施工合同與招標檔案有矛盾。合同約定是甲乙雙方真實意圖的表達，具有法律效率，在解釋順序上居第一位。既然合同雙方約定：如有清單漏項或設計變更增加新的工程量清單專案時,可套定額計取,那麼,工程結算時,套定額的這部分措施費是應該計取的。

新增工程量措施費計算通常按以下方式計取：常見的招標檔案和合同都會約定，本工程的措施費除安全文明施工費按規定調整外，其他措施費包乾使用，結算時不做調整，這裡包乾通常指的是總價措施專案，如機械進場費，塔吊安拆費等，如果的確增加使用機械措施費需要業主單獨簽證才能進入結算，否則通常不會計算。但增加能具體算工程量的專案如：梁、板、柱這些專案，模板工程量應按計算規則計算並進入最終工程結算。這種情況合同和招標檔案約定不一致的，通常按合同解釋順序執行，但政府招標專案不管是審計還是起訴至法院，都是按不利施工方處理，這裡能就能體現施工單位就是弱勢群體。

合同檔案的編制是以招標檔案為基礎的，並綜合了商務技術澄清和開標過程中補充內容後的檔案，一般招標檔案也作為合同一部分附在合同後。但是其執行順序是不同的，合同特殊條款優於一般條款，其他一般按照合同前後順序執行，有矛盾的優先合同前面的，如合同中未標明的要求，則執行招標檔案中要求，招標檔案一般放在合同最後參考。

通常情況下，中標合同與招標檔案一致。一般中標後簽訂的合同包含合同協議書、通用條款和專用合同條款三大部分。一般合同協議書主要包括工程相關基本情況、合同價格、合同生效條件等重要內容；通用條款為一般性條款，不太會發生大的變更，但專用合同條款則是對通用合同條款的補充、修訂、完善以及另行約定。

如果合同與招標檔案有矛盾，首先要看是不是存在“黑白合同”，白合同為中標合同，一般與招標檔案相符，黑合同則是對中標合同私下作了實質性變更，比如另行改變工期、價款、讓利、向建設單位捐款等法律行為，這種合同一般會存在與招標檔案不相符的情況。如果確定是簽訂了黑白合同，應當以“備案合同”，也就是白合同約定的價款、工期等作為最終竣工驗收、結算的依據。也就是說黑合同如果違背了白合同中的實質性條款，是不能適用的。

第二種情況就是，中標合同已經簽訂了，但在簽訂合同以後，可能發生了設計變更、規劃指標調整等現象，建設方、施工方透過補充協議、會議紀要、經濟洽商記錄等，也會發生與招標檔案不一致的情形，這種情況視為對中標合同的變更，應當認定後變更的合同有效，按照後變更的合同履行。

最後一種和第二種情況類似，也就是說，建設方和施工方就同一建設工程簽訂了與中標合同不一致的合同的，如果不涉及價款、期限、工程質量這些問題或者即使涉及這種問題，但屬於上述第二種情況的，都不是黑白合同，或者叫陰陽合同，都屬於合同變更，合同視為有效。可以按照新合同履行，否則就是第一種情況，應當按照中標合同履行。

通常情況下招標檔案中附有中標後合同格式文字。所以合同與招標檔案不太可能出現你說的情況。因為，作為專案完整的招投標檔案資料包括中標合同，同時該合同以空白的格式文字出現在招標檔案中，怎麼能出現矛盾呢？那招標單位如何結束專案的招標工作呢？

國有資產招投標的，如果合同與招標檔案不一致，一般以招標檔案為準。

一般來講，招標檔案是合同製作的依據，合同只能反映招標檔案的內容，而不能改變招標檔案，否則，就是改變了招標條件和內容，這樣對於未中標人是不公平的。