都是特務組織，都對蔣介石個人負責，蔣介石發展兩個特務組織也有讓他們互相制約的意思，類似於明朝的錦衣衛和東西廠。軍統由藍衣社發展而來，隸屬國防部，所以在一些影視和文學作品中，常能聽到“國防部二廳”這個名詞。軍統著名的頭子是戴笠，戴笠死後，毛人鳳接手。中統隸屬國民黨中央，前身是復興社。從任務上講，軍統負責軍事，中統負責做黨內黑手。

中統局：負責除軍、憲、警等軍事部門外的情報安全工作，實際工作中也是基本上維持在這個範圍之內的，因為軍統局也不允許它干涉越權。中統局的工作重心在黨政機關內部，另一個重點就是暗中打擊一切反對派政黨，尤其是共產黨，此外對於社會輿論、思想言論也負有監控責任(類似現在美國的聯邦調查局FBI)。

軍統局：負責軍、憲、警部門以及對外的情報安全工作(類似今天美國的中央情報局CIA)。中統與軍統在爭奪秘密工作的主導權上，進行了長期的明爭暗鬥。中統和軍統互相之間常常打對方的“報告”，但中統並不敢對軍統進行滲透，中統在軍隊裡也不直接開展工作，它的政策是“不碰軍隊”；另一方面，軍統也不試圖對中統進行滲透――起碼在總部這一層上。但是由於軍統局成立後不久國民政府西遷重慶，形勢嚴峻，軍統局也擔負了一些諸如對行政機關、交通、金融等要害部門的監控，這樣就引起了與中統局的許可權衝突。

軍統和中統在性質上沒有區別，都是蔣介石獨裁統治的打手，抗戰制裁投日漢奸，內戰暗殺民主人士，敗逃臺灣以後換個馬甲繼續存在，不過風光已經大不如前了。