飛行控制系統是無人機的關鍵核心系統之一。它在部分情況下，按具體功能又可劃分為導航子系統和飛控子系統兩部分。

導航子系統：向無人機提供相對於所選定的參考座標系的位置、速度、飛行姿態，引導無人機沿指定航線安全、準時、準確地飛行。完善的無人機導航子系統具有以下功能：

（1）獲得必要的導航要素，包括高度、速度、姿態、航向；

（2）給出滿足精度要求的定位資訊，包括經度、緯度；

（3）引導飛機按規定計劃飛行；

（4）接收預定任務航線計劃的裝定，並對任務航線的執行進行動態管理；

（5）接收控制站的導航模式控制指令並執行，具有指令導航模式與預定航線飛航模式相互切換的功能；

（6）具有接收並融合無人機其他裝置的輔助導航定位資訊的能力；

（7）配合其他系統完成各種任務

飛控子系統：無人機完成起飛、空中飛行、執行任務、返廠回收等整個飛行過程的核心繫統，對無人機實現全權控制與管理，因此飛控子系統之於無人機相當於駕駛員之於有人機，是無人機執行任務的關鍵。

飛控子系統主要具有如下功能：

（1）無人機姿態穩定與控制；

（2）與導航子系統協調完成航跡控制；

（3）無人機起飛（發射）與著陸（回收）控制；

（4）無人機飛行管理；

（5）無人機任務裝置管理與控制；

（6）應急控制；

（7）資訊收集與傳遞。

以上所列的功能中第1、4和6項是所有無人機飛行控制系統所必須具備的功能，而其他項則不是每一種飛行控制系統都具備的，也不是每一種無人機都需要的，根據具體無人機的種類和型號可進行選擇和組合。