根據各方描述，有三種觀點。

第一，《永樂大典》正本是在八國聯軍侵華的時候被破壞和搶奪了。但是根據各國儲存的殘書來看，那根本不是正本，只是摘抄本而已。

第二，有人認為《永樂大典》正本已經被燒燬，至於燒燬的時間地點也存在分歧。一則認為是被燒於明末文淵閣，一則認為是清朝嘉慶年間乾清宮失火燒燬，但無論是哪一種都經不起推敲。

第三，《永樂大典》正本在嘉靖皇帝的玄宮裡，相信這種說法的人也是最多的，但是卻沒有足夠的證據，因為至今都沒有人能獲得進入永陵挖掘的許可。 據史料記載，嘉靖對《永樂大典》十分依賴，時常翻閱參考。他還曾命人抄寫《永樂大典》分兩處收藏以備不時之需，然而令人不解的是，就在《永樂大典》宣告抄寫完成之後，正本就失蹤了。

《永樂大典》編纂於永樂年間，先後由內閣首輔解縉和太子少師姚廣孝主持修纂，歷時五年（1403－1407年）編修完成，是中國最著名的一部古代典籍，也是迄今為止世界最大的百科全書。 它的規模遠遠超過了前代編纂的所有類書，有萬書之書之稱，為後世留下許多豐富的故事和難解之謎。

編纂於明朝永樂年間，儲存了14世紀以前中國歷史地理、文學藝術、哲學宗教和百科文獻。共1110卷），分裝成11095冊，全書約3億7千萬字。 它儲存了14世紀以前中國歷史地理、文學藝術、哲學宗教和其他百科文獻，與法國狄德羅編纂的百科全書和英國的《大英百科全書》相比，都要早300多。