製作菌種可選用的枝條有紫穗槐條、荊條、竹條及櫟木枝條等，但以紫穗槐條為最佳。以紫穗槐條為例，枝條砍伐宜在秋冬季節，這時枝條葉子落盡，含養分比較高，便於以後浸泡覆水。應選用枝體細長均勻、直徑約１釐米的枝條，除去雜枝殘葉後用切條機把枝條切成長約２。５釐米的小段，枝條與刀不要垂直，使切口呈斜長形，以便於插入香菇棒接種。將切好後的枝條曬乾放在編織袋中，扎口貯藏於通風乾燥處，以備制種時使用。應經常檢查是否發生黴變，如發生黴變應及時開袋晾曬。

枝條菌種製作

1、浸泡枝條

把乾枝條倒入池中，乾枝條量約佔池容積的2／3，然後用木板壓蓋枝條，上用重物壓實，加清水至池滿。浸泡約36個小時後檢查枝條是否泡透。用錘子把浸泡後的枝條砸開，看其心中有沒有乾白碴，如有應繼續浸泡，如無說明已泡透。去掉壓覆物後加入少許生石灰攪勻以調節酸鹼度，然後用竹筐將枝條撈出，瀝水裝袋。

2、裝袋滅菌

可選用15釐米×35釐米的專用聚丙烯菌種袋，每個菌袋內裝枝條90－100段。為杜絕感染，在菌袋外再加套一層菌袋。裝滿後把菌袋口縱向摺疊後再折彎，用橡皮筋或塑膠繩扎住，注意不要扎得太死，以免高溫滅菌時袋內空氣膨脹導致袋子被脹破。把菌種袋放到高壓鍋中保持2個氣壓高溫滅菌約2.5小時，出鍋冷卻至常溫等待接種。

接種與發菌培養

接種前將接種箱內清掃乾淨，用氣霧劑滅菌30分鐘後開始接種。接種時應把木屑原種挑成玉米粒大小的塊狀，但不要太碎，這樣可使菌種更易於萌發。接種完畢後把菌種袋移入菌種空架上並排列整齊。春栽菌種在冬季制種，秋栽菌種在盛夏制種。室內溫度應保持在24－27℃，要避免忽冷忽熱，溫差過大會影響菌絲正常生長，造成發菌緩慢。當菌種袋發菌至1／3袋時，要全面檢查是否有雜菌，如有應及時揀出處理掉。發菌45天左右菌絲便可走滿全袋。