清軍入關後，每攻佔一個省份，都會留下部分八旗軍駐守。八旗軍駐紮京城的兵員一般在十萬左右，這些都是八旗軍中最精銳的部隊。至於其他各地八旗軍總和大致也在十萬兵員左右。

每個省份的省會，關隘，港口，經濟重地等重要地方都會分配八旗軍駐防。清朝也會讓一些八旗軍駐紮邊疆。一般來說，一座省會城市，都會留下數千名八旗兵。其他地放則根據重要程度留下一千到六千，數目不等的八旗兵。這些分散在地方的八旗軍除了加強清朝對全國的各地控制外，還有一個重要的職能，就是監視各地的由漢人組成的綠營軍。

八旗軍分佈如下

京城禁旅八旗

領侍衛府，侍衛660人。

八旗驍騎營，18900人

八旗前鋒營，2760人。

八旗護軍營，14840人。

八旗步軍營，18000人。

八旗健銳營，5878人。

八旗火器營，7600人。

內府三旗包衣

內府護軍營、2650人。

內府前鋒營、5140人。

內府驍騎營、5252人。

各地駐防八旗

直隸

良鄉縣防守尉50人，寶坻縣防守尉50人，固安縣防守尉50人

東安縣防守尉50人，霸州防守尉50人，採育裡防守尉50人

保定府城守尉500人，雄縣防守尉50人，滄洲城守尉520人

山海關副都統900人，永平府防守尉100人，玉田縣防守尉100人

三河縣防守尉100人，順義縣防守尉50人，喜峰口防守尉300人

冷口防守尉150人，密雲副都統2300人，昌平州防守尉50人

古北口防守尉200人，熱河副都統1500人，喀喇河屯協領400人

化育溝協領200人，圍場總管800人

察哈爾

察哈爾都統7800人，張家口滿洲協領1100人，獨石口防守尉100人，千家店驍騎校40人

山東

青州副都統1600人，德州城守尉500人

山西

綏遠城將軍2600人，右衛城守尉380人，太原城守尉500人

河南

開封城守尉640人

江南

江寧將軍4300人，京口副都統1800人

湖廣（湖南湖北）

荊州將軍3200人

浙江

杭州將軍2000人，乍浦副都統1700人

福建

福州將軍2500人，水師營1700人

廣東

廣州將軍4500人，水師營1600人

四川

成都將軍3100人

陜西

西安將軍6700人

甘肅

寧夏將軍3200人，涼州副都統2000人，莊浪城守尉900人

東三省

盛京將軍，12600人

吉林將軍，10350人

黑龍江將軍，13500人

新疆伊犁各處駐防八旗馬步兵19000人。

清順治二年（公元1645年），清朝開始派八旗官兵分駐，順德，濟南，德州，臨清，徐州，潞安，等地，以後陸續有增加，駐防旗兵各按城，隘設將軍，都統，副都統，城守尉，防守尉，等官統御。成為八旗駐防的定製。

八旗駐防將軍是駐防八旗兵的最高長官。系從一品官，其實權雖不如總督，但地位高於總督，如與總督同駐一地，會同奏事，就以將軍領銜。將軍都冠以駐地地名，時全國共設將軍衙門13處，以轄區大小，各有不同。

如下:

區分 駐地 兵力

盛京將軍 駐盛京（今遼寧瀋陽）官兵1萬7千多人

吉林將軍 駐吉林（今吉林吉林市）官兵1萬2千

黑龍江將軍 駐齊齊哈爾 官兵1萬2千多人

綏遠將軍 駐綏遠城（今內蒙古呼和浩特市） 兼 轄右衛（山西右玉）官兵3千4百多人

江寧將軍 駐江寧（今江蘇南京）兼轄京口（今江 蘇鎮江）駐軍6千3百多人

福州將軍 駐福州 併兼轄節制綠營的陸路鎮協共 有官兵2千8百多人

杭州將軍 駐杭州 兼轄乍浦駐軍共有3千9百多人

荊州將軍 駐江陵（湖北江陵）官兵5千6百多人

西安將軍 駐西安 官兵6千5百多人

寧夏將軍 今銀川市 官兵3千3百多人

伊犁將軍 駐伊犁（新疆霍城）兼轄惠遠，惠寧，古 城駐軍，共有官兵9千9百人， 並有綠營兵1千多人名為“軍標”。

成都將軍 駐成都 有官兵1千9百多人，另有綠營“軍 標”左，右兩營約8百多人，並節 制建昌，松潘二鎮。

廣州將軍 駐廣州 有官兵5千2百多人，並節制綠營 的陸路鎮，協各營。

附:1.將軍衙門一般設有，主事，筆帖式，典吏，外郎等屬員。

2.以上各處駐軍，一般有馬軍，步軍。東三省及廣州，福州，杭州等處都有水軍。

3.清雍正十一年部置定邊左副將軍，正一品。因常駐烏里雅蘇臺城又稱 烏里雅蘇臺將軍。駐烏里雅蘇臺城，（今蒙古扎布罕省扎布哈朗特）轄外蒙古，唐烏梁海，科布多地方。乾隆三十三年品秩改為從一品。

4.清統治者將全國化為11個軍事區，區的最高長官為總督（正二品，加尚書銜為從一品，管理一個地區最高軍政長官）。不設總督的區，則兼領提督的巡撫（從二品，一省地方行政長官。兼督察院右副都御史，並多兼兵部侍郎官銜，加銜後為正二品。綜理全省軍政。）為最高長官。每個軍事區管轄一至三個行政省。省的最高軍事長官為提督或兼領提督的巡撫。省下分若干鎮，鎮的長官為總兵，正二品。鎮下分若干協，協的長官為副將。協下設營，營的長官為參將，遊擊，都司或守備，營下設汛，汛的長官為千總，把總。

5.總督，巡撫，提督，和總兵除下屬各單位外，都有自己親領的直屬部隊，稱為“標”。副將，武職從二品，職責一般分兩種1.是為將軍，總督，巡撫，提督，總兵，以及河督，漕督統領軍務，稱“中軍”，但冠以“軍標”“督標”等中軍稱號。2.為督，撫，分險守要稱為“協標”。

6.鎮是綠營的戰略單位，基本編制為營。營以上單位都有自己的領導機關——衙門。全國共設水，陸總兵83人。鎮即總兵所轄兵力多少不一，約為二至五個營。兵額小著1，2千多則4，5千。福山鎮最小，不足千人，貴州鎮遠鎮多達近萬人。上面成都將軍節制建昌，松潘二鎮，即節制兩鎮總兵。

清朝在入關後，以八旗，綠營為其主要軍事力量，但在統治體制上，採用以滿制漢，以文制武的原則，使他們相互制約，受命於清。

地方上總督，巡撫及漕運，河道所統兵員為綠營兵，不能指揮八旗兵。而將軍，都統，副都統，城守尉，防守尉則統帥八旗兵。作為駐防八旗，分駐全國重要地點，不受當地總督，巡撫節制。但有的卻可以節制部分綠營兵。亦有代表朝廷監督地方督，撫之用意。

各省雖然以提督，總兵統兵，但軍令出自總督，巡撫，即以文制武，防止武將專兵。當需大量用兵時，則從各省抽調綠營，拼湊成軍，由皇帝派經略大臣，參贊大臣為帥，統兵作戰。戰後，兵歸原防，將回原任。為避免將領在一地掌兵過久，產生弊端，朝廷還定有限年更調的制度。

八旗兵作為清朝嫡系，和綠營兵相比，處於特殊地位。如八旗兵主要用於禁衛京師與關外基地為主，駐防各省較少，綠營兵則配置在全國廣大地區。駐防八旗多系力求集結，扼守衝要。綠營兵則任務多樣，駐地分散。滿族大臣，將領可以指揮綠營而漢族將領不能指揮八旗。遇有戰爭，八旗兵，綠營兵會同作戰時，綠營兵往往用作前驅，而八旗兵則處於督戰或預備隊的地位。此外，八旗兵在政治和生活待遇上都較綠營兵為優厚，成為八旗兵腐化頹廢，戰力衰減較綠營兵為早的原因之一。

清以八旗兵分駐各省要地，稱為“駐防”。順治二年（1645年），派八旗兵駐守順德、德州、濟南、臨清、徐州、潞安、平陽、蒲州等地，為八旗兵駐防之始。隨後在各省險要之地增派八旗兵分駐，各自專城設將軍、都統、副都統、城守尉、防守尉等官，統率所屬旗兵。