關於病毒的起源，有三個假說，如下：

假說一：遠古分子生命的復仇之魂

遠古時期，有一些大分子，比如說RNA，DNA以及蛋白質開始或獨立或彼此協作地複製自身，這個階段可以稱為“分子生命”。然而在一片祥和的分子生命中卻產生了一個異類，那就是包括現存所有生物的最近共同祖先“露卡”（LUCA）在內的一些分子生命，它們發展出了一個改變了生命法則的結構，那就是細胞。擁有膜結構的細胞可以更好地保護其中嬌弱的RNA和蛋白質等核心大分子，極大增強了這些生物的適應力，意味著它們會把原始的分子生命摁在地上摩擦。

而有一種假說就認為，病毒正是原始分子生命世界的遺民，它們在在最後一刻創造出了寄生的生活方式，反過來利用了敵人的細胞結構，宛如一群遠古的復仇之魂，對於奪取它家園的族裔作著永恆的抗爭。

假說二：“叛逃”的基因

病毒在指揮宿主細胞包裝病毒顆粒的時候，有時候會把一些宿主細胞的DNA給一塊包進去，或者不小心在宿主細胞當中留一點點自己的基因。哺乳動物中有一個用來阻止母體免疫系統攻擊胎兒的基因，就是某個病毒在一億多年不小心落在我們細胞中的。而在病毒跨物種傳播的時候，經常導致基因從一個物種轉移到另一個物種，所以，“轉基因”這件事都是自然界玩剩下的。

然而也正是因為病毒的轉基因如此之頻繁，讓人不得不重新思考，病毒真的是叛逃的基因嗎？我們會不會從一開始就搞錯了邏輯關係。那些轉座子啥的，也許並不是不安其室的自身基因，反而是偶然留在細胞中的病毒基因呢？

假說三：病毒也許是沉淪的細胞生物

認為病毒本質上是墮落的生物。有些單細胞生物在長期寄生生活中，逐漸退化掉絕大部分細胞結構，最終變成了這種活死人一般的樣子，而像擬菌病毒之流就是剛剛開始墮落的古菌。

如果不是人為製造，恐怕專家們也搞不清楚，這東西沒有宿主，暴露在陽光下，很快就死掉，第一批病毒，究竟是在什麼環境下繁衍生長出來，然後又找到宿主，這個謎有哪個專家知道？

這個問題目前找不到答案。

病毒起源的學說，必須首先定義什麼是病毒的起源以及如何判斷這個起源的發生。這裡我們將病毒或其遺傳物質從它的前身大分子中獨立出來進行自主複製和進化的時候，定義為病毒的起源。當病毒獲得了決定自身繁殖和命運的遺傳資訊量時，它就獲得了新的分類地位成為獨立的遺傳元件。