當然，中國中藥資源發展中存在的問題也不容忽視。由於土地資源減少、生態環境惡化，部分野生中藥材資源銳減，中藥材供應短缺的問題日益突出。中藥材生產技術相對落後，導致中藥材品質下降，影響中藥質量和臨床療效，損害了中醫藥信譽。中藥材生產經營管理較為粗放，供需資訊交流不暢，價格起伏幅度過大，也阻礙了中藥產業健康發展。

其中野生中藥資源的減少成為網民關注熱點。部分採藥人不懂得中藥可持續發展，盲目採挖野生中藥材，導致其數量下降，多樣性發展遭破壞。除了從生態上予以保護，也需加強對野生中藥採藥人的引導，宣傳可持續發展觀。

雖然中國中藥資源將枯竭的說法有些誇張，但為我們敲響了警鐘。隨著國內民眾對中醫藥的需求持續增高，中醫藥國際化程序的加快，中藥材的海內外需求急速增長，競爭更加激烈。除了滿足中國中醫藥事業發展的需求，提高中國中藥材的國際競爭力也刻不容緩。要堅持以發展促保護、以保護謀發展，依靠科技支撐，科學發展中藥材種植養殖，保護野生中藥材資源，推動生產流通現代化和資訊化，努力實現中藥材優質安全、供應充足、價格平穩，促進中藥產業持續健康發展，滿足人民群眾日益增長的健康需求，走出一條具有中國特色的中藥資源發展之路。

中藥材是中國特有的一種藥物資源，由於生態環境的破壞和掠奪式的捕採，中國的一些寶貴的天然中藥資源如野生人參、雪蓮、石斛、貝母類、藥用蛇類等處於瀕危品種。

為了保護野生中藥資源，國務院於1987年頒佈了《野生藥材資源保護管理條例》，這些被保護的中藥材應該屬於資源少或枯竭的中藥材。條例規定：國家重點保護的野生藥材物種分為三級。

一級為瀕臨滅絕狀態的稀有珍貴野生藥材物種；

二級為分佈區域縮小，資源處於衰竭狀態的重要野生藥材物種；

三級為資源嚴重減少的主要常用野生藥材物種。

一級保護野生藥材物種禁止採獵，二級和三級保護野生藥材物種的採獵，必須按照縣以上醫藥管理部門會同同級野生動物、植物管理部門規定的計劃，報上一級醫藥管理部門批准後執行。本條例自1987年12月1日起施行。其中76種重點保護的野生藥材物種如下：

一級保護物種（4種）：虎、豹、賽加羚羊、梅花鹿。

二級保護物種（27種）：馬鹿、林麝、馬麝、原麝、黑熊、棕熊、穿山甲、中華大蟾蜍、黑眶蟾蜍、中國林蛙、銀環蛇、烏梢蛇、五步蛇、蛤蚧、甘草、脹果甘草、光果甘草、黃連、三角葉黃連、雲連、人參、杜仲、厚朴、凹葉厚朴、黃皮樹、黃檗、劍葉龍血樹。

三級保護物種（45種）：川貝母、暗紫貝母、甘肅貝母、稜砂貝母、新疆貝母、伊犁貝母、刺五加、黃芩、天門冬、豬苓、條葉龍膽、龍膽、三花龍膽、堅龍膽、防風、遠志、卵葉遠志、胡黃連、肉蓯蓉、秦艽、麻花秦艽、粗莖秦艽、小秦艽、北細辛、漢城細辛、細辛、新疆紫草、紫草、五味子、華中五味子、蔓荊、單葉蔓荊、訶子、絨毛訶子、山茱萸、環草石斛、馬鞭石斛、黃草石斛、鐵皮石斛、金釵石斛、新疆阿魏、阜康阿魏、連翹、羌活、寬葉羌活。