表面故事：

核戰爆發，波士頓核平了，爸爸與妻兒躲入111避難所，其後妻子被殺，兒子被搶走，過了200年，爸爸被喚醒了，回到地表撿垃圾找兒子……

實際故事：

爆發核戰爭，波士頓核平了，the Institute組織利用地利，吸收了哈佛Jennifer Lewis組以及脫胎于波士頓兒童醫院的維克森林再生醫學中心的研究成果，突破了3D列印人造人的技術，大量製造人造人(synth)。

但是之後他們發現，用來做人造人的人基因都受到核彈影響，有變異。於是他們找到了111號避難所的輻射4主角一家，請殺手Kellogg去把他家兒子偷走。

這個兒子果然不負眾望，基因純淨，成為了合成人模板，在學院被尊稱"爹"(father)。

克羅格獲得續命獎勵，利用學院科技在之後一直不老。

六十年後，學院策劃大行動，但“爹”覺得自己壽元將近，時日無多，應該給自己找一個接班人了。

於是他想到了我們的主角，他的爸/媽。他就把輻射4主角喚醒了。

之後就一直給主角喂經驗，喂手下，喂劇情，喂線索，把主角往學院引。

從玩家的角度，是你滿波士頓冒險找兒子。

其實線索全是兒子透給你的。

當然你也可以不聽兒子的，畢竟你不是他兒子。

路上會碰到3個組織，一個是共產主義青年軍"MinuteMan"，無特別的政治訴求，做好事不留名。

一個是3K黨鋼鐵兄弟會，主張把不是人類的東西(變異人，屍鬼，合成人等等)都殺掉。

一個是白左鐵路，主業在學院偷合成人放出來然後不管了。

你可以選擇加入任何一家做大，統治波士頓。

玩法很豐富，因此。。故事就演變成：老婆被殺，兒子失蹤，父親沉迷撿垃圾！

如果你問老玩家，《輻射4》講了一個什麼樣的故事，那麼大多數人會告訴你，它講述了主角的妻子被殺、兒子失蹤，主角卻沉迷撿垃圾的故事。不過這只是大概，《輻射4》的整個劇情故事還是很豐富的，下面小編以小說的形式，為大家講解一下《輻射4》的整體劇情故事。（劇透警告）

2077年世界大戰爆發，而這一次的世界大戰很可能牽動核武器，所以各個國家在很多年前就建造了避難所，用以抵抗核武器的威脅。2077年的一天，我們的主角正在和妻子一起照顧孩子，核戰爭就突然爆發，而我們的主角一家人正好有進入避難所的資格，所以就在核爆炸之前，進入了111號避難所，進入避難所後，工作人員要求換上111號，並進入休眠倉開始休眠，主角無法拒絕，所以只好和妻子分開，陸續進入休眠倉開始休眠，然而，它們並不知道，這一休眠就是永別……

主角從休眠機器中醒來，發現原本睡在旁邊的妻子已經死去，從外表上開是死於槍傷，而懷抱中的孩子也失蹤不見了。在休眠期間，主角曾醒來過一次，它模糊的看到，有一個光頭開槍殺死了它的妻子，孩子也被他搶走，但這一切都記得不太清楚了。

從111號避難所走出我們來到了聯邦廢土，一個被戰爭摧毀的波士頓。主角順著熟悉的道路往前走，來到之前居住的地方庇護山莊，那裡已經變為一片廢墟，不過主角驚奇的發現，之前家裡的機器人管家噶抓還在，和他交流後才發現主角在111號避難所中已沉睡了210年了，現在的時間已經是2287。

和噶抓交流後我們瞭解到，它也是一個有感情的機器人，它現在心情非常糟糕，它已經200多年沒有和人說過話了，它之前都在打掃房間，但是它發現桌子上的核子塵埃擦不乾淨，它在打掃房間的時候發現一個妻子留給他的全息卡帶，裡面錄影的內容是妻子對未來美好的嚮往，但這一切已不存在……

我們和噶抓告別，往前走到達了紅火箭加油站，發現那裡有一條狗，於是我們帶著這條狗，開始了“開局一條狗，裝備全靠打”的故事。

順著道路繼續往前走，主角來到了一個博物館旁邊，發現了醒來後第一個遇到的人，普雷斯頓·加維，他讓我們叫它小黑就行，小黑告訴我們樓下有一個死亡抓困住了它們，需要主角幫助它們拿取啟動動力裝甲的“核心聚變電池”。拿到電池穿上機甲，打敗死亡抓怪物後後我們成功地救出了小黑等人。小黑等人帶著一些流浪者，先回到了庇護山莊，不過在這之前，隊伍裡會有一個名為墨菲老媽的人和玩家對話，她似乎什麼都知道，她告訴主角，想要找到失蹤的兒子主角需要去鑽石城。

順著線索主角來到了繁榮的鑽石城，在戰前（200年前），這裡曾經是芬威公園（棒球場），倖存者們把這裡改造成了一個聚集地。來到門口我們遇到了關鍵人物記者派普，她表示願意幫助主角尋找孩子，但是她想要採訪一下主角。派普為主角提供了線索，需要去114號避難所尋找尼克·瓦倫坦，它是一個偵探，對於尋找孩子很有幫助。

我們從114號避難所救出偵探後，開始和他暢聊起來，從他那裡我們瞭解到一個神秘的組織：學院，人們不知道它在什麼位置，但是知道它做的一些事情，我們從很多居民那裡也瞭解到，學院是“惡魔”，它們用合成人在廢土抓人，然後拉回去做FEV病毒實驗。而抓走主角兒子的人很可能就是克羅格，而他也很有可能是學院的人。

克羅格在鑽石城正好有居所，使用備用鑰匙開啟它的居所後我們找到了一些線索，順著線索來到了黑根堡，裡面到處都是合成人，看來肯定和克羅格有關。找到克羅格後我們和他交流一番，得知主角的孩子尚恩被帶到了學院裡，隨後克羅格和主角展開了戰鬥，擊敗克羅格後我們獲取了它的記憶晶片。（克羅格是學院的肉體改造人類，半機械化可以永生）

從偵探的口中我們得知了另一個地方芳鄰鎮，那裡有可以讀取克羅格記憶的機器。從克羅格的記憶中我們看到了它是如何帶走的尚恩，如何殺死主角的妻子。從記憶中我們還知道了去往學院的線索，那就是需要找到被FEV病毒迫害的維吉爾博士，我們在發光海找到它，透過一系列瑣碎的任務後，我們獲得了去往學院的方法。不過這個方法需要鐵路、義勇軍、鋼鐵兄弟會任意一個組織的幫助，因為需要建造很耗費資源的“訊號攔截器”。

製造好訊號攔截器後，主角就可以去往學院了。進入學院後似乎一切都很順利，我們正常的見到了在學院裡尚恩，但是他現在已經是白髮蒼蒼，從外表上看，至少有60多歲。和尚恩交談後我們瞭解到，整個事情的前因後果。60年前，學院為了製造第三代合成人，去外面尋找純淨的人類基因（沒被輻射過的），而111號的冷凍倉避難所就成了學院的目標，在111號避難所中，還是嬰兒期的尚恩，無疑是“純淨基因”的最好選擇。

到了學院的尚恩，透過自己的努力當上了學院如今的管理員：“父親大人”。而主角能出來也是由山恩控制，他的目的是放主角出來，繼承自己的衣缽，來管理學院，因為山恩得了不治之症，不久後將會離世。主線故事到此就結束了，接下來就是陣營如何選擇了。

正營的選擇會略微影響遊戲的劇情走向，遊戲中涉及結局的陣營共有學院、鐵路、鋼鐵兄弟會、義勇軍。

學院結局：

如果你選擇繼承尚恩的衣缽，當學院的管理員，那麼你需要消滅鐵路、消滅兄弟會這2個組織，因為它們對合成人的看法不同，學院本身認為它們只是工具，但是鐵路把他當人類，而兄弟會把他當成危害。主角加入學院後，原本不把廢土人當人開的學院人類，也會對廢土人有新的認識，如果從劇情上來說，學院應該會和廢土“談和”。

鐵路結局：

鐵路組織有點“聖母”的感覺，因為鐵路認為屍鬼是人類、合成人也是人類，所有人應該和平相處。如果要走這個結局，那麼需要炸燬學院、消滅鋼鐵兄弟會。

鋼鐵兄弟會結局：

對於鋼鐵兄弟會的爭議比較大，其實它們並不在乎聯邦廢土的人名安危，它們在乎的是學院的科技以及鐵路的科技，鋼鐵兄弟會結局會滅掉學院和鐵路。而這2個都滅掉後，鋼鐵兄弟會可能會成為下一個“學院”，變相的統治聯邦。

義勇軍結局：

走這個結局只需要消滅學院即可，然後義勇軍將會成為聯邦廢土的主要組織。從劇情上來說，廢土會增加很多義勇軍的基地。但是義勇軍整體非常的懶散，如果它們接手聯邦廢土，那麼可能不會太長久。

無論最後的結局如何，B社對於輻射系列的設定，一直都有一局核心思想：War.war never changes，戰爭的結果不會改變。它警戒人們，戰爭是殘酷的可怕的，在輻射系列的遊戲中我們可以看到，常年的戰爭導致了科技的極端走向，人類未能發明出電晶體，使得電子裝置停滯不前，反觀另一方面人類的戰爭武器變得強大，擁有了核動力機甲，擁有核聚變技術。但是帶來的後果是災難性的，核戰爆發後世界毀滅了，剩下的僅有一片“廢土”。

爹媽必有一個死，兒子提前成大爺。正義錢多愛殺人，土著虛名坑死爹。綠茶窮逼藏地下，到處畫皮高科技。變種還是綠巨人，屍鬼還是瘦成皮。其他請參考輻射其他系列，大同小異。