我國南水北調工程分西線，中線，東線三條線。就目前已完成的中線來看，投資千億之多，而且歷經數年，工程量大。從丹江口水庫到北京，標高差是達100多米，沿途地形複雜，而且有眾多河流，山脈阻擋，一些文物，溼地，物種要保護，需要設計了抽水發電站，渡橋，隧洞等等一系列設施，根本上做不到運河的標準，更不要說西線高差上千米之多，更何況會更多增加成本，可行性低。

運河是陸上運輸、海上運輸還不發達時的產物，主要作用是貨物運輸，而當前南水北調是水資源運輸，與運河完全兩碼事，不管從汙染還是經濟角度都不可能建設成運河。

首先說下古代的運河，當時海運不是特別發達，陸地上也沒有“後八輪”、鐵路運輸這些現代產物，陸上運輸基本是靠馬車，運量少且速度慢，人困馬乏是家常便飯。而透過運河，不但運量提高，運輸也沒有陸地那麼勞累，所以當時的運河作用巨大，不亞於當前的海洋運輸。

以京杭運河為例，運河走向不是固定的北向南，也不是固定的南向北，不同河段河流走向不同，大部分遵循自然流向。而反觀南水北調，需要絕對的南向北，否則達不到輸水目的，輸水工程如果建設成運河那麼浩大，增加經濟投入，給北方用水增加經濟成本，得不償失。

另外，運河的功能是運貨，南水北調的功能是“飲水”，一個對應貨物，一個對應身體健康，建造成運河模式，勢必也會造成水質汙染，當前的船隻可不是以往的風帆船、划槳船，而多靠能源發動機驅動，大量執行勢必汙染水質。

南水北調的初衷是解決飲用水問題，因此河道狹窄，淺，目前來看還是起到一定作用，但全部用水泥覆蓋河底和坡堤，就對水和土壤的自潔能力產生影響。如果修成運河，可以搞二期工程，按照古代運河的標準，不用混凝土做底，但大堤還是可以用鋼筋和混凝土的，當然用原來的河道不現實，因為現代船隻的燃油和塑膠垃圾會造成水質汙染，這就是說，飲用水的安全要百分百保證安全。某些地段比如穿黃工程，不能複製成運輸河道。所以二期工程也只是根據地理條件，在合適地點施工。對於運河水質安全的考核很簡單，在水庫和河道里養殖魚，蝦，蟹，就像珠江上的網箱養水產品一樣，他們的生存出了問題，那對於環境和人類是有害的，如果水產品生存沒問題，就證明沒有化工企業在做害，如果想達到灌溉，飲用，運輸都可以，必須嚴格管理，否則，垃圾問題就把沿河的居民惹惱了，是不會答應的，養魚蝦是增長農民收入，給他們帶來收益，他們也不會阻撓徵地的問題。