根據題主對問題的描述，建議作如下會計處理：

一、如果你公司是一家小型建築公司（一般納稅人）就可以簡單處理如下：

1、當工程量結算後，在你公司開具增值稅專用發票給房地產開發公司時：

借：應收賬款--房地產公司--工程款

貸：主營業務收入

應交稅金--應交增值稅--銷項稅

2、依據“協議”和房地產公司給你公司開具的增值稅專用發票

借：固定資產--房屋

銀行存款（工程款大於房屋的差額）

應交稅金—應交增值稅—進項稅

貸：應收賬款--房地產公司--工程款

3、月底結轉房建支出成本，下月起開始計提房屋折舊。

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二、如果你公司是一家大型建築公司，則要按照“建造合同收入”進行會計處理。

1、當工程量結算後，在你公司開具增值稅專用發票給房地產開發公司時：

借：應收賬款--房地產公司--工程款

貸：工程結算—xx房建工程

應交稅金--應交增值稅--銷項稅

2、依據“協議”和房地產公司給你公司開具的增值稅專用發票

借：固定資產--房屋

銀行存款（工程款大於房屋的差額）

應交稅金—應交增值稅—進項稅

貸：應收賬款--房地產公司--工程款

3、每月底按照合同完工百分比法確認收入和費用

借：工程施工--××房建工程-合同毛利

主營業務成本--××房建工程

貸：主營業務收入

4、房建工程完工後將“工程結算”科目餘額與“工程施工”科目餘額對沖，如果“工程結算”科目餘額大於“工程施工”科目餘額，說明房建工程盈利；反之為虧損。

借：工程結算--××房建工程

貸：工程施工××房建工程-合同成本

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