燕王朱棣以軍事政變手段奇取帝位以後，對於支援建文帝“削藩”反對“靖難之役”的官員，趕盡殺絕其手段之殘忍，可與乃父太祖高皇帝相媲美。

齊泰、黃子澄的慘死，那就不用說了。齊泰被“族誅”，黃子澄先後被砍去雙手、雙腿，再處死。禮部尚書陳迪和兒子同一天處死，朱棣下令把他兒子的耳鼻割下讓陳迪吃下，還要問他：味道如何？其他官員的死法，個個令人毛骨悚然。且以景清、鐵鉉為例，以見一斑。

景清，本姓耿，北直隸鎮寧人，年少時在國子監求學，以聰明機警而著稱。和他住一間宿舍的同學有一本秘不示人的書籍，景清想一睹為快，對方不肯借，再三請求，並且答應明日一早就歸還。第二天，那位同學向他索書，景清意然稱我不知道什麼書，也從未向你借書。那位同學憤憤然向祭酒（校長）控告。景清拿了那本書前往，對祭酒說：這是我窗前燈下反覆攻讀的書，隨即一口氣把那本書上的內容背了出來。祭酒要那位同學背通，居然一句也說不出，被祭酒訓斥了一頓。從祭酒那裡出來，景清就把書還給了他，笑著說：我不滿你把書看得太珍秘，故意和你開個玩笑而已。

景清是洪武二十七年（1394）進士，會試時列為第三名，廷試時皇帝賜予第二名，看來是才華橫溢的佼佼者，卻並非書呆子，崇尚大節。建文初年，以都察院左都御史的身份，改任北平參議，顯然負有察看朱棣動靜的使命。風流倜儻的景清，與朱棣相處非常融洽，言明論晰，大受朱棣稱讚。

首都南京被朱棣攻陷，建文帝舊臣大批死亡。景清當年曾經參與“削藩”密謀，自然在劫難逃，他與方孝孺等相約，以身殉國。令人不解的是，當許多舊臣給建文朝殉國之時，他來到紫禁城，向剛剛登上皇帝寶座的朱棣投誠歸附。朱棣為了表示豁達大度，命他仍舊擔任都察院左都御史。建文朝舊臣搖身一變成了永樂朝新貴，景清遭到建文朝遺老遺少的非議，說他”“言不顧行，貪生怕死”。

其實，他是虛與委蛇，等待時機，為舊主報仇。

某一天上朝時，景清身穿紅衣，暗藏利器，準備行刺。說來也巧，日前主管天象的官員報告皇帝：“異星赤色，犯帝座甚急。”生性多疑的朱棣本來就對景清有所懷疑，上朝時特別注意。但見景清身穿紅衣，且神色異常，命令衛土對他搜身，果然查獲暗藏的兇器。景清奮然喊道：要為故主報仇！不斷辱罵朱棣，衛土拔掉他的牙齒，他仍罵聲不停，口中鮮血吐向朱棣的龍袍。朱棣一聲令下當場活活打死，並且把他的皮囊剝下來，塞進稻草，懸掛於長安門示眾。

正是無巧不成書，朱棣乘坐轎子經過長安門，繩索忽然斷裂，景清的皮囊掉在轎子前面，狀如撲擊。朱棣大驚失色，下令燒燬。

有一天朱棣午睡，夢見景清手持利劍追殺過來，嚇出一身冷汗。驚醒之後又道：想不到景清死了還這麼厲害！下旨株連九族，連他的鄉親也不放過，轉相攀染”而死的有幾百人之多，老家的一個村莊頓時化為廢墟。這就是歷史上臭名昭著的“瓜蔓抄”，順藤摸瓜，一個也不放過，太無人道了。

這樣的“瓜蔓抄”還不止一處。建文時期的大理寺少卿胡閏，是江西饒州府入，朱棣發兵南下，他與兵部尚書齊泰籌劃抵抗事宜。南京陷落後，不屈而死，朱棣不僅抄了他的家，而且株連他的家族，殺死一族男女217人。他們聚居的地方一一府城西面的項輔坊，化作一片廢墟。

為了懲治幾個政敵，株連九族還不解氣，居然摧毀整個村莊和社群。不獨在明朝，即令其他朝代，也聞所未聞。

另一個政敵鐵鉉的下場，更加令人哀嘆!!!

建文初年，鐵鉉出任山東參政。李景隆奉命北伐，征討朱棣，他負責督運糧餉，從不間斷。李景隆兵敗白海河，單騎走德州，他感奮涕泣，退守濟南。朱棣率軍攻打三個月，濟南巋然不動，無奈之下，決定掘開黃河大堤，水淹濟南。鐵鉉反其道而行之，使用詐降計，派使者到燕王大營請降，請退兵十里，燕王單騎進城，軍民恭迎大駕。不戰而屈人之兵，朱棣大喜過望，騎著高頭大馬越過護城河，進城受降。說時遲那時快，城上的鐵閘門急速落下，砸中馬頭，如果稍慢幾秒，朱棣必將被砸成肉餅。受到此番羞辱，朱棣下令猛攻，濟南依然牢不可破，只得退兵而去。鐵鉉乘勝追擊，收復德州等地。建文帝隨即晉升鐵鉉為山東布政使，不久又晉升為兵部尚書。

南京陷落，鐵鉉被俘，押解到朱棣面前。他不願面對亂臣賊子，始終背身而立，口中罵聲不絕。朱棣想看他一面而不可得，命令衛士割去他的耳朵、鼻子，鐵鉉依然不屈。衛士奉命割他身上的肉，塞到他嘴裡，問他：甜不甜？鐵鉉厲聲回答：忠臣孝子的肉，當然是甜的！

面對如此寧死不屈的硬漢，朱棣束手無策，下旨寸磔處死，也就是俗話所說千刀萬剮，把身上的肉一片一片割下來，而不讓他立即死去。整個行刑過程，鐵鉉口中罵聲不絕。惱羞成怒的朱棣命衛士扛來一口大鍋爐，鍋內是大火燒得沸騰的油。鐵鉉的軀體被投入鍋中，頃刻化為焦炭。衛士們把他的軀體撈出，讓他面向朱棣站立，竟然辦不到。朱棣大怒，命太監們用鐵棒挾持，使他面向北。坐北朝南的朱棣朗聲笑道：你今天也不得不朝見朕了。話音未落，鐵鉉身上的沸油突然飛濺，太監四散而逃，鐵鉉屍體仍然反背如故。

鐵鉉死時年僅三十七歲。兒子福安、康安被處死。妻楊氏和兩個女兒，發配教坊司為娼妓。楊氏病死，二女終不受辱，賦詩明志。姐詩云：

教坊胭脂洗鉛華，一片閒心對落花。

舊曲聽來猶有恨，故園歸去已無家。

妹詩云：

骨肉相殘產業荒，一身何願而歸娼。

淚垂玉筋辭官舍，步蹴金蓮入教坊。

孟森《明史講義》寫到：“靖難後殺戮之慘”，很讓人不能理解？成祖是篡位而得的皇位，既然都已經坐上了皇帝的寶座，那些反對他的臣子，那也是他父親的臣子，大明的臣子。你搶奪了侄子的皇位，終究那是你家的事，那些臣子也未必會在建文帝遜位後就給他報仇，為什麼非要趕盡殺絕不可了？如果朱棣能在座上皇位後實行大赦天下，對那些建文朝忠貞不二的臣子不予追究，留著他們未必會有什麼大患。你既然不能容納他們，還將他們殺死，其實反而是成就了他們的忠烈之志。他們既然那麼忠烈，你打可以敞開胸襟號召他們歸附本朝，說白了還是大明朝嘛，還是朱家的天下，只不過是換了個人當皇帝而已。你可倒好，不但殺死那些臣子，還把他們的家人以及子女發配到教坊司，院衣局等等地方去了，做這些事能阻擋你坐上這皇帝的位子嗎？只能是對你的人品有損罷了。

可是話說回來，做臣子的又怎麼懂得皇帝的心思了？這也許也是“靖難殺戮之慘”留給後世有價值的啟示了。

從鐵鉉和景清的慘死，以及朱棣的表現記錄來看，後人估計也是為了平息自己內心的怒火，替他們憤憤不平，對他們兩個的事蹟進行了神話、誇大，以彰顯兩位臣子忠貞不二的品德。可是百年之後看來，又是何必了，誰當皇帝你也是個臣子，你的才能實現的平臺永遠就是皇帝之下的那些位子，照樣可以為老百奉獻自己的能力，除非你也想當皇帝了。

哎，也許歷史的板凳就是留給這些人去坐的，大部分人都是默默無聞的！

用三個字來表明建文帝舊臣的下場，那就是慘！慘！慘！

齊泰、黃子澄被凌遲處死，誅滅九族，妻女入教坊司為妓女，方孝孺車裂於街市，誅滅十族，兵部尚書鐵鉉、禮部右侍郎黃觀、監察御史高翔等皆被虐殺並誅族。

對於建文帝的子女家人，朱棣當然也不會放過。建文帝的皇后馬氏在靖難之役中死於宮中大火，他的長子朱文奎在靖難之役中與父親一起失蹤，有說死於宮中大火。

建文帝的兄弟們皆都暴卒，姐妹們抑鬱而終。

值得一提的事，建文帝的小兒子，被囚禁了50多年。知道明英宗復位，才把他放出來。可是他又不適應放不來的生活，沒過多久就過世了。

朱棣本是一個藩王，最後靠靖難之役坐上皇位，朱允炆也不知所蹤 ，至於他的舊臣，有的投降，有的被殺。

我們常常聽說把某某人誅滅三族，最狠的也只有誅九族，但明朝時期的方孝孺卻被滅了十族。方孝孺本來是建文帝時期的大儒，他對建文帝是非常忠心的，後來朱棣打進南京後，要利用方孝孺大儒的身份來籠絡天下讀書人。讓方孝孺書寫登基詔書，可是卻被他一口回絕。於是朱棣憤怒之下，直接滅了方孝孺十族共873人，所以方孝孺也是中國歷史上唯一一個被誅十族的人。

兵部尚書鐵鉉曾經在朱棣靖難起兵後，在濟南給其製造了很大的麻煩，還差點要了朱棣的命。所以朱棣判了他個凌遲處死 ，並且在殺他之前還割下了他的耳朵、鼻子，煮熟後塞入他的口中。他的父母也被髮配，長子被罰充軍，次子被虐待至死，他的妻子和女兒被髮配當了妓女，可以想象這是多麼的殘忍。

還有大臣齊泰和黃子澄他們都是力挺朱允炆削藩的，同時也是他們兩個在皇帝身邊出謀劃策，所以他們自然也逃不了。最後都被朱棣凌遲處死，並且株連九族，妻女一律充當妓女。

當然了，還有很多反對朱棣的都被殺了。但是也有受到重用的，比如夏元吉，夏元吉在建文帝時任戶部右侍郎，最後在朱棣的永樂朝任戶部尚書。每次朱棣北征時所需要的糧草都是他想的辦法，他為官政治清明，百姓心悅誠服。後來又輔助明仁宗、明宣宗二帝，在宣德五年逝世，時年六十五歲，獲贈太師，諡號“忠靖”

所以在當時反對朱棣的基本上都被殺了，而且手段都及其殘忍，站在朱棣一邊的大都保留了官位，而且有的人還受到重用。

大部分都被朱棣殘忍的殺害了，比如說方孝孺被誅了十族，鐵璇被活活煮死了，齊泰、黃子澄也是慘死，其餘文臣武將但凡表現出敵意的，都被殺害了，朱棣進入南京城那幾天，宮城內血流成河。

但是也有少數得以活了下來，比如說大才子解縉就主動投降朱棣，還替他修改了《太祖實錄》，編撰了《烈女傳》，一度成為朱棣身邊的大紅人。但這種人屬於極少數，能夠保住命就算不錯了。

公元1398年，明太祖朱元璋死後，21歲的建文帝朱允炆繼位，立妻子馬恩惠為皇后，兒子朱文奎為皇太子。

由於朱元璋大肆分封兒子們為藩王，當時各地藩王勢力日漸龐大，這些尾大不掉的皇叔對年輕的建文帝的中央政權構成巨大威脅。為了消除後患，建文帝決定削藩。由此，建文帝和各地藩王之間的矛盾徹底激化。

年輕的建文帝書生氣十足而又溫文爾雅，他繼承了他父親朱標的溫和和好思考的脾性。建文帝靦腆衝動，又毫無國政經驗。

在建文帝的打擊下五叔周王朱橚是第一個倒臺的，接著另外四個叔王也垮了下來：十三叔代王朱桂；十二叔湘王朱柏；七叔齊王朱榑；以及十八叔岷王朱楩。其中湘王朱柏最慘自焚而死。一年之內在五個舉足輕重的藩王被廢之後，最強的四叔燕王朱棣便成了建文帝的下一個目標。

可是,當面對下一個目標燕王朱棣時，建文帝卻心慈手軟起來。在燕王的種種挑釁行為面前卻說:“燕王是我的至親，不必追究。”

尤其失策的是，建文帝沒有采納大臣齊泰與燕王大舅子徐輝祖扣留朱棣的三個兒子朱高熾、朱高煦、朱高燧作為人質的建議，反而聽信黃子澄、徐增壽、駙馬王寧的意見，將朱棣的三個兒子遣返，從而遺下縱虎歸山之禍。

公元1399年，燕王朱棣終於以“朝無正臣,內有奸逆,必舉兵誅討,以清君側之惡”為由,在北平(今北京)起兵造反了!

這場史稱“靖難之役”的戰爭一打就是4年。由於洪武年間的朱元璋對開國功臣的大肆殺戮，建文帝的將領中能征善戰者所剩無幾。前線將帥寡於武略，朝中大臣拙於計謀，加之缺乏周密的計劃和首尾一貫的戰略方針，致使士兵數倍於燕王的建文帝軍隊往往功虧一簣，敗仗一個接著一個。

公元1401年十一月，年輕的馬皇后為建文帝生下次子朱文圭。此時，戰爭形勢對建文帝已是十分不利了，戰況越來越危急。

公元1402年六月，當馬皇后驚聞李景隆和谷王朱橞開都城金川門迎入燕軍時，她知道自己的丈夫建文帝失敗了，她的生命也行將結束。

當宮中燃起熊熊大火時，儀態萬方的皇后馬恩惠款款整好衣裙，她仔細捋齊鬢髮，端坐在坤寧宮，直到她被沖天的火苗活活燒死，時年不到25歲，而建文帝卻不知所蹤，成為千古之謎。

當火勢撲滅後在灰燼中發現了幾具燒焦了的殘骸，已經不能辨認，據太監說它們是建文帝、馬皇后和皇太子朱文奎的屍體。

朱棣登上皇帝寶座以後，對忠於建文帝的明朝大臣進行了殘酷的屠殺。

兵部尚書齊泰，被捕之後不屈被殺，株連九族。

太常寺卿兼翰林學士黃子澄，被捕之後抗辯不屈，被處以磔刑（將身體肢解分裂的酷刑），株連九族。

著名文學家思想家方孝孺，因為不為朱棣寫詔書，被誅十族。並且每抓到一人便帶到方孝孺眼前並殺死，最後捕到873人，全部殺死。最終46歲的方孝孺被凌遲處死，方孝孺的妻子鄭氏及兩個兒子中憲、中愈事先自縊身亡，兩個女兒跳進秦淮河溺死。

曾經在濟南之戰大破朱棣的山東布政使鐵鉉，被帶進皇宮時背對朱棣面向青天，朱棣令其回頭，鐵鉉不睬，被割掉耳鼻，又割了其肉，將肉燒過以後塞入鐵鉉口，朱棣連問：“甘否？”鐵鉉答：“忠臣孝子之肉有何不甘？”最後被凌遲而死。

鐵鉉35歲的妻子楊氏和僅四歲的女兒也被籍沒為奴，發配到當時的官營妓院做妓女被輪姦。

禮部尚書陳迪，其子陳鳳山、陳丹山等6人被捉來處以磔刑，劊子手將陳鳳山的鼻舌割下強塞給陳迪吃，最後被凌遲處死。宗親780人被髮配邊疆。

刑部尚書暴昭，被捕後不屈，被處以磔刑而死。

戶部侍郎卓敬，被斬首示眾，滅三族。

吏部侍郎練子寧，被斷其舌，磔死。宗族棄市者151人，九族之親被抄滅戍遠方者又數百人。

左僉都御史景清，剝其皮，草櫝之，碎磔其骨肉於長安門外。

大理寺卿相胡閏，被打落其齒後縊殺，還用灰蠡水浸泡其屍，剝下皮，掛在武動坊。

其他忠於建文帝的大臣、士子被剝皮下油鍋砍頭者近三千人。總之是慘無人道。

那些大臣家中受株連的家眷，若沒被殺死的，男的多被髮配邊疆充當苦役，女眷罰到教坊司當官妓，實行殘酷的“轉營”，即輪流送到軍營中去，一個女子每一日一夜要受二十餘男子的輪姦，情況還要經常報告朱棣，有女眷被摧殘至死的，朱棣就下聖諭將她們的屍體餵狗吃了。

朱元璋密令輔佐建文帝的駙馬梅殷，他的妻子寧國公主是朱棣的妹妹，朱棣當時沒有殺他。

1405年十月，梅殷入朝，在過笪橋時被前軍都督僉事譚深、錦衣衛指揮趙曦等人推入水中溺死，兩人卻上奏稱梅殷自己投水而死。朱棣下令將譚深、趙曦作為替罪羊斬首，抄沒其家。

而忠於建文帝的徐輝祖因為是朱棣的大舅子，朱棣只把他逮捕下獄，1407年，徐輝祖被朱棣勒令自裁。

建文帝與馬皇后的次子、兩歲的朱文圭被朱棣長期幽禁於中都（鳳陽）廣安宮，時人稱之為‘建庶人’。 公元1457年，明英宗即位後，才將幽禁了五十五年的朱文圭放出，並下令在鳳陽為他修建房屋，任其自由出入，還給建庶人娶妻，以續其子，並派人照顧建庶人生活起居。

建庶人朱文圭被放出時已經五十六、七歲了，由於朱文圭自小便受到囚禁而無法和外界接觸，被釋放時連牛馬都不認識，不久便死去。

朱棣是一個非常殘暴的皇帝，他不僅屠殺忠於建文帝的大臣，公元1410年與1421年，明成祖朱棣還兩次對三千多宮女痛下殺手，施以凌遲之刑，場面是無比的血腥殘忍，真是慘絕人寰，並且每一個宮女處死的現場朱棣都要去現場觀摩。

當然，明成祖朱棣是有開創永樂盛世、派鄭和下西洋等功績，是雄才大略的一位雄主，但並不能因此掩蓋朱棣濫殺無辜殘殺忠良的暴行。

建文帝的舊臣，在“靖難之役”的時候，分為了3派，即：保皇派、中間派以及暗助朱棣的一派。在朱棣靖難成功後，中間派基本沒動，暗助朱棣的都獲得相應的封賞，這也是應有之意。最能看出一個君主氣派的，便是他如何對待曾經的敵人。而在建文帝保皇派中，又分為”堅定保皇派“，代表人物為齊泰、黃子澄、方孝孺，鐵鉉等。另一部分是當初各為其主，比如耿炳文、平安等。我們著重看一下，保皇派下這兩類人的命運如何？

齊泰，原名齊德。後來因為工作做得好，被朱元璋賜名叫齊泰，所以對於建文帝，齊泰是死心塌地的。當初削藩的時候，就是他和黃子澄、方孝孺等人為主謀。等到後來朱棣登基，齊泰在外面還想著起兵反抗，後來被解送到南京後，不屈而死。他的兄弟也被株連致死，叔叔們去服苦役。因為他的兒子只有6歲，沒有被株連，算是留下了一個根苗。

黃子澄，伴讀東宮，和建文帝感情深厚。當初齊泰要求第一個把朱棣削藩，黃子澄不同意。後來耿炳文戰敗，黃子澄建議李景隆代替耿炳文，齊泰極力反對無效。後來李景隆五十萬大軍兵敗，隻身一人逃回南京。朱棣造反前夕，想要自己3個兒子回去，黃子澄認為放他們回去，可以降低朱棣的警惕性。所以，黃子澄的許多建議都是昏招，簡直就是豬隊友。當他被人解送到朱棣跟前時，”磔死“，身體被分裂而死。他的族人無論老少全被殺死，和他有姻親關係的，都去戍邊。其中的一個兒子化名田經，得以逃脫。

方孝孺，宋濂的徒弟，名聲很大，但朱元璋在位時一直不重用他（也許看出了他不堪重用）。等到建文帝繼位，把方孝孺召進京城，對他幾乎言聽計從。後來朱棣讓方孝孺起草登基詔書，方孝孺大罵朱棣，拒不奉命。後來他被”磔死“，方孝孺弟弟和他一塊被殺。方孝孺的妻子和兩個兒子上吊而死，兩個女兒投秦淮河自盡。他的宗族親友，前後株連進去的多達幾百人，是歷史上有名的誅十族。

鐵鉉，朱元璋曾賜他字”鼎石“，所以他對建文帝也是忠心耿耿。朱棣起兵時，鐵鉉在濟南，曾經想要用城門千斤閘壓死朱棣。只是朱棣運氣大，千鈞一髮逃脫了。後來鐵鉉多次打敗朱棣，使得朱棣行軍的時候，都不敢路過濟南。朱棣登基之後，鐵鉉被”磔死“，兒子戍邊，八十多的父母被遣送到海南。

耿炳文，他和他父親耿君用，都是跟隨朱元璋打天下的功臣。他是一位非常善於防守的將領，朱元璋認為他的功勞非常大，當初用七千兵對陣敵人十萬人，可最後還是守住了長興，那是江浙的門戶。在朱元璋大肆屠戮功臣的時候，並沒有對耿炳文動手。朱元璋的意思，就是把他留給自己的孫子，讓他輔佐建文帝。後來，朱棣起兵，耿炳文奉命前去征討。後來敗給朱棣之後，被建文帝用李景隆替換下來。

此時是和朱棣戰鬥的初期，可以說各為其主。朱棣登基之後，並沒有過分為難他。但朱棣登基後第二年，他被人彈劾器物上有龍鳳的裝飾，耿炳文恐懼之下自殺。耿炳文的兩個兒子，後來都”坐罪死“。這樣的操作，很難不說是朱棣授意的。

平安，小名叫保兒。當初和朱棣對陣的將領中，平安的名聲最大。朱棣當初差點都被平安用槊砍死。朱棣的大軍對於平安都十分害怕，手下將領都不敢和他交鋒。後來平安被捉住，所有人都請殺掉他，朱棣愛惜他的勇猛，讓他到北平當了都指揮使。永樂七年的時候，朱棣巡視北京，在奏章中看到平安的名字，說了句：”平保兒還在嗎？“於是，平安自殺。

綜上所述，齊泰、黃子澄、方孝孺等人必須死，否則朱棣靖難之名就不成立。但是對於這些各為其主的將領或者文官，朱棣也並沒有心慈手軟，這一點朱棣頗似朱元璋，前後牽連進來的將近有三千人被殺。此外，建文帝臣子許多自殺或者隱姓埋名的，也有不少。至於像耿炳文、平安這些人，當初朱棣饒過他們，但也秋後算賬。朱棣是一代雄主，但對於曾經的敵人毫不手軟。不過，對於其他沒有強烈反對他登基的建文舊臣，朱棣也能大力任用，不負雄主胸襟。

史料參考：《明史》。

怎麼說呢，不聽話的下場很慘。

朱棣在靖難之役結束後向金陵軍民釋出公告稱：“諭知在京軍民：我本欲永遠守衛我的藩封，卻因奸臣弄權，作威作福，導致皇家骨肉被其殘害，不得不起兵誅殺之，目的是扶持社稷和保全親藩。現在平定京師，有罪的奸臣不敢赦免，無罪者也不敢濫殺；如有小人藉機報復，擅自綁縛、放縱、掠奪等而禍及無辜，非我本意。”

於是開始對之前不順眼的人大面積誅殺，建文四年六月廿五，明成祖誅殺齊泰、黃子澄、方孝孺等建文帝大臣，滅其族。

當時方孝孺已經是名聞天下的第一大儒，其學識品德為四海所稱頌。朱棣起兵時，其謀士姚廣孝曾對他說，“城破之日方孝孺是決不會投降的，但萬萬不能殺他，否則天下讀書種子（能承先啟後的讀書人）將會滅絕。”朱棣點頭答應。其實，朱棣也有意借用方孝孺的威信來收攬人心，所以當燕軍攻破南京後，朱棣屢次派人到獄中向方孝孺招降，希望由他撰寫新皇帝即位的詔書，方孝孺堅決不從。隨後朱棣強行派人押解方孝孺上殿，方孝孺披麻帶孝而入，悲慟至極，哭聲響徹大殿。

朱棣上前安慰方孝孺，告訴他惠帝已死，並勸他輔助自己即位，就像周公輔佐成王一樣。方孝孺厲聲質問朱棣：“那成王（意指惠帝）在哪？”朱棣稱惠帝已經自焚。方孝孺繼續質問：“那為何不立成王的兒子（意指惠帝的兒子）為君呢？”朱棣答道：“國賴長君。”方孝孺繼續追問：“為何不立皇弟呢？”朱棣則稱：“此朕家事。”並命人將筆墨投到方孝孺面前，聲稱：“詔天下，非先生草不可。”強迫他寫詔書。方孝孺接過筆，寫上“燕賊篡位”幾個字後，即擲筆於地，罵道：“死即死耳，詔不可草。”朱棣見方孝孺寧死不屈，即威脅道：“汝不顧九族矣！”方孝孺義無反顧地斥責說：“便十族奈我何！”朱棣怒不可遏，命人把其押赴集市施以磔刑，時六月二十五日。

方孝孺被打進死牢時，明成祖朱棣派人大肆搜捕方孝孺在京的親屬，並在行刑當日把他們押往刑場，在方孝孺面前一一殺害，場面十分殘忍。當中被救的倖存者有假借余姓逃過一劫的方孝孺的幼子方德宗。而因黃子澄受牽連的有345人。

此外，眾多建文舊臣如卓敬、暴昭、練子寧、毛泰、郭任、盧植、戴德彝、王敬止、王叔英、謝升、丁志方、甘霖、董鏞、陳繼之、韓永、葉福、劉端、黃觀、侯泰、茅大芳、陳迪、鐵鉉等等也都處決或自盡，史稱：“忠憤激發，視刀鋸鼎鑊甘之若飴，百世而下，凜凜猶有生氣。”他們的家屬和親人也被牽連，死者甚眾。被流放、逼作妓女及被其它方式懲罰的人也不少。

有一日，日者向朱棣報告：“有紅色的星冒犯帝星，甚急。”當日只有建文舊臣景清穿紅衣，所以成祖察覺有異，於是下令搜身，搜出景清懷藏利刃。成祖責問他，景清奮起道：“欲為故主報仇耳！”朱棣大怒，下令將景清磔死。此後，朱棣午睡時，夢見景清變成厲鬼來報仇，朱棣又下令誅其九族，並挖掘其祖先墳墓。最後，把景清家鄉的居民全部殺光，凡是跟景清有任何輾轉相系關係的人都受到株連，稱為“瓜蔓抄”，結果景清家鄉的村落變成廢墟。

在大肆誅殺之外，當月，朱棣將魏國公徐輝祖禁錮，後釋放並削其爵位。輝祖死後，其子嗣魏國公爵。黃觀被朱棣所嫉恨，其狀元的身份被革去，故明代保持連中三元，受記錄的只有商輅一人。盛庸、平安（靈壁之戰降）、何福、駙馬梅殷等先後投降。朱棣的左都御史陳瑛亦迫害建文舊臣及其家眷。

靖難之役，文武眾臣出力甚多，朱棣稱帝后先後進行了封賞。京城陷落後，六月十九，追封徐增壽為武陽侯，諡忠湣，後進為定國公，世襲，靖難將士各有封賞。

朱棣在處理建文帝的舊臣還是挺狠的。

齊泰、黃子澄、方孝孺，《成祖本紀》記載是：“丁丑,殺齊泰、黃子澄、方孝孺,並夷其族”，並沒有說滅十族。但是也是很慘了。刺殺朱棣的景清也被滅族。《明史》記載是：“成祖怒，磔死，族之。籍其鄉，轉相攀染，謂之“瓜蔓抄”，村裡為墟。”就是說還屠殺了景清的家鄉，叫“瓜蔓抄”。

卓敬，滅三族；暴昭，被處以磔刑；練子寧，磔屍，練子寧的家鄉四百八十戶人家慘遭橫禍，無一倖免，僅幼孫練珍被侍婢救出，藏匿於民間，練氏才倖免被殺絕。被殺的還有毛泰、郭任、盧植、戴德彝、王艮、王叔英、謝升、丁志方、甘霖、董鏞、陳繼之、韓永、葉福、劉端、黃觀、侯泰、茅大芳、陳迪、鐵鉉等人。

《明史》說：“齊、黃、方、練之儔，抱謀國之忠，而乏制勝之策。然其忠憤激發，視刀鋸鼎鑊甘之若飴，百世而下，凜凜猶有生氣。是豈洩然不恤國事而以一死自謝者所可同日道哉！”