很多人都以為龜是兩棲動物，和陸地動物一樣透過肺部來呼吸，其實不然，龜的呼吸方式很獨特。龜有著他獨特的生理構造，龜類的內鼻孔呈裂縫狀，開口在口腔的中部，聲門是靠近氣管的入口處，在聲門後面有一對上皮粘膜褶襞但不形成聲帶，如若氣體衝擊，它只能以出噓聲。接聲門後面的一個小空竇，既是喉頭，然後就是氣管，接著是約等於頭頸長短的氣管當它進體腔以後，即分成為左右氣管，各個氣管與支氣管都有軟骨環支撐著，以保證氣管暢通，當氣管進入形似囊狀的肺臟時，即分成7—10根以上的肺管，然後再分細支到達各部分形成蜂窩狀肺泡，使肺表面積增大，以增強氣體交換能力，氣管軟骨環在食道鄰接處中斷，僅有結締組織膜把它們聯接起來，既便於吞嚥食物也不會妨礙呼吸。

應用醫學解剖方法對實驗龜進行分析，發現支氣管不是逐級分枝進入肺組織，左右支氣管直接大開口於肺的中央空腔，從網路面遊離出來的小支報導管口開放，在中央空腔形成支氣管大口對小口的特殊交換氣體方式 ，薄層肺組織由細小支氣管網路面支撐 ，懸浮於中央空腔和背甲下氣囊之間 ，構成了龜的奇特呼吸器官 ，龜的肺部位於背側 ，有兩葉左右各一 分佈呈粉紅色海綿狀 ，較發達 ，吸足空氣後可充滿體腔中相當大的部分，每頁肺被隔膜分割成許多氣室 ，每個氣室均由許多氣泡組成 ，氣泡上與氣泡間有微血管縱橫， 龜就是藉此維持氣體交換。結構說完了接下來說說水龜的呼吸方式 ，水龜有兩套呼吸系統， 也就有著兩套呼吸方式

先來說說胸腹式呼吸。由於龜的呼吸系統大部分被包裹在甲殼裡， 致使無法像其他動物可以自主擴大 縮小肺部來完成呼吸動作 。所以龜只能利用其它方法呼吸 ，主要肌肉就是肋間肌， 它是營胸腹式呼吸的陸棲脊椎動物的特有肌肉 分為外肋間肌和內肋間肌 ，功能主要是協同腹壁肌肉完成呼吸作用， 其一連線前腳肌肉和肺部 ，這樣頸部和四肢的活動 ，使得一條連線肺部和前腳的肌肉 ，來拉動達到擴張肺部的動作 其二使其它器官推壓肺部左右氣囊 ，促使中央空腔的支氣管進行氣體交換把空氣壓出 ，此胸腹式呼吸的基礎是龜肺發育不建全 ，不健全的龜肺決定了龜的新陳代謝必然緩慢 ，而氣囊和中央空腔正彌補了龜肺的呼吸功能 ，因此這樣龜就可改變被包裹在甲殼內的腹腔的大小從而影響肺部的擴大與縮小 ，以便完成呼吸動作 。而與外界進行氣體交換是靠舌頭的上下運動來完成的， 舌頭的上下運動從而改變口腔的容積， 迫使口腔內的空氣撥出吸入 。此外口腔與咽頭黏膜佈滿毛細血管 ，可以進入氣體交換此作為輔助呼吸方式。再來說說不常聽說的洩殖腔呼吸 ，在洩殖腔的尿道側壁有一對薄壁的囊 ，也叫做副膀胱 ，這兩個同事同時具有吸水和排水的作用， 並且這對副膀胱的壁上還分佈有特別豐富的毛細血管 水由洩殖腔出入， 在水中可以進行氣體交換 ，起到一定的輔助呼吸作用 ，用以彌補胸腹不能伸縮的不利影響。

水龜主要還是靠肺部來呼吸 ，其餘方式只是輔助， 並不能作為主要的呼吸方式 ，所以不管水龜在水中停滯多長時間 ，都勢必要把鼻孔伸出水面 進行氧交換。