柯南的主線就是死人，然後研究這個是怎麼死的，最後找出真兇是誰！

柯南號稱新一代死神，又到哪，哪就有人死，別人是克爹克媽克親人，而柯南呢，連路人都克，這人設太可怕了，幸好現代社會木有這樣的死神小學生！

我想，每天堅持看一集柯南，那麼任何一個謀殺案，就沒有什麼秘密可言，也能一瞬間把真兇找出來了！

不過看多了也會審美疲勞，畢竟柯南啊，我們都長大結婚了，孩子都好幾歲了，可他還是個小學生，如果他能長大一點，跟小蘭多來點感情戲，或許劇情會更吸引點吧！

不然老是死人，查出真兇，劇情來來去去都這樣，很容易厭煩的！

再說了，我們都長這麼大了，他還是沒有變，我們的心裡也是會產生不平衡的！

不過柯南是一個充滿懸疑和考驗智商的動漫，還是非常有人氣，大家都很喜歡的動漫！

1集、

2集、董事長千金綁架事件

3集、偶像密室殺人事件

4集、大都會暗號地圖事件

5集、新幹線大爆破事件

6集、情人節殺人事件

7集、每月一件禮物恐嚇事件

14集、奇怪的尋親殺人事件

33集、咖啡廳殺人事件

43集、卡拉OK廳殺人事件

44集、江戶川柯南誘拐事件

49-50集、外交官殺人事件

51集、圖書館殺人事件

53-54集、霧天狗傳說殺人事件

56集、電玩公司殺人事件

59-60集、福爾摩斯迷殺人事件

78-79集、柯南VS怪盜基德

99-102集、走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件

124-125集、浪花連續殺人事件

135集、10億元搶劫事件

136-139集、來自黑衣組織的女子集、大學教授殺人事件

140-141集、競技場無差別脅迫事件

172-173集、飛天密室集、工藤新一最初的事件

181-182集、黑暗中的死角

190-192集、與黑衣組織的再會

203-208集、危命的復活

209-210集、意味深長的八音盒

235-238集、被召集的名偵探！工藤新一VS怪盜基德

241-243集、人魚失蹤記

245-246集、格鬥遊戲的陷阱

249-250集、神秘的乘客

261集、元太的災難

265-266集、陷入網中的謎團

272-273集、本廳刑事戀愛物語4

277-278集、來自芝加哥的男子

291-292集、犯罪的遺物

293-294集、急忙掩飾的忽略

299-300集、英語教師VS西部名偵探

301-302集、瘋狂足球迷

306-307集、中華街集、雨中的似曾相識

308-310集、工藤新一紐約事件

311-312集、光彥森林迷失記

332-333集、遺留的無聲證言

334-336集、與黑衣組織的接觸

354-355集、金錢買不到的友情

360-361集、東都顯影所的秘密

363-364集、四輛保時捷

365-366集、廁所裡隱藏的秘密

369-370集、便利商店的陷阱

371-375集、與黑衣組織直面對決集、滿月之夜的雙重謎案

376-377集、尋找屁股上的印記

392-393集、帝丹高中校園靈異事件

402-403集、沉默的航線

405-406集、星星和香菸的暗號

419-421集、斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音

428-430集、奇異屋宇大冒險

432-433集、奇妙一家的委託

434集、心存疑惑的小蘭

435-436集、珠寶強盜現行犯

459-463集、黑色衝擊！組織魔爪伸來的瞬間

465-466集、充滿神秘的上學路

467-468集、回不去的二人

502-505集、黑衣組織的影子

512-513集、工藤新一少年時的冒險

519-522集、和服部平次共度的3天

527-528集、黑色照片的去向

538-551集、

554-555集、卡拉OK包房的死角

556集、紅白黃色與偵探團

557集、柯南VS雙重暗號之謎

558集、推理對決！新一VS衝矢昴

564-566集、風林火山

570-571集、殺人犯集、工藤新一

572-573集、新一的真實身份與小蘭的眼淚

574集、真正想問的事

575-576集、憎恨的藍色火花

593-594集、魚兒消失的一角巖

609-612集、死亡之館集、赤壁

614-615集、偵探團VS強盜團

629集、召喚危機的紅色前兆

630集、黑與13的暗示

631集、逼近的黑色時刻

632集、紅色的搖擺目標

667-672集、福爾摩斯的默示錄

673-674集、緊急事態252

697-698集、幽靈旅館的推理對決

699-701集、偵探事務所受困事件

702-703集、柯南VS平次集、東西偵探推理對決

708-709集、博士的影片網站

719-720集、婚禮前夕

723-726集、偵探們的夜想曲

727-728集、一丁點都不原諒

733-735集、以性命為賭注的戀愛轉播

736-737集、泡沫、蒸汽和煙

742-743集、工藤優作未解決的事件

751-752集、逼近秘密的暗影

753-756集、

757集、密室中的柯南

758集、解謎的波本

774-775集、香甜冰冷的快遞

776-777集、怪盜基德與赤麵人魚

779-780集、裝滿水果的寶箱

783-784集、現場的鄰居是前男友

786-787集、茱蒂的追憶與賞花的陷阱

791-792集、小五郎在酒吧裡

793-794集、小蘭也倒在浴室裡了

797-798集、嫌疑人是京極真嗎

807-809集、赤女的慘劇

812-813集、結局驚人的戀愛小說

823-824集、氣氛僵硬的茶會

825-826集、工藤新一水族館事件

832集、緋色的序章

833集、緋色的追尋

834集、緋色的交錯

835集、緋色的迴歸

836集、緋色的真相

838-839集、太閣之戀名人戰

840-841集、沉入盛夏泳池的謎

845-846集、三個第一發現者

863-864集、鐮鼬的旅館

865-867集、縣警的黑暗

869-870集、部落格女演員的密室事件

877-878集、嫌疑人是熱戀情侶

882-883集、好吃得要死的拉麵2

891-892集、關係不好的女子樂隊

898-899集、偵探團的各執一詞

904-905集、結婚申請表的密碼

908-909集、櫻花班的回憶

916-917集、與17年前一樣的案發現場

918-919集、靈魂偵探被殺事件

921-922集、背叛的舞臺

927-929集、柯南和平次的鵺傳說

933-934集、試衣間的死角

936-937集、漣漪中的魔法師

940-941集、在波洛咖啡店解謎

942-943集、怪盜基德的機關箱

第1集，琴酒在遊樂園給工藤新一灌下藥物APTX4869變小。

第2集，變小的工藤新一求助阿笠博士，化名江戶川柯南住進毛利偵探所。

第3集，柯南轉入帝丹小學，首次替小五郎解決案件。

第4集，柯南和光彥 步美 元太組成少年偵探團。

第5集，柯南再次在新幹線遇到琴酒和伏特加，竊聽得知代號。（TV版為假琴酒和假伏特加）

第6集，鈴木園子首次登場。

第7集，小蘭首次懷疑柯南身份。

第9集，柯南使用麻醉針和變聲器替毛利小五郎破案，人稱“沉睡的小五郎”。

第10集，柯南假裝恢復身體與小蘭對話

第11—12集，麻生成實彈奏鋼琴在大火中死去，成為柯南一生的遺憾。

第14集，廣田雅美首次登場。

第19集，警視廳高層管理官松本清長首次登場。

第44集，工藤優作和有希子得知工藤新一變小的事情，聯絡國際刑警的勢力調查黑衣組織。

第49集，服部平次首次登場，前來毛利偵探所挑戰工藤新一。

第50集，柯南第一次恢復身體，和服部平次推理對決。

第56集，在電玩公司掌握組織線索，成員龍舌蘭拿錯箱子被炸死。

第59集，服部平次第二次登場，並開始懷疑柯南身份。

第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一個人。

第78—79集，黑羽快鬥首次登場；柯南vs怪盜基德。

第80-81集，服部平次父親大阪警局局長服部平藏首次登場，柯南提及麻生誠實是他一生的遺憾。

第99—102集，小蘭第二次懷疑柯南身份。

第118集，帝丹小學小林老師首次登場。

劇場版:引爆摩天樓；白鳥警官首次登場，瘋狂的建築學家挑戰工藤新一。

第124—125集，組織的殺手沼淵己一郎犯案。

第135集，化名“廣田雅美”的銀行收款員，組織底層人物宮野明美被琴酒槍殺。臨死前告訴柯南組織的代表顏色是黑色。

第136—139集，灰原哀登場；原名“宮野志保”，代號“雪莉”，是組織的藥物科學家。吃藥變小後逃離組織實驗所被阿笠博士收留；APTX-4869藥物秘密揭曉；柯南得知廣田雅美就是宮野明美，是灰原哀姐姐。灰原哀繼續在帝丹小學上學，幫助柯南研究恢復藥。（至關重要，主線劇情轉折點）

第140—141集，競技場事件；灰原哀透露工藤新一早在半個世紀前就和組織的某項秘密計劃扯上了關係。

第142—144集，怪盜基德再次登場；柯南利用鈴木園子解決案件。

第146—147集，藍色古堡探索事件，灰原哀出場解決案件。

劇場版：世紀末的魔術師；怪盜基德變裝成白鳥警官竊聽得知柯南身份，並變裝成工藤新一解開小蘭的猜疑。

第177—179集，服部平次和柯南一起解決案件。

第181—182集，新出智明登場。

第190—192集，與黑色組織再次重逢；灰原哀首次恢復身體，柯南在杯戶飯店和琴酒交手，成員匹斯可被殺。貝爾摩德首次登場，目標“雪莉”。

第203—208集，生死一瞬間；柯南因保護少年偵探團而負傷，小蘭第三次懷疑柯南身份；緊接著，柯南再次恢復身體，扮演黑衣騎士解決案件，和小蘭在豪華飯店約會時藥效到期。

劇場版:通往天國的倒計時；琴酒槍殺電腦工程師原佳明，炸掉西多摩市的日本第一雙塔摩天大樓。柯南用夏威夷學的車技拯救偵探團。

第233—234集，目暮警官的秘密。

第235—238集，黃昏篇；黑羽快鬥第二次登場，怪盜基德VS工藤新一；警視廳總監兒子白馬探首次登場；黃昏之館內傢俱都有烏鴉的標記，主人是半個世紀前去世的大富豪烏丸蓮耶，這裡在四十年前發生過一起互相殘殺的慘案。

第241—243集，人魚篇；組織在自稱長生不老的人魚島留下的痕跡；疑似與雪莉、琴酒、伏特加有關。

第245—246集，朱蒂老師首次登場。

第249集，貝爾摩德再次登場，變裝成新出智明坐公交試探柯南；赤井秀一首次登場，和朱蒂一起追查貝爾摩德；灰原哀透露自己對組織成員有雷達反應，緊接著感受到了組織雷達反應，並遇到了搶劫案。

第250集，公交車搶劫案解決，柯南救下了灰原哀，引起貝爾摩德注意。

第261集，柯南得知琴酒是個左撇子。

第265—266集，灰原哀的高冷性格開始轉變。

第272—273集，赤井秀一再次登場，與小蘭偶遇。

第277—278集，詹姆斯·布萊克首次登場，並被歹徒綁架。少年偵探團解決案件，赤井秀一接走詹姆斯。

第291—292集，高木警官告訴柯南關於小五郎資料被盜的事；赤井秀一開始監視毛利偵探所。

第293—294集，小蘭開始回憶赤井秀一；貝爾摩德注意灰原哀。

第299集，貝爾摩德的身份暴露，柯南查出來克莉絲•溫雅德是組織成員。

第300集，服部平次VS朱蒂老師。

第301—302集，柯南得知克莉絲•溫雅德曾經出現在母親莎朗的葬禮，說出了神秘的女人更有魅力的名言。

第306—310集，紐約篇；美國女明星莎郎•溫雅德在小蘭回憶中登場，克莉絲•溫雅德是她的女兒；一年前，工藤新一解決紐約案件後，小蘭偶遇赤井秀一得知他是FBI，並救下貝爾摩德變裝的銀髮殺人魔；從此貝爾摩德被感化，稱呼小蘭為“angel”。

第311—312集，沼淵己一郎被判死刑，柯南得知他是組織的成員。

第326—329集，松田陣平首次登場，最後犧牲。

第332—336集，接觸篇；第二次掌握組織線索，龍舌蘭在威脅軟體設計師板倉卓開發軟體；柯南取走板倉卓的日記光碟，在街頭偶遇從電話亭出來的赤井秀一，在小蘭口中得知赤井秀一是FBI探員；板倉卓開發的軟體對組織來說很重要，甚至能對全人類造成影響；柯南偽裝板倉卓和伏特加約定交易地點，前往路上逮捕珠寶大盜；最後，伏特加指紋差點被柯南錄取，幸虧有琴酒出現識破計劃。

第354—355集，阿笠博士回憶灰原哀父親：宮野厚司。曾出現在新科技釋出會，被稱為“瘋狂的科學家”。母親愛蓮娜是英國人，宮野厚司留學時相識。

第360—370集，為滿月對決做準備；灰原哀重病不起，貝爾摩德以新出醫生身份看病，竊聽得知雪莉變小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司愛蓮娜留給灰原哀的錄音帶；赤井秀一得知灰原哀是宮野志保，FBI開始暗中保護灰原哀；小蘭懷疑朱蒂老師是人販子。

第371—375集，滿月篇；貝爾摩德開始追殺雪莉，莎郎和克莉絲以及新出三重身份暴露，曾在二十年前殺死朱蒂父親，在碼頭與朱蒂 赤井秀一槍戰，小蘭救下灰原哀；最後，貝爾摩德沒有上報柯南和雪莉變小的事情，因為小蘭是她救命恩人，組織boss郵件按鍵聲被柯南錄下；赤井秀一和朱蒂 詹姆斯身份都為FBI；組織成員卡爾瓦多斯自殺。（主線劇情的高潮，滿月對決）

第386—387集，怪盜基德的空中漫步。

劇場版3，世紀末的魔術師，怪盜基德得知柯南身份。

第392—393集，真正的新出醫生迴歸。

第419―421集，柯南得知組織boss郵件按鍵聲是日本童謠《七個孩子》。

第428—430集，柯南準備查詢boss郵件地址被灰原哀阻止，聲稱是“潘多拉的魔盒”。（所有組織線索中斷，僅剩留在日本的FBI為紅方）

第455―456集，阿笠博士的初戀故事。

第459—463集，FBI和柯南阻止琴酒領導的暗殺活動，基安蒂 科恩 水無憐奈登場；詹姆斯·布萊克再次登場，柯南得知他是FBI；小五郎引起組織懷疑，赤井秀一與琴酒對狙，水無憐奈車禍昏迷被FBI運往杯戶醫院。（為紅黑對決做準備）

第467—468集，本堂瑛佑登場。

第497―498集，京極真大戰黑道組織泥慘會。

第502—505集，貝爾摩德出動調查水無憐奈下落，本堂瑛佑引起柯南懷疑。

第509―510集，怪盜基德盜竊四幅名畫。

第519—522集，服部平次和柯南互通情報，開始調查電視臺女主播水無憐奈；白馬探第二次登場。

第527—528集，本堂瑛佑父親是CIA情報局的事情揭曉。

第538—550集，紅黑篇；安德烈·卡邁爾登場；琴酒用計將水無憐奈奪回組織，成員楠田陸道自殺；詹姆斯告訴柯南，赤井秀一曾前往組織當臥底化名諸星大，代號黑麥，與宮野明美談戀愛深入組織。兩年前準備計劃逮捕琴酒，卻不小心暴露身份，返回美國後宮野明美就遭到了殺害；柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫；水無憐奈甦醒後承認CIA臥底身份，原名本堂瑛海，四年前父親為了讓自己繼續潛伏組織而自殺；本堂瑛佑得知父親已經去世，姐姐就是水無憐奈，和父親一樣是CIA；最後，赤井秀一假死，讓水無憐奈獲得信任成為FBI情報員，使用楠田陸道屍體逃脫。除詹姆斯外都以為赤井秀一真死；水無憐奈發來簡訊，組織推理能力高超的波本已經開始行動。（主線劇情的大高潮，紅與黑的碰撞。）

第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，並前往美國準備加入CIA。

劇場版13，漆黑的追蹤者；柯南第一次與組織正面對決；成員愛爾蘭易容成松本管理管參加警視廳會議，尋找被連續殺人犯取走的組織SD卡，得知柯南真實身份工藤新一。最後，愛爾蘭被琴酒命令基安蒂狙擊殺死，臨死前棄暗投明保護柯南，柯南從東京塔上跳落用足球腰帶綁住安全帽擊落琴酒的直升機。貝爾摩德稱柯南為“銀色子彈”。

第556―558集，衝矢昴登場，真實身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火災後衝矢昴被柯南安排住進工藤家，暗中保護灰原哀。

第562―563集，怪盜基德瞬間移動的魔術。

第570―574集，死羅神事件，柯南第三次恢復身體；兇手屋田誠人整容成工藤新一，為了報復。

第588―589集，怪盜基德VS最強金庫。

第593―594集，魚兒消失的一角巖事件，衝矢昴開始展示推理能力。

第609―612集，諸伏高明 大和敢助等長野縣警官登場。

第614―615集，銀行搶劫案；傷疤赤井秀一登場，最後開槍救下柯南。引起朱蒂和伏特加註意。

第629―632集，傷疤赤井秀一再次登場，實際上是波本假扮，行動試探FBI探員。引起琴酒的注意，準備槍殺水無憐奈和狙擊傷疤赤井，被貝爾摩德解釋清楚。

第638集，怪盜基德VS四神偵探團。

第667―672集，倫敦篇；柯南第四次恢復，在英國倫敦遇到案件，自稱“福爾摩斯的弟子”，並在大本鐘下向小蘭表白；世良真純和瑪麗前往日本尋找柯南。

第673—674集，灰原哀感受到衝矢昴的組織氣息。

第678―679集，怪盜基德的龍馬寶物攻防戰。

第697―698集，世良真純登場，轉入帝丹高中。

第702―707集，世良真純打聽工藤新一的事引起柯南注意，將訊息告訴服部平次；FBI安德烈卡邁爾見到世良真純感覺她很像某個人，詹姆斯一眼認出世良真純是女生。

第708―709 集，衝矢昴竊聽柯南和阿笠博士，得知柯南的真實身份。

第719—720集，安室透登場，真實身份組織成員“波本”； 拜毛利小五郎為師，在偵探所隔壁白羅咖啡廳打工。

第722―726集，安室透和世良真純 衝矢昴救下柯南，獲取小五郎信任。小五郎將電腦密碼5563告訴安室透。

第727—728集，灰原哀懷疑衝矢昴是諸星大。

第733—735集，安室透與高木警官已去世的師父伊達航有關係。

第751―752集，灰原哀第二次恢復身體，引起安室透和衝矢昴注意。

第753—756集，列車篇；有希子和貝爾摩德見面，提到軟體設計師板倉卓；琴酒和伏特加準備炸掉車站，衝矢昴救下世良真純和灰原哀，安室透身份揭曉，怪盜基德救場，雪莉被貝爾摩德報告死亡。（大型主線劇情，波本身份揭曉，黑色組織不再追殺雪莉）

第757—758集，安室透依舊在白羅咖啡廳打工，並看見了柯南使用麻醉針。從此，安室透開始懷疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。

第774―775集，安室透開始展示高超的推理能力。

第776―777集，怪盜基德盜竊赤麵人魚。

第779—780集，小蘭回憶自己似乎在以前見過世良，看見世良的背影總是能想起波浪。

第783―784集，“太閣名人”羽田秀吉首次登場。

第786―787集，柯南向朱蒂通風報信，安室透和貝爾摩德一起行動，竊聽對話。

第797―800集，怪盜基德VS京極真。

第807―808集，紅衣女事件；世良真純告訴小蘭 園子 柯南她還有位二哥，她們是三兄妹並且姓氏不同。

第809集，世良•瑪麗首次出現，照片在世良真純的手機上顯示。

第812集，世良真純告訴柯南 小蘭 園子，她曾經去過美國（其實是英國），回國後準備前往二哥那裡居住被拒絕，父親的朋友又提供給她豪華酒店居住；他們前往世良真純居住的酒店去玩，遇到殺人案，柯南趁機安裝竊聽器。

第813集，世良•瑪麗識破柯南的陰謀，讓世良真純告訴柯南她是“領域外的妹妹”。

第816―817集，柯南向灰原哀通風報信，領妹的事情。

第823―824集，柯南得知安室透的第二個代號“零”；安室透得知組織成員楠田陸道可能是開槍自殺，稱呼柯南為“隱藏在天真下的魔爪”。

第832—836集，緋色篇；赤井秀一假死計劃暴露；安室透真實姓名降谷零，日本公安臥底身份揭曉，開始調查楠田陸道自殺的手槍；朱蒂和卡邁爾得知赤井秀一還活著，被有希子易容成衝矢昴；水無憐奈發來簡訊，組織二號人物朗姆開始行動；安室透得知貝爾摩德是boss的某種關係。（日本公安加入與黑衣組織的對決；安室透不再追究赤井秀一死亡）

第838―839集，羽田秀吉再次登場，知道大哥赤井秀一沒死。（世良真純不知道二哥羽田秀吉是著名將棋手，世良真純和領妹都以為赤井秀一死了。）

第845—846集，柯南得知朗姆的外形特徵，有隻眼睛因事故換成了義眼。

第865―867集，大和敢助的左眼受傷，疑似朗姆；黑田兵衛在長野縣登場，因有隻義眼引起柯南恐懼，並稱呼柯南為“小五郎的智囊”。

第868集，安室透的調查，被琴酒盯上。

第891―892集，蘇格蘭登場在回憶，成為赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真純是赤井秀一妹妹。

第904―905集，羽田秀吉輸掉比賽，和女朋友宮本由美通話中提到自己義兄羽田浩司。灰原哀聽到這個名字，想起組織死亡名單也有羽田浩司，把這件事告訴了柯南。

第916―917集，柯南和灰原哀 衝矢昴開始在網上調查羽田浩司案，破解暗號得知嫌疑人是淺香和組織二號人物朗姆；17年前，資產家阿曼達和羽田浩司一起死去，淺香是她的女保鏢；衝矢昴告訴柯南，羽案是讓他加入FBI的重要案子，和他父親有關。（關於朗姆酒的重要案子）

第918―919集，柯南繼續調查羽田浩司案，毛利小五郎 世良真純和領妹也有調查。琴酒盯上“沉睡的小五郎”。（師徒二人被琴酒盯上）

第921―922集，蘇格蘭自殺原因揭曉，柯南和衝矢昴來演唱會調查羽田浩司案，安室透和貝爾摩德也來調查。（貝爾摩德稱呼蘭為angel）

劇場版:純黑的噩夢；朗姆派出庫拉索前往公安內部找臥底名單，得知赤井秀一還活著被狙擊輪胎，失憶流落東都水族館；風見警官登場；組織成員司陶特 阿誇維特 威士蓮均被暗殺，柯南和赤井秀一救下降谷零和水無憐奈；降谷零拆彈時提及松田陣平，兩人曾是警校同學；最後，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升機，成為貫穿組織心臟的三顆“銀色子彈”，庫拉索犧牲。

第933―934集，世良真純開始向柯南進一步的暗示。

第936―937集，漣漪篇；柯南終於想起來，十年前在英國海灘邊玩見過世良一家；柯南得知領妹是世良母親“瑪麗”，“太閣名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一準備前往美國加入FBI，提及父親“赤井務武”。

第940―941集，大岡紅葉與伊織無我首次登場；大岡紅葉自稱是服部平次的未婚妻。

劇場版:唐紅的戀歌，揭曉服部平次與大岡紅葉的故事。

第942-943集，怪盜基德盜竊機關盒。

第944―945集，帝丹小學新老師若狹留美登場，開始一步步試探柯南。

第949―950集，脅田兼則登場，刻意接近小五郎，還有一個義眼，十分詭異。

第951―952集，若狹留美武力拯救偵探團，上了新聞。引起黑田兵衛和脅田兼則的注意，他們似乎相互認識。

第964―965集，黑田兵衛也在調查羽田浩司案，並在露營時和若狹留美見面，懷疑她是阿曼達的女保鏢淺香；若狹留美也似乎見過黑田兵衛，並救下被劫持的步美；柯南和灰原哀發現若狹留美的左眼失明。

劇場版22，零的執行人，揭曉黑田兵衛是降谷零的公安上級。

第971―972集，京都劍道大賽；沖田總司首次登場，撩小蘭引起柯南不滿；大岡紅葉和伊織無我第二次登場。

第980―981集，柯南獲得灰原哀信任，風見警官第一次在TV版登場。

第982―985集，修學篇；柯南第五次恢復，參加京都修學旅行遇上案件，破解案件後和小蘭親吻，開始正式交往。世良和領妹也開始行動。

第998―999集，工藤新一出現在京都清水寺暴露，引起新聞媒體轟動。最後，工藤優作和有希子回國幫忙解圍，並解開羽田浩司案的真正暗號“烏丸”。柯南推理出烏丸蓮耶，疑似黑色組織boss。有希子和工藤優作開始留在日本幫助柯南。朗姆盯上工藤新一，發簡訊讓降谷零蒐集情報。黑田兵衛、脅田兼則、若狹留美注意工藤新一，若狹身上有傷疤且擁有組織死亡名單，帶著羽田浩司的將棋。

（黑衣組織boss身份大揭曉，朗姆盯上工藤新一）

第1009―1011集，降谷零回憶宮野明美和愛蓮娜，似乎與烏丸集團有關係；緊接著，降谷零夜潛工藤家，被赤井秀一逮著。然後，和有希子和工藤優作開始了紅茶談話。

第1028-1031集，東京發生了女警襲擊案，黑田兵衛在這次案件中對降谷零下達指令稱他為“波本”。

life·1013—1048話，怪盜基德盜竊寶石妖精之唇；伊達航的遺物轉交給諸伏高明，是蘇格蘭自殺時打穿的手機，蘇格蘭原名諸伏景光和降谷零一樣為日本公安，是諸伏高明弟弟；小五郎帶著脅田兼則和安室透去長野縣，諸伏高明認出安室透是弟弟諸伏景光的朋友，黑田兵衛救場；若狹留美與羽田浩司有關係，並看見柯南使用麻醉針；世良真純開始提醒小蘭柯南身份，世良真純引起灰原哀注意，灰原哀知道烏丸蓮耶；赤井務武在17年前調查羽田浩司案失蹤，赤井秀一 羽田秀吉 瑪麗逃往日本；柯南推理出領域外的妹妹真正含義是SIS，英國MI6簡稱；柯南得知羽田浩司是有錢人家，並和赤井秀一一起救下羽田秀吉；瑪麗命令世良真純去搶柯南的A藥解藥，回憶幾個月前在英國MI6總部前的一座橋上，與赤井務武見面。赤井務武為貝爾摩德假扮，給她強灌了APTX4869，瑪麗跳河逃脫。

劇場版：變小的名偵探柯南，重製版第一集；波本查出來與伏特加交易的董事長與泥慘會有勾結；琴酒 伏特加除掉組織的“老鼠”；朱蒂 赤井秀一與貝爾摩德在紐約的街頭追逐戰。

柯南的主線就是除了劇場版和番外版之外的TV版，漫畫版吧。

主線劇情TV版分日語版和普通話版本

日語版進度較快，目前已經更新到了應該是1031集，而普通話版本則更慢一些

劇場版具體有多少我倒不是記得很清楚了，大概20多部吧

總而言之，主線劇情應該就是從第一集開始，到目前還未更新完的TV和漫畫。