在309/310/311這三集當中，黑衣組織委託一個軟體開發工程師設計軟體，而透過對話我們可以知道是設計人類記憶和思維儲存的。而他們的目的是成為人類的上帝，操控生死，其實我們不難發現，黑衣組織想要利用軟體來複制記憶，又要用APTX4869來阻止身體衰老，當然也可能是想要讓組織的大boss起死回生，雖然這樣的事情很讓人意外，但是至少這件事情被黑衣組織提上了日程。不得不說，黑衣組織這樣的研究幾乎是反人類的，這樣的結局最終還是會被柯南發現，然後找到解藥，身體恢復正常。畢竟在這部劇當中，更多的是正能量的東西，所以說黑衣組織計劃當中的事情越是氣勢磅礴，就越能感受到這個世界的正能量，更何況，青山岡昌在動漫中所描述的黑衣組織的這個願望也是不可能實現的，因為這中間有柯南一直在從中阻撓，並且不管是在怎樣的情況下，柯南都會與惡勢力抗爭到底的！

作為解開黑衣組織神秘大門的重要鑰匙APTX4869，一直以來給到觀眾的資訊就是神奇的退化作用，但這個藥品並非對所有人有效果，在APTX4869死亡名單裡，能活下來的也只有工藤新一一個，還有抱著必死決心自己服藥的雪莉，黑衣組織自然不會把致死率如此高的藥品當初返老還童的藥品，所以大部分組織成員並不知道APTX4869具有返老還童的偶發性，而是當初特殊的毒藥。

黑衣組織成立有半個世紀，如今作者已經公佈了組織的首領，是40年輕年紀就過百的烏丸蓮耶，以烏丸蓮耶當時的年紀，即使活著差不多也是半隻腳踏進棺材的那種，加上當時招募了宮野博士夫婦進行研究，光從這兩點資訊來看，組織一開始研製的方向就是返老還童的藥品，並且宮野夫婦做出了讓死人復活的神秘藥物“銀色子彈”，也APTX4869的前身，如今的APTX4869只是雪莉根據父母留下的資料重新研製的藥品，兩者是不一樣的。

隨著後續的劇情發展，宮野夫婦不滿組織的對銀色子彈的各種試驗，以中斷研究的方式進行抵抗，最終被組織殺害，並且把大部分資料燒燬，組織需要人手繼續對藥品的開發研製，讓雪莉加入研究APTX4869，但研究方向變成了毒藥，而不是最初讓死人復活的那種效果，這才有了灰原哀當初懺悔說的那句話：“我也是出於無奈，我一開始根本不打算製造毒藥的。”所以從這一點推論，組織很可能一開始就沒有對雪莉說明銀色子彈的事，如果不是注意到工藤新一這個特殊的案例，她本人應該會認為APTX4869就是毒藥。

但有一點需要注意的是，雪莉發現APTX4869返老還童的作用並沒有彙報給組織，而這個藥效很可能就是組織讓雪莉接手研究想要的成果。

其實，到了這裡基本上大致就很清楚組織研製APTX4869的目的，其實就是想要研究新版的“銀色子彈”，從最初研製讓死人復活的藥品，在試驗階段因宮野夫婦的原因被迫終止，隨後由雪莉接手研製，待發現APTX4869特殊效果後逃離組織，組織並沒有得到新藥品能返老還童藥效的反饋，所以組織的目的其實一直沒變，就是想要完美版的長生不老，或者說讓死人復活的藥，讓組織掌控者能永遠掌控組織，這一點僅僅針對組織最核心的高層，就連琴酒這樣的老忠臣都不包括在內。