兔舍消毒可以簡單分為空舍消毒和帶兔消毒，空舍消毒時力求完全、徹底，帶兔消毒時應該用刺激性小、效力強的消毒劑，同時注意根據主要病原種類輪替使用各類消毒劑。

空舍消毒時，全場徹底清掃汙物，清理糞便，地面用水沖洗乾淨，能拆卸的籠舍拆卸，福爾馬林或石灰乳溶液浸泡，舍內氫氧化鈉溶液浸泡或噴洗，清洗後用福爾馬林燻蒸時，按每立方米空間12毫升福爾馬林，6克高錳酸鉀的比例配齊，將福爾馬林放入金屬容器中，面積較大時，多點分放，密閉所有門窗，由裡向外逐個加人高錳酸鉀，迅速離開，關閉門窗，密閉至少24小時後通風換氣，至無福爾馬林氣味後方可進兔。

日常帶兔消毒時，可以選用季銨鹽類、複合碘類消毒劑，根據兔的生長髮育期確定消毒次數。仔兔開食前每隔2日消毒1次；開食後斷奶前，每隔3-4日消毒1次。幼兔期每星期消毒1-2次。青年兔、種兔每7日消毒1次。免疫接種前後3天停止消毒。兔群發生疫病時可採取緊急消毒措施。

場地消毒時，要做好兔場和外界、不同兔舍之間的隔離消毒，在兔場前做好消毒池，免舍的門前也可以建立小消毒池，及時維持和更換消毒液，離兔舍較近的土壤、綠化帶和糞溝在兔舍消毒時連帶消毒。兔場附屬環境、生活區等，做好清潔衛生，每月消毒一次即可。

要保證良好的消毒效果，需要注意以下事項:

鹼和醛類消毒劑對病毒很敏感，但多數酚類消毒劑對病毒卻沒有多大作用，表面活性劑類消毒藥物。對細菌效果很好。但對病毒的效果不確定；大多數消毒藥對細菌有作用，但對細菌的芽孢和病毒作用很小，因此在消滅傳染病時應考慮病原的特點，有針對性地合理選用消毒藥。

一般來說，消毒藥的殺菌力與溫度成正比，溫度增高，殺菌力增強。因而，消毒藥劑在夏季的消毒作用比冬季要強，在低溫季節對消毒劑的選擇更苛刻，作用時間也需更長。

一般情況下消毒藥的效力與作用時間成正比，與病原微生物接觸並作用的時間越長，其消毒效果就越好。作用時間如果太短，往往達不到消毒目的。比如，在炎熱的夏季或太陽直射的場地，消毒劑噴灑後很快蒸乾，就能明顯影響到消毒的效果。

畜舍中有大量有機物存在， 如畜禽的糞、尿、血、炎性滲出物、脫落的毛髮、墊料等，它們能阻礙消毒藥與病原微生物接觸，明顯而影響消毒藥效力的發揮。而且這些有機物往往能中和和吸附部分藥物，也使消毒藥效力減弱。因此在使用消毒藥前，應進行充分的機械性清掃，清除被消毒物品表面的有機物，使消毒藥能夠充分發揮作用。

一般來說消毒藥的濃度越大，殺菌力也就越強。但隨著藥物濃度的增大，對活組織的毒性也就相應地增強。而且當消毒液的濃度達到一定程度後， 其效力就不再增加。因此，在使用消毒藥時應選擇有效和安全的殺菌濃度。例如，70%的酒精要比95%的酒精殺菌效果好。同時，也需要考慮消毒劑在環境中被動稀釋的問題，如糞溝等場合，消毒劑噴灑後會被稀釋，也應提前考慮在內。