第三代火影在位時期，九尾之亂使木葉的矛頭紛紛指向宇智波（因為能操控九尾的只有宇智波一族的寫輪眼），長期的不信任和猜疑終於變成了事實，木葉重新規劃屬地的時候將宇智波一族趕往偏遠地帶，周圍有高樓和瞭望塔，像被監禁一樣。宇智波富嶽作為宇智波警衛隊現任的領導者試圖發動政變，將鼬送至木葉暗部擔當木葉內部的眼線。而鼬知道如果宇智波發動政變，不僅會以失敗收場，還會造成他國入侵的藉口，最後連木葉村也會被毀滅。於是宇智波鼬便主動接受了團藏派給其的弒族任務，忍痛降下一族帷幕，並背上背叛國家的罪名離開木葉。

聽到此事的木葉高層立即出動暗部到宇智波一族的領地，日斬命令回收所有宇智波族人的遺體並把佐助送去醫療班。最後志村團藏離開時被鼬威脅，如果對佐助下手，鼬將所有情報賣給他國。

一天的黃昏，鼬找到猿飛日斬，同時支開所有暗部，日斬向鼬保證佐助的生活成長，而鼬則加入“曉”防止帶土對木葉動手，鼬對日斬道歉說族人不領情，但日斬卻說自己太天真，未能阻止悲劇的發生。

至此，宇智波滅族事件結束。

木葉高層對宇智波的猜忌從二代火影開始，團藏深受其影響，雖然三代火影主張何平，卻沒有什麼作為，而是任意放縱團藏。所以事情解決可以

1、殺宇智波一族保村子和平

2、找止水用別天神控制團藏等鷹牌領導者（殺了會更好吧）

3、用別天神控制宇智波富嶽鎮壓宇智波想要叛變的思想或者個人，但是隻是暫緩並不算長久之計。