1199年源賴朝死後，幕府大權漸由源氏外戚北條氏控制。

1203年北條時政就任政所首長別當，1213年北條義時兼任政所和侍所兩別當職，總轄幕府，稱執權，幕府遂由將軍獨裁向北條氏執權政治過渡。

1221年（承久三年），不滿幕府存在的後鳥羽天皇發動討幕戰爭（承久之亂），旋被打敗。戰後，幕府流放後鳥羽等3個上皇，廢仲恭天皇，另立後堀河天皇，新設六波羅探題以監視皇室，並沒收參與叛亂的皇族與貴族的莊園3000餘處。幕府權力超過朝廷，甚至干預天皇的繼承。北條泰時除設連署，任命北條同族人員擔任外，為緩和武士內部的矛盾，爭取御家人的支援，於1225年設定評定眾，由15名有勢力的御家人組成，與北條氏共同參與幕政。

1232年公佈第1個武士政權成文法《貞永式目》，共51條，為武家法律之本，並逐漸成為全國性的法律，表明鎌倉幕府的成熟與鞏固。鎌倉幕府後期，由於農民反抗和“御家人”貧困，社會矛盾日益表面化，特別是在1274年和1281年的兩次抗元戰爭之後，中小武士因未得賞賜，對幕府日益不滿。北條氏得宗（即嫡系）為鞏固統治，僅任命本家子弟為評定眾與守護，獨攬幕府大權。

1324年，後醍醐天皇舉兵倒幕，1333年下野豪族足利尊氏響應，5月上野豪族新田義貞攻入鎌倉，鎌倉幕府滅亡。後醍醐天皇親政，第二年改年號建武，是為建武中興時期。

公元8世紀，日本人口出現快速增長，朝廷鼓勵開荒種地，這一舉措使得日本耕地快速增長，並且土地進一步私有化。貴族把開墾的土地據為己有，找各種理由向朝廷拒絕賦稅，貴族勢力進一步加大，使得日本律令社會的經濟基礎出現了裂痕。一些貴族開始私養武士，建立私有武裝，到後來藤原家族勢力不斷壯大，並且為了使自己的勢力穩固下來，與皇室聯姻。到827年文德天皇時期，藤原良房晉升為太政大臣。文德天皇死後，藤原良房安排自己的年幼的外甥即位，自己總領朝政，之後藤原家族的把持朝廷，天皇成為傀儡，朝中大小事務，都須和藤原基奏報。此後，藤原氏族不斷以外戚的身份攝政，把持朝綱，天皇年幼，藤原家族的人出任太閣大臣，總領政務。

《知史以明鑑·查古以至今》

公元1185年，當南宋皇帝宋孝宗還在為如何恢復自己父輩們丟失的中原煩惱時，一海之隔的日本正式拉開了為期六百多年的“幕府時代”的帷幕。

1185年到1867年共682年的幕府時代裡，日本共經歷了鎌倉幕府、室町幕府以及江戶幕府。

日本古代的封建社會和中國古代的封建社會有所不同，雖說日本從中國唐朝引進了很多治國方法，但在官員選拔方面卻無法照搬中國的科舉制度，這便是因為具有平等精神的科舉制度與貴族傳統存在巨大沖突，日本的皇權與之相較，實在是無法抗衡。

十世紀之後日本科舉制度便已形同虛設，任免官員的權力已完全被貴族勢力所把持，他們繼續沿用以“血統”和“姓氏”來委任官員的辦法，從而壯大貴族家族的勢力，進一步將天皇置於尷尬的地位。

天皇一族在長期面對藤原一族鉗制的情況下，不得不去借助武士集團的力量，以進一步削弱長久以來制霸朝廷的藤原氏一族，徹底奪回政治上的話語權。

“源氏”後來以“天下第一武勇之士”的身份進入朝廷，另一個武士集團的領袖“平氏”家族，也在朝廷中贏得了舉足輕重的地位。

1156年，鳥羽上皇去世，身為兄長的崇德上皇與弟弟後白河天皇之間爆發戰爭。結果，弟弟後白河天皇藉助平氏平清盛、源氏源義朝的力量，先發制人，打敗了崇德上皇，史稱“保元之亂”。

從這場皇室內部的政變結果來看，足以證明了武士集團的強大。其實到了這個歷史時期，已經顯現出一種新的跡象，那便是決定日本政權的儼然已不再是皇族和貴族們的宮廷鬥爭了，武士集團正式活躍於日本的政權鬥爭中，日本幕府時代的到來已經顯露蹤跡。

“保元之亂”之後三年，平清盛便發動了“平治之亂”，其結果則是把皇帝老兒徹底架空，平氏家族便壟斷了朝廷內外所有的高階職務，幾乎完全掌握了朝政，宣告關西平氏家族的鼎盛時代已經到來。

源賴朝在消滅了平氏政權之後成為了又一個可以左右國家政局的武家，可是他並有急於接管京都的政府，而是轉頭致力於在關東地區，繼續鞏固和建立自己的政權，便選擇在鎌倉作為自己的根據地。直到公元1192年，源賴朝受封成為徵夷大將軍，此時，歷史的腳步正式步入鎌倉幕府時代。

維持了140多年的鎌倉幕府最終在忽必烈的鐵騎下瓦解。公元1333年，忽必烈東征日本五十年後，最後一代鎌倉幕府執權北條高時在各地豪族組成的反幕勢力逼迫下自殺，鎌倉幕府至此滅亡。

（關注道人知曉忽必烈攻打日本的真正原因，“就是為了去送人頭，和颱風毫無關係”）

1336年，足利尊氏在京都建立室町幕府。

第一代室町幕府的將軍足利尊氏病逝以後，由他的三兒子足利義詮即位為第二代將軍，幕府權力也在與南朝的對峙中不斷強化。直到第三代將軍足利義滿的統治時期，才結束了南北朝分裂的局面，完成國家統一的大業，此時，才在全國範圍確立起室町幕府將軍的絕對統治權，進入室町幕府最盛時期。

室町幕府從第四代將軍足利義持開始便漸漸走向下坡路，直到1467年爆發的“應仁之亂”。在八代將軍足利義政任期內，日本歷史進入新興的大名互相混戰的戰國時代。

1568至1582年間，織田信長將第15代將軍足利義昭從京都流放，推翻了名義上掌管了日本近200年的室町幕府，同時也使得從“應仁之亂”開始的日本戰國時代步向終結，同時，江戶幕府時代也隨之來臨，並開始了長達260多年的統治。

江戶幕府又稱“德川幕府”，它是日本第三個封建統治政權，共經歷了15個將軍的統治時期。輝煌的江戶時代在日本歷史上猶如一顆明珠一樣，格外引人注目。

1854年日本被迫開啟國門後，時代危機和民族危機又加劇了江戶幕府的謝幕程序。江戶幕府末期，在日本內陸的農民起義和以西南強藩為中心的倒幕運動壓力下，第15代將軍德川慶喜於1867年末被迫宣佈“奉還大政”，明治維新拉開了大幕。

至此，日本最後一個幕府時代終於結束了。日本幕府時代的建立，標誌著由中央貴族掌握權力時代的結束，在貴族時代地位很低的武士階層登上了歷史的舞臺。

他們鄙視貴族們奢靡的生活，崇尚以“忠君、節義、廉恥、勇武、堅忍”為核心的思想，並結合了中國的儒學、佛教禪宗以及日本本土的神道教，形成日本武士的精神支柱——“武士道”。日本古代幕府的建立同時也標誌著日本天皇成為傀儡，幕府成為實際的政治中心。

日本的幕府雖然源於中國，但到後來超越了中國的制度建構，在日本的國土上完成了適應自己的土壤和氣候的生長。在中國，從來沒有哪一個大臣或者中央大員的幕府能夠做到和日本幕府一樣，成為威脅到皇權的機構。

日本歷史上的三個幕府時期，每個時期幕府和天皇的關係都不一樣，天皇權威也是一步步淪喪的，到了江戶幕府時期，天皇完全淪為吉祥娃娃。

在幕府時代前，日本還經歷了關政時代和院政時代。平安時代後期，天皇外戚藤原氏把持了政府攝政、關白、太政大臣等要職（其實藤原氏也是天皇宗室遠支）長達一百多年，勢力根深蒂固，權傾朝野，還頻頻插手天皇皇位繼承問題，讓親藤原家的皇子上位。為從藤原氏手中奪回權力，後三條天皇和白河天皇玩出金蟬脫殼的手腕，也就是讓出皇位帶走實權，依賴新興武士階層，開啟院政，與藤原家和藤原家控制的天皇分庭抗禮。院政架空了藤原氏權臣，但同時也架空了在任天皇，同時武士集團開始登上了日本政治舞臺，特別是關東源氏和關西平氏。崇德上皇和弟弟後白河天皇之間的矛盾衝突終於爆發，後白河天皇依賴關東武士首領源義朝，先發制人取勝，院政結束。關東源氏武士集團不滿關西平氏武士集團控制京都，源賴朝與關東豪族北條氏、京都舊公族藤原氏聯手，滅亡了關西平氏武士集團。此後，源賴朝沒有留在京都，而是回到老根據地關東，受封“徵夷大將軍”，在鎌倉開府執政，日本歷史進入幕府時代。

在鎌倉幕府時期，因幕府控制地主要在關東地區，天皇和公族在關西擁有大量莊園人口，關西地區的經濟發展水平高於幕府掌控的關東地區，幕府無法完全操控天皇，天皇也能對幕府說不。所以鎌倉幕府時期，天皇雖然受幕府挾制，但皇族還是混的很滋潤。源氏傳三代後無繼承人，幕府權力落入幕府外戚北條氏手裡。不滿鎌倉幕府的後鳥羽天皇發動倒幕戰爭失敗，關西皇族和公族控制的莊園很多被幕府沒收，幕府在關西設六波羅探題監視朝廷，幕府勢力開始超過了皇族公卿勢力，插手京都朝政。

鎌倉幕府後期，蒙古帝國崛起，忽必烈控制朝鮮半島後發動侵日戰爭，幕府為應對蒙古人侵略，傾盡全國資源，沉重負擔導致下層武士和農民不滿。後醍醐天皇再次發動倒幕戰爭，關西足利尊氏和關東新田義貞起兵響應，滅亡了鎌倉幕府，在京都附近建立了室町幕府。

後醍醐天皇帶三神器逃出幕府控制的京都，在吉野建“南朝” 和幕府打擂臺，但最終足利義滿一統天下。室町幕府和天皇朝廷同在京都辦公，幕府將軍經常兼任朝廷太政大臣，有點挾天子以令諸侯的味道。室町幕府派出的各地守護大名都是足利家族人和功勳武士，幕府給各地守護大名的自治權很大，幕府的財政主要靠直接控制的莊園收入，因而室町幕府對地方的控制力較弱。室町幕府時期，天皇公族在關西地區還有很多莊園，還有一定政治經濟勢力，但權威被嚴重削弱，天皇公族的活動受到幕府的監視。

室町幕府垮臺後，日本進入戰亂紛紛的安土桃山時代，後德川家康最終勝出，在關東地區建立江戶幕府，日本的政治經濟中心從此由關西地區轉移到關東地區。德川家透過常年戰爭兼併了原來屬於大名和公卿的很多領地，佔有的良田和礦山比室町幕府多得多，因而對天皇公族和外番藩大名形成絕對優勢。江戶幕府時期，在關西的天皇公族窮得叮噹響，財政入不敷出，連皇室正常的生活開支都無法保證，天皇做什麼事情都要經過幕府同意，幕府以法律形式確定天皇的職權活動範圍，天皇繼承人也是幕府指定，京都的行政也由幕府設的京都所司代負責，從此天皇徹底失勢，淪為吉祥娃娃，完全成為擺設。在天皇已經不能威脅幕府政權安全前提下，幕府也沒必要廢掉這個吉祥物。何況等到天皇完全成為木偶的江戶幕府時代，天皇已經一脈相承地傳位一千多年了，已經成了日本的象徵，德川家自然也不會冒天下之大不諱。