明朝16位皇帝有13位葬在十三陵，太祖朱元璋在南京明孝陵，建文帝失蹤，思宗崇禎自已身亡，最後一位埋葬在十三陵的是天啟皇帝明熹宗朱由校，他死後是他的弟弟思宗朱由檢埋葬在十三陵的！！

這個是清朝多爾袞以皇帝禮儀安葬的，並有正式溢號的——大明欽天守道敏毅敦儉弘文襄武體仁致孝莊烈愍皇帝。

首先，要明確一個問題，不是先有十三陵事先存在，然後崇禎皇帝朱由檢吊死後放進十三陵的，十三陵是對包括崇禎皇帝的思陵十三位明朝皇帝陵墓的統稱。明朝共有十六位皇帝，除太祖安葬在南京，建文帝下落不明沒有陵墓，明代宗由於當時的被明英宗復辟導致沒有專門的皇陵外，明朝一十三帝的皇陵全部在北京市昌平區天壽山麓。

崇禎皇帝是北京城已經守城無望的情況下，當時朱由檢繼位成為明朝皇帝，大明帝國已經面對內憂外患搖搖欲墜，儘管朱由檢日夜操勞勤勉為政想救風雨飄搖中的大明，但天災人禍註定要滅亡明朝。雖然當時崇禎皇帝完全可以遷都南京的情況下，死守北京城但還是被李自成的起義軍攻破，眼看城破皇帝想召集大臣們商量怎麼辦，各大臣卻無一人前來，崇禎皇帝不禁心灰意冷萬念俱灰從而絕望上吊自殺，披髮覆面，自認為死後無顏面對列祖列宗。

崇禎皇帝自殺死後幾天才被李自成的部隊發現，李自成命人將皇帝和皇后著帝妝收斂入棺，並將皇帝和皇后的棺材移到東華門設靈棚示眾。接近十來天后，皇帝和皇后才被葬入昌平縣田貴妃的墓穴之中。李自成也曾經想為崇禎皇帝新建帝陵，但時間倉促一時難以做到（清兵已經入關，直逼北京城），其時田貴妃的墓園也才草草完工。

清兵入主中原後，為了收服籠絡大明朝的遺臣遺民為清朝效力，在崇禎皇帝下葬大約一個月後，多爾袞命令禮部按禮制將皇帝和皇后下葬，並將田貴妃的墓園改為思陵，並按照皇帝陵園改建擴建。後來在順治、康熙、乾隆年間均有改建和修繕。在陵園管理上，清朝也是派出了專人管理明朝的十三座皇陵，常年在思陵設定守陵太監二人，役夫八人（每座皇陵都如此）。每年還派工部官員巡查修繕。

所以，崇禎皇帝是被李自成草草下葬在田貴妃的墓中的，完全按照皇帝禮儀安葬是在清朝入主中原之後的事情，皇陵也受到了清朝的大力保護。

明朝最後一位皇帝崇禎皇帝朱由檢，是李自成攻入北京前上吊而亡，最後有清朝皇帝多爾袞安葬在十三陵中的。

明朝一共有16位皇帝，除了三位皇帝沒有安葬在十三陵之中，其餘的13位皇帝全部安葬在此，這三位沒有安裝在十三陵之中的皇帝分別是：

一、開國皇帝朱元璋，眾所周知，當時的明朝地都在南京，所以他死後安葬在南京鐘山的“明孝陵”。

二、建文帝朱允炆，朱雲是朱元璋的孫子，由於朱棣的原因，建文帝沒有當多少年皇帝就下落不明瞭，所以說到現在為止都還不知道他安葬在哪裡。

三、朱祁鈺，本來當時是他的哥哥朱祁鎮先當的皇帝，但是由於年輕時候的朱祁鎮昏庸無能，帶兵親征竟然被敵方俘虜，王朝不能一日無君，所以說就由他的弟弟朱祁鈺當上了皇帝，但是後來朱祁鈺把他的哥哥朱祁鎮救出來之後，朱祁鎮又發動奪門之變，將弟弟趕下臺，並且將弟弟所修建的陵墓都奪了過來。

明朝最後一位皇帝崇禎是在李自成攻入北京之前上吊而亡的，屍體在自殺後幾天才被反叛軍發現，李自成還算厚道，先將皇帝和皇后葬入田貴妃的墓穴之中，也是準備為崇禎皇帝修建新陵墓的，但是由於清軍入關迫在眉睫，一直沒有實施。

最後安葬崇禎皇帝在帝陵的是多爾袞，為了贏取民心，在崇禎皇帝葬入田貴妃陵墓的一個月之後，重新為崇禎皇帝舉辦葬禮，並且將田貴妃的改為思陵，按照帝陵的規格重新修建，後來清朝也多次對十三陵修建，並且派遣了專門的管理人員去看守十三陵。