不建議同時使用。

如果有機肥使用的菌種與另外的一種菌劑的生存環境有差異，可能導致菌劑活性降低，造成浪費。

微生物菌劑作為新型特肥的代表，包含著太多的優勢菌種，而各種菌種又有著不同的具體作用和功能，而同樣的功能有多種微生物可以達到，同時，可能用同一種生物菌也可以達到多種功能性。

比如通用芽孢桿菌的抗病、抗蟲、促生長功能；巨大和膠東樣芽孢桿菌的解磷解鉀功能；根瘤菌的固氮功能；淡紫擬青黴的抗線蟲功能；包括黴菌中的哈茨木黴菌的抗灰黴病功能等等，我們實際應用則要定向選擇，或者選擇多功能的生物菌來實際應用。

而發酵有機肥用的微生物發酵菌劑，和平時田裡下秸稈使用的發酵菌劑一樣，我們稱之為有機物料腐熟劑，主要作用就是發酵，就像蒸饅頭用的酵母一個道理。

但是給果樹施肥，得講究平衡施肥，不關你施入土壤裡多少種肥料，都要靠土壤微生物分解供應果樹吸收，特別是有機質，有機質的分子結構特別大，有資料說把分子式展開能繞地球一圈，這種大分子結構果樹是不能直接吸收的，需要更多的微生物分解，顯然，只靠發酵菌劑裡面的微生物是遠遠不夠的。

或者說，發酵菌劑發酵完有機質後，還有多少活性？要知道微生物菌劑不斷繁殖後的活性是代減的，更何況，微生物分解有機質的同時，分泌吲哚乙酸 ,赤黴素，各種酶類以促進果樹生長，抗病，抗逆，這些遠遠不是一個發酵菌能夠做到的。

不管用什麼發酵的有機肥，只能叫做有機肥，完全達不到菌劑所應有的功效，使用有機肥的同時，強烈建議增加有益菌的種類和用量，最好是複合菌，才能達到理想的效果。

可以的，不同的微生物菌劑的會起到不同的效果，比如果樹經常會受到線蟲的困擾，那就在施肥的時候加入淡紫擬青黴，可以起到很好的防治效果