晉商沒落的原因有很多種，有內在與外在的原因，在歷史上來看，主要是在清朝末年沒落的。

清朝末年，上海成為通往西方的門戶，加上白銀外流，銅錢價格暴跌，晉商喪失販鹽的利益，而且交通路線的重大變遷，晉商便開始衰落。中國自古以農立國，歷代皆行抑商政策，商人社會地位低下，往往被人瞧不起，因此與官府關係越驅緊密。晉商雖然在中國近代金融界輝煌一時，但其興盛並非依靠自由經濟體系的競爭，而是依賴與朝廷的特殊關係。所謂“官商經濟”（或稱官商勾結的壟斷經營），晉商的後代往往走向科舉之路，最後在朝廷內閣任官，例如明朝萬曆時期的蒲州張四維家族。一榮俱榮，一損俱損，“一旦官僚消滅，票莊無所憑依，自然不能存在”。入清後，晉商被緊緊地綁在清王朝的戰車上，成了清王朝利用的工具，只能與清王朝的命運休慼與共。大量捐納加速了清王朝的沒落，同時造成了晉商本身生存發展的危機。同治元年（1862年），俄人因《中俄陸路通商章程》而享有特權，可節省大筆費用，所以俄商販茶業務扶搖直上，使得晉商壟斷兩湖的茶葉販運事業久不復見。同治七年（1868年），恰克圖的晉幫商號由原來的一百二十家下降到四家。光緒三十四年（1908年），山西蔚豐厚票號北京分莊經理李宏齡建議改組票號為銀行，卻遭到蔚泰厚總經理毛鴻翰的反對。

辛亥革命後，山西票號毫無準備，放出之款無法收回，日升昌票號在四川、陝西各省的損失，“總計損失白銀300萬兩以上”，天成亨票號被土匪搶劫現銀100多萬兩，蔚泰厚票號總經理毛鴻翰轉而支援票號改革，山西票號向奧商華利銀行借款 200萬磅，不久國務總理熊希齡倒臺，貸款之事成為泡影。最後晉商迅速退出歷史舞臺。