理科優先選擇中科大。儘管南大綜合實力也不錯，但理科與中科大相比有不少差距。

在第四輪學科評估：中科大7個A+2個A，6個A- 15個A類學科全部都是理工科。

在第四輪學科評估：南大3個A+；11個A，7個A- 21個A類學科，南大綜合實力很強，相對來說文科比理科更強。21個A類學科中理工科只有9個。

中科大雖然人文學科缺失，但它有自己的特色，中科大已進入全球十大科研機構。在尖端科技領域為國家做出了突出的貢獻。如果你讀理工科，選擇成為中科大的學生，很值得你驕傲。

謝邀！這兩個學校都是985、211、雙一流學校，也都屬九眼聯盟學校。中科大在合肥，58年建立，是新中國理工科重點學校。南京大學前身可追溯臥清朝三江學堂，解放前為國立中央大學，解放前轉併為南京大學。中科大7個A+2個A，6個A- 15個A類學科全部都是理工科。 南大3個A+；11個A，7個A- 21個A類學科，南大綜合實力很強，相對來說文科比理科更強。21個A類學科中理工科只有9個。故我覺得理工科還是選中國科技大學更好。。

兩所大學都是985、211平臺和雙一流建設的高水平大學，也同為C9聯盟和華五成員，走的都是小而精的路線。不同的是南大是一所文理並重的綜合性大學，而中科大幾乎是純理科大學，

針對你的問題，首先你是讀本科，還是考研？

如果你是讀本科，像南大和中科大這類國內頂級的學校幾乎沒弱勢專業，相差也是在伯仲之間。對於本科生而言，兩個學校同一學科之間的差異對你沒有任何影響。而真正影響你的是學校的辦學理念、校風、課程設定、國際化程度，以及所處城市的文化和發展程度，細微來講甚至是在校的男女生比例。

二如果是考研，那就要更加看重具體專業了和導師了。比如南大生物學是國家一級學科，天文學、地球物理、情報學更是響噹噹的存在。而中科大的物理、化學、核技術等的學科評級又相對佔優。因此，你考研的專業在兩校有明顯的錯峰，就直接選佔優的學校即可。如果你考研的專業在兩校同屬評級A–以上的高水平，那你就要考慮導師因素了。因為在這樣的專業，兩所學校都會有大牛和善於培養人才的導師。而這樣的導師才是決定你命運的關鍵因素。

其次，南大和中科大理科都很強，各有優劣勢，不分伯仲。只要你足夠努力，在這樣的學校你都不會差。所以選擇在哪一所學的理科，關鍵就看你的自己的人生規劃。你是想來一次文理思維的碰撞，還是潛心耕耘一畝三分地！