因為真實歷史上，明朝的的確確是由明太祖朱元璋在1368年建立的。這個問題應該是不難理解的。然後

歷史上的朱元璋（1328年10月21日—1398年6月24日），字國瑞，濠州鍾離（今安徽鳳陽）人， 漢族。原名朱重八， 後取名興宗，參加郭子興領導的紅巾軍後改名為“朱元璋”。明朝開國皇帝，年號洪武。

朱元璋幼時貧窮，曾為地主放牛。至正四年（1344年）入皇覺寺， 25歲時參加郭子興領導的紅巾軍起義反抗元朝， 至正十六年（1356年）攻佔集慶路，將其改名應天。在消滅陳友諒、張士誠等割據勢力後，於至正二十七年（1367年）命徐達、常遇春以“驅逐胡虜，恢復中華” 為號召，舉兵北伐，以推翻元朝統治。洪武元年（1368年）正月初四日，即皇帝位於應天府，國號大明，年號洪武。 同年秋攻佔大都，結束了元朝在全國的統治。又平定西南、西北、遼東等地，最終統一全國。

朱元璋在位期間，政治上廢丞相和行中書省，設三司分掌權力，進一步加強了中央集權， 嚴懲貪官和不法勳貴 ；軍事上實施衛所制度；經濟上大搞移民屯田和軍屯，興修水利，解放奴婢，減免稅負，派人到全國各地丈量土地，清查戶口等 ；文化上緊抓教育，興科舉，建立國子監培養人才 ；對外確立了“不徵之國” 。社會生產逐漸恢復和發展，史稱洪武之治。

只是到了金庸武俠小說《倚天屠龍記》當中，張無忌成為了中土明教的第三十四任教主，而朱元璋則成為明教教主張無忌麾下的一個小頭目了！

然而歷史是無法更改和經不起假設的！

因此，在《倚天屠龍記》小說的結尾部分，金庸先生就十分巧妙地設定了張無忌和徐達、常遇春等人之間的矛盾，讓張無忌自己在明教的教主位置上知難而退。之後朱元璋在明教當中由於羽翼已經豐滿，朱元璋逐漸掌握了明教的實權……

所以，張無忌掌管下的明教也就順理成章地由朱元璋這個小頭目來打天下了。

這個問題可以分兩部分說。

第一個，小說背景有史實，明朝是朱元璋建立的，這無法改變，小說的主角是虛擬人物，又不能取代朱元璋，所以最終必須是朱元璋當皇帝。

關鍵是第二點，小說的思想設定。《倚天屠龍記》描寫明教的故事，詳細而且反覆地介紹了其教義，楊逍向張無忌講解教義一段，教義明確規定明教只作為監督政府和君王的組織存在，替天行道，任何教徒不得稱王稱霸，即不能當皇帝。張無忌在蝴蝶谷誓眾時，就三令五申這一教規。在新修版中，再一次於結尾處嚴肅說明絕不當皇帝，周芷若因此茫然若失（她曾因被說可能當皇后而暗喜），他跟趙敏去蒙古，但若發現明教教徒有人當皇帝，“倚天一出，誰與爭鋒”，他會回來解決他。因此，金庸交代瞭解決辦法，朱元璋要當皇帝，乾脆脫離明教，但明教為了反元大業，仍然允許教徒為他征戰，所以朱元璋建國國號不得不有一個“明”字，但後來也是跟歷來朝代一樣把明教作為黑社會組織剿除的。在這裡，朱元璋已經不是明教教徒了。

明朝與明教有瓜葛，金庸說是借鑑鄧廣銘的歷史研究，編寫發揮了這一部分。但這種故事，在我看來並不值得信以為真，鄧廣銘加持也沒用，茶餘飯後聊聊小說好了，歷史結論不該這樣說。