：永珍天引和神羅天徵。旗木五五開曾經就吃過永珍天引的虧，神羅天徵更不用說，天道佩恩也是靠著這招直接把木葉夷為平地，其威力絕對不下十尾尾獸玉。

作為自來也的徒弟，水門也去過妙木山，學過仙法，只不過嫌麻煩平常不太使用。不過其掌握程度應該比自來也好不了多少。所以拋開其他招式不談，應該也就在自來也的水平，可以對抗除天道佩恩以外的其他幾個，但同時對付六道佩恩很吃力。

長門的成名忍術：地爆天星，一種最為強大的封印術。當時鳴人暴走，透過此術暫時封印了九尾，但是在九尾完全暴走的情況下還是不能將其封印，不過這個和長門的身體條件有關，已經骨瘦如柴了，就少幹力氣活，多補充一下營養。

當然作為忍術天才的四代，那封印術就多了去了，比如四象封印、八卦封印。八卦封印就是將九尾封印起來的那個封印術，至於屍鬼封盡，不用多說，也是強到邊，九尾的一半力量都是被四代用此術封印。硬的怕不要命的，任你強，都可以來個以命換命。

當然，為了打不過的時候還可以叫兄弟過來，所以都學習了通靈術，打不過，咱後面還有人。

四代的通靈術是和妙木山簽訂的契約，一言不合就可以叫一山的蛤蟆過來，打不死你吵死你。兩大蛤蟆仙人，還有勉強可以和一尾對抗的蛤蟆文太，還有蛤蟆健等其他蛤蟆，陣容還是很強大的。

長門的通靈術有兩種，一種是畜生道，另外一種是外道魔像，外道魔像作為十尾的軀殼，實力強大。真對抗起來估計要兩個蛤蟆仙人和文太聯手，至於畜生道，其他蛤蟆也可以解決，所以這方面應該勉強算是平手。

綜合以上的對比可以看出四代儘管很強，但還是不及長門。不過如果不戀戰，四代想走，還是可以全身而退的，長門留不住。

水門沒有任何血繼限界，沒有尾獸之力，沒有咒印，沒有任何瞳術。水門的全部能力都是靠學習得來的，自創了螺旋丸，屍鬼封盡。改進了飛雷神之術，獲得了金色閃光的稱號，成為了火影，受木葉後人敬仰，甚至在死後都影響了鳴人的成長。長門呢？絕大多數能力都是依靠輪迴眼，幾乎沒有自創的忍術（可能有，但是我不知道）。接管的曉組織給世界帶來了太多的災難，手上鮮血淋漓，弒師，死後沒有任何人懷念他。

再說戰鬥方法長門的攻擊力賊高，神羅天徵，永珍天引，通靈之術，靈魂拉取，忍術吸收，輪迴天生。在攻擊力上長門比水門高，不過也沒高太多。中間頂多只隔了半個卡卡西。不過如果比速度的話，長門只有被吊打的份。人家飛雷神不管多遠，只要有記號就能瞬間到達。所以在速度上水門完虐長門。如果長相對比的話（等等，這和攻擊力有什麼關係？）水門帥的掉渣，長門長相一般。如果比誰的忍術多的話，記得自來也在集中，說長門基本上所有的忍術都會。而劇中根本就沒有提過水門會的忍術有多少。不過劇中提到過水門非常擅長開發忍術。已經開發了不知道多少忍術了，不過還是不知道他會的忍術有多少。

綜合以上結論這裡姑且比長門弱一些吧。