有益微生物產生的脂肪酶、蛋白酶等，可促進水產動物的消化吸收，顯著提高飼料的利用率，加快水產動物的生長速度。飼料經過生物發酵後還可產生乙酸、乳酸等多種有機酸以及多不飽和脂肪酸和芳香酸，具有特殊的香氣和良好的適口性，可顯著刺激水產動物的食慾，增加攝食量。發酵形成的有機酸在腸道中產生了酸性環境，有利於鈣、磷、鐵元素和維生素D的有效吸收與運用。生物飼料中的有益菌屬於高蛋白質，可以形成眾多對動物營養消化有利的有益因子，增加魚、蝦的體重，加快其發育速度。研究表明，採用發酵飼料進行餵食，刺參的生長率和飼料效率較高，並且排糞率和攝食率高於餵食普通飼料。黃世金等 (2011) 針對複合微生物發酵飼料在羅非魚養殖中的應用進行研究，結果顯示，新增適量微生物發酵飼料養殖商品羅非魚，可促進其生長、提高成活率、免疫效能、減少羅非魚鏈球菌疾病的發病率、降低飼料係數和提高經濟效益。

生物發酵飼料對中國水產養殖業的發展來說意義重大，也一定會成為水產養殖業的重點內容。隨著水產養殖行業的不斷髮展，減少環境汙染成為行業的共識。水產品的綠色無汙染養殖成為行業共同關心的問題。而飼料的綠色環保是發展綠色水產養殖的關鍵。生物發酵飼料技術涉及多種科學技術，應用前景十分廣闊。

生物飼料中包含大量的益生菌，可以促進水產動物代謝，增強其抵抗力和食慾，同時還可以淨化水質，起到生物屏障作用。可以藉助飼料中的緻密性膜菌群，有效防止飼料中的有害物質進入水產動物體內。有益菌代謝產物包括氨基轉移酶、氨基氧化酶、分解硫化物等酶類可以分解水中的有害物質。此外，在投食後可以根據各種有益菌的氧化、硝化、氨化、固氮等作用機理降解水中的有機物，生成浮游植物能夠吸收的無機鹽，以達到最佳化水質的目的。

生物發酵飼料中包含了多種對水產動物有益的微生物。微生物自身就是一種高蛋白，而且微生物能釋放多個種類的促消化物質，增強水產動物的消化吸收能力，從而促進水產動物的生長。比如各種酶可以幫助水產動物更好地吸收飼料中的營養成分，提高它們的生長速度。生物發酵飼料中包含的多種不飽和脂肪酸、芳香酸可提升飼料的適口性，刺激水產動物的食慾，提高水產動物的進食量。

生物發酵飼料中的有益微生物可透過細菌本身或細胞壁成分啟用宿主的免疫細胞，起到特異性免疫作用，從而增強水產動物的抵抗力。在投食後，生物發酵飼料中的有益微生物能夠促進水產動物體內的體液免疫和細胞免疫，增強其免疫功能，有效殺滅致病菌，同時補充補充有益菌，在水產動物腸道內建立微生態平衡系統，這對水產動物抵抗病原性微生物的侵害非常重要。

生物發酵飼料在水產動物的體內會抑制有害微生物在水產動物體內的繁殖，有益微生物生成的肽細菌素、酶類物質可以有效抑制有害微生物的生長，阻礙有害微生物菌毒素對水產動物腸道上皮細胞的侵害。而且利用有益微生物的代謝產物，如乳酸菌類的代謝產物可以降低水產動物腸道的 pH 值，抑制有害微生物的繁殖，促進腸道菌群平衡，促進水產動物消化道對多種礦物元素及維生素的消化和吸收。