因為聖彼得堡地處涅瓦河下游三角洲出海口地區，擁有多條支流，地表淺層不論是地理還是水文條件都極其複雜，所以只能深挖從河道下方透過。

聖彼得堡是俄羅斯第二大城市，羅曼諾夫沙俄時期的首都，蘇聯時期稱列寧格勒，人口513萬，被譽為俄羅斯“北方首都”。由於該城地處涅瓦河三角洲入海口地區，所以整個城市分佈在44座島嶼上，由580多座橋樑連線，其中20座為開合橋，可見地理環境的複雜性。

早在19世紀20年代，當時聖彼得堡民眾就有構建地下交通的構想，不過當時的亞歷山大二世以經費緊張與技術能力不足為由拒絕，最終不了了之。經過沙俄末期和蘇聯早期的社會動盪後，1938年，蘇聯決定在列寧格勒（聖彼得堡）修建地鐵。當然由於技術問題過程也是一波三折，在1941年剛打下34根樁的時候，蘇德戰爭就爆發了，當時的列寧格勒地鐵總工程師祖布科夫也於1944年犧牲。

戰後的1946年列寧格勒地鐵重新動工，但擺在工程人員面前的首要問題就是面對平均深度20-24米的河流水網。為了解決這一問題，馬薩莫杜羅夫等技術人員決定從河床下部穩定的岩石層穿河而過，而這一平均深度為50米以上。不過在施工過程中工程人員還是遇到突發險情，那就是暗流湧動的地下水系。對此蘇聯人急中生智，一方面縮小了挖掘隧道的直徑，既減少挖掘難度也加快了力度。另一方面對開鑿後的牆壁進行速凍，凍成了凍土，這樣就避免了暗流突破牆壁造成噴湧的可能。

在解決這些問題後，列寧格勒地鐵開始加速修建，並最終在1955年的11月修建成功第一期的8個站點，隨後的地鐵工程基本都是在這一深度結合實地勘探修建的。截止到2014年，在目前聖彼得堡的69個站點當中，有7個站深度超過70米，31個站則是60~69米，15個站則為50~59米，剩下的在淺層或者地上。

當然作為地下設施，聖彼得堡地鐵也擁有一定的人防屬性，用於民眾在核戰爭當中的地下生存空間。眾所周知，在那一時期正是美蘇爭霸的冷戰時期，兩國隨時可能爆發核大戰，列寧格勒作為蘇聯重要城市自然難以倖免。可以發現在1970年代到1980年代間修建的16個站點基本上沒有低於60米的，其中最深的當屬“海軍部”站，達到了80米的深度。

所以聖彼得堡地鐵之所以這麼深，既有地理環境的因素，也有人防安全的因素在裡面。

原子彈在美國問世以來，兩個國家高度緊張，一個是日本，日本人用過，體驗過這傢伙的威力。一個是蘇聯，因為蘇聯是美國人的頭號敵人。冷戰時期，世界上有好幾次差點發生核大戰，但美蘇首先考慮的是毀滅對方。在這個背景下，如發生核戰爭，地表上肯定是一片焦土，片甲不留。把地鐵修到100米以下，戰時可以當防空洞使用。世界上有兩個國家地鐵修的比較深，除了蘇聯，還有朝鮮。