其實南明也還是明朝的一部分，因為當時弘光帝朱由崧繼位的時候國號依舊是“明”，說明當時並不存在南明的概念，還是視明朝為正統而不是自立門戶，而之後寫史書的人稱之為“南明”。那為什麼沒有將弘光政權計算在明朝年代裡？

首先李自成於崇禎十七年四月二十一日攻入北京城，崇禎自縊殉國，到這裡明朝滅亡，這是史書記載的版本，現在我們也採用這種說法。李自成入京後只待了一個月就被滿清趕走了，而滿清入關進京的口號是“為崇禎帝報仇，剿滅農民軍”。這時的南明小朝廷居然就相信滿清人的所謂口號，還派出了使者去北京聯絡清朝，主動向清朝提出了“聯合剿賊（起義軍）”的倡議。

之後滿清以便剿滅農民軍，以邊讓弘光皇帝“削號歸藩”，清朝認為明朝已經跟著崇禎滅亡，“大清”才是中華正統的真正繼承者，你們南明是不合法統的。

如果把南明那些政權納入明朝年代裡，那自己進京就名不正言不順，不能夠穩定人心。你既然是為崇禎帝報仇，那報完仇之後還去打在南方建立政權的朱姓皇族，這樣不能讓人信服。於是在寫史書的時候，刻意將明朝和“南明”那些政權區分開來。

現代研究明朝歷史多數是基於清朝人編纂的《明史》，而《明史》也只是記載到崇禎殉國，再往後就沒有了，說明當時清朝統治者不想把南明那段歷史寫進《明史》裡。

清人修的明史當中，對弘光朝廷之後的南明小朝廷沒有一個字的記載，對朱由崧也不過是在《諸王傳》中提及了一句“自立於南京，偽號弘光”。

在清朝，如果使用南明的名號的記載南明之事是死罪，這樣誰還敢提南明之事。

其次當時的北京先被李自成佔據，後被滿清佔據，到朱由崧在南京登基稱帝這段時間內出現了二十多天的空白時期，這段時間內明朝是沒有皇帝的，朱由崧雖然被江北四鎮擁立，但是當時也只是監國，況且在之前皇帝繼承人上朱由崧並不是最理想的。

而在1644年五月十五日，朱由崧即皇帝位於南京紫禁城武英殿，以次年為弘光元年。其國號依舊為“明”，史稱“南明”，這說明當時朱由崧並沒有想自立門戶的意思，還認明朝為正朔。朱由崧在南京繼位，而明朝之前的皇帝基本上都是在北京繼位的，這時他在南京繼位，在皇位合法性上就稍遜一點，他又不是上一任皇帝的直系皇子，血緣相對較遠，（朱由崧和朱由檢的爺爺是萬曆皇帝）顯得不是那麼正統。

再者在滿清南下的過程中，製造了一系列比如揚州十日、嘉定三屠、廣州大屠殺這些事件。這些慘無人道的屠殺行為都是發生在南明這段時間，滿清統治者為了所謂的民族“和諧共處”，穩定人心，維護統治，去除自己不好的影響，才不把南明這一段歷史計算在明朝年代裡。

因此，南明弘光政權以及之後的幾個政權都沒有計算在明朝年代裡是因為清朝統治者為了維護統治，彰顯自己的正統，刻意排除這段歷史，不希望”南明“這段歷史出現在明朝的史書中。

清朝入關的藉口是為明朝復仇，承認南明，那不是自己打自己的臉嗎！南明在法理上是明朝的延續毫無疑問，因為南明的各個皇帝基本都是合理繼承的，除了隆武和紹武。崇禎死後，太子失蹤，光宗絕嗣，所以兄終弟及，皇位到弘光沒問題。弘光死後，永曆皇帝可以說是順位繼承的，可以去查萬曆的後人，基本上除了死的，出家的，到桂藩一系是合情合理的。至於隆武皇帝，我覺得他完全是鄭芝龍為了投降而立的一個籌碼。