一、 病原不同：藍眼病是由副黏液病毒科(Paramyxoviridae)的藍眼副黏液病毒( Blue eye paramyxovirus)所引起；而藍耳病是生殖與呼吸綜合症的俗稱，是由披衣病毒科(Arteriviridae)的豬生殖與呼吸綜合症病毒(Arterivirus)所引起；至於藍舌病是由里奧病毒科(Reoviridae)的藍舌病病毒(Orbivirus)所引起。
二、 特徵不同：藍眼病的特徵有中樞神經症狀、繁殖障礙及角膜混濁；藍耳病則以引起母豬流死產、哺乳及保育豬之死亡為特徵；至於藍舌病的特徵是發熱、耳鼻水腫、頰粘膜潰瘍、冠狀帶充血、呼吸緊迫及顯著之惡病質。
三、 感受性動物不同：豬是藍眼病及藍耳病唯一的感受性動物；而藍舌病的感受性動物則包括綿羊(天然宿主)及牛隻(為本病之傳染源)。
四、 傳播方式不同：藍眼病病毒可藉人或車輛而散播，也可藉鳥及風來傳佈；藍耳病病毒的傳播包括平行感染與垂直感染兩種。平行感染主要是接觸感染，帶(排)毒豬是病原傳播者，垂直感染則是指豬生殖與呼吸綜合症病毒透過胎盤而發生；藍舌病病毒則是經由糠蚊(Culicoides)所傳播，不會經由直接接觸、飲水及飼料等傳染。
五、 流行概況不同：藍眼病明顯的發生在密閉式豬場，是自我設限性的，即爆發過後很少有新的病例再出現；藍耳病則是無季節性全年都可能發生，衛生管理不佳的豬場，將更形嚴重；藍舌病在秋天第一次下霜後消失，較常發生在雨季晚夏早秋的時候。
六、 臨床症狀不同：
(一) 藍耳病：
1. 哺乳豬：皮毛粗剛、腹式呼吸，易因二次感染而死亡。
2. 保育豬及肥育豬：發熱、食慾不振、呼吸症狀、腹部及耳部發紺(為本病名之由來)。
3. 種公豬：精液品質下降、精液量減少。
4. 種母豬：沉鬱、食慾不振、偶而耳部發紺、發情不明顯、懷孕後期感染會發生流死產或產下弱小豬。
(二) 藍舌病：
喪失體重、無精打采、唇鼻耳處水腫、頰粘膜與舌有充血及發紺(為本病名之由來)、粘稠鼻分泌液、鼻孔周圍及嘴唇處形成痂、呼吸緊迫、下痢、跛行、關節強硬、腳水腫、冠狀帶蹐充血、極度惡病質與削瘦。
(三) 藍眼病：
1. 哺乳豬：突然虛脫、沉鬱、側躺或有神經症狀、肌肉振顫、步履不正常、發燒、粗毛、拱背、角膜混濁，出現臨床症狀後，常在48小時內死亡，也有延至4~6天死亡。
2. 保育豬及肥育豬：結膜炎、眼瞼腫脹及流淚、瞳孔放大、瞎眼或眼球振顫，一成左右之感染豬隻有單側或雙側性角膜混濁(為本病名之由來)。
3. 種公豬：睪丸及副睪丸先腫大，降低受精率，然後睪丸萎縮，副睪丸變硬。
4. 種母豬：木乃伊化死產、角膜混濁。
一、 病原不同：藍眼病是由副黏液病毒科(Paramyxoviridae)的藍眼副黏液病毒( Blue eye paramyxovirus)所引起；而藍耳病是生殖與呼吸綜合症的俗稱，是由披衣病毒科(Arteriviridae)的豬生殖與呼吸綜合症病毒(Arterivirus)所引起；至於藍舌病是由里奧病毒科(Reoviridae)的藍舌病病毒(Orbivirus)所引起。
二、 特徵不同：藍眼病的特徵有中樞神經症狀、繁殖障礙及角膜混濁；藍耳病則以引起母豬流死產、哺乳及保育豬之死亡為特徵；至於藍舌病的特徵是發熱、耳鼻水腫、頰粘膜潰瘍、冠狀帶充血、呼吸緊迫及顯著之惡病質。
三、 感受性動物不同：豬是藍眼病及藍耳病唯一的感受性動物；而藍舌病的感受性動物則包括綿羊(天然宿主)及牛隻(為本病之傳染源)。
四、 傳播方式不同：藍眼病病毒可藉人或車輛而散播，也可藉鳥及風來傳佈；藍耳病病毒的傳播包括平行感染與垂直感染兩種。平行感染主要是接觸感染，帶(排)毒豬是病原傳播者，垂直感染則是指豬生殖與呼吸綜合症病毒透過胎盤而發生；藍舌病病毒則是經由糠蚊(Culicoides)所傳播，不會經由直接接觸、飲水及飼料等傳染。
五、 流行概況不同：藍眼病明顯的發生在密閉式豬場，是自我設限性的，即爆發過後很少有新的病例再出現；藍耳病則是無季節性全年都可能發生，衛生管理不佳的豬場，將更形嚴重；藍舌病在秋天第一次下霜後消失，較常發生在雨季晚夏早秋的時候。
六、 臨床症狀不同：
(一) 藍耳病：
1. 哺乳豬：皮毛粗剛、腹式呼吸，易因二次感染而死亡。
2. 保育豬及肥育豬：發熱、食慾不振、呼吸症狀、腹部及耳部發紺(為本病名之由來)。
3. 種公豬：精液品質下降、精液量減少。
4. 種母豬：沉鬱、食慾不振、偶而耳部發紺、發情不明顯、懷孕後期感染會發生流死產或產下弱小豬。
(二) 藍舌病：
喪失體重、無精打采、唇鼻耳處水腫、頰粘膜與舌有充血及發紺(為本病名之由來)、粘稠鼻分泌液、鼻孔周圍及嘴唇處形成痂、呼吸緊迫、下痢、跛行、關節強硬、腳水腫、冠狀帶蹐充血、極度惡病質與削瘦。
(三) 藍眼病：
1. 哺乳豬：突然虛脫、沉鬱、側躺或有神經症狀、肌肉振顫、步履不正常、發燒、粗毛、拱背、角膜混濁，出現臨床症狀後，常在48小時內死亡，也有延至4~6天死亡。
2. 保育豬及肥育豬：結膜炎、眼瞼腫脹及流淚、瞳孔放大、瞎眼或眼球振顫，一成左右之感染豬隻有單側或雙側性角膜混濁(為本病名之由來)。
3. 種公豬：睪丸及副睪丸先腫大，降低受精率，然後睪丸萎縮，副睪丸變硬。
4. 種母豬：木乃伊化死產、角膜混濁。