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男主岡部倫太郎是一個重度中二病患者，每天都會和好友在秘密基地弄些沒什麼用的小發明。其中一個遠端定時微波爐在機緣巧合之下，擁有了想過去發簡訊的功能，而男主嘗試給過去發的那條簡訊，在無意之間拯救了一個本該死去的天才少女牧瀨紅莉棲。

後來，為了實現身邊朋友們的心願，他不斷的用這個電話微波爐改變過去，這使得世界線發生了改變，導致了男主的青梅竹馬死亡......

該片改編自士郎正宗的同名科幻漫畫，講述了在“平行世界”的2029年，全世界被龐大資訊網路連為一體，人類的各種組織器官均可被人造化，各種新型的犯罪事件也隨之產生，日本國家公共安全委員成立下屬秘密行動小組“攻殼機動隊”，專門解決這類事件的故事。

男主我聞悠太是高中二年級學生，他運營著以一夜致富為目標的超自然彙總系營銷部落格，用科學來解釋發生在世界上的超自然現象。以此為契機，與他志同道合的朋友們集結在了一起，他們的命運不可思議的交叉在了一起，隨之而來的是一些小小的“違和事件”，並發展成了超乎想象的大事件。

金田一一是名偵探金田一耕助的孫子，是個懶散頹廢的高中生，或許是爺爺對他的影響，每當事件發生後，他會展示出連大人都不如的敏銳的洞察力。最初的搭檔是青梅竹馬的七瀨美雪。兩人那種“友人以上、戀人未滿”的青春期的平淡異性關係，在血腥的殺人事件中，給人帶來一個明朗的青春形象。

故事發生在人類的心理狀態和性格傾向都能被數值化的未來，所有的感情、慾望、社會病態心理傾向等全部被“西比拉系統”記錄並管理，大眾以“好的人生”作為目標，竭力於數值性地實現它。

大街上隨處可見的監控器，會隨機對人們進行數值檢測，當發現犯罪數值不正常的人，西比拉系統則會派出專業人員，將其帶往指定地點矯正。

而同在監視下維持治安的工作的刑警被分為抓捕犯人們的行動部隊“執行官”、以及監視指揮執行官們的“監視官”一起合作執行任務。他們發現，自己的所作所為常常會與真正的正義相悖，但卻不得不在監視下繼續執行任務。

西比拉系統的真實面目是什麼，如此的疑問，逐漸浮上他們的心頭。

9該番是以在禁酒令施行期間由黑手黨控制的街道為背景發生的故事。某天，男主阿維里奧收到了神秘人物的一封來信。以這封信為契機，他的復仇之火被點燃，並重返羅萊斯。之後，他侵入仇家瓦內蒂一家，為了完成復仇而接近唐·瓦納迪的兒子尼祿。

殺戮帶來殺戮，復仇連鎖向新的復仇。被悲哀命運引導的男人們，為期91天的復仇，會是怎樣的結局？