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調節腸易激綜合徵腸道菌群的方法目前主要有飲食干預、抗菌藥物、益生菌治療和糞菌移植等。

1． 飲食干預: 飲食結構是影響人腸道菌群結構和功能的決定性因素。長期和短期飲食均會顯著或較小程度地影響腸道微生態構成。腸道菌群可將複雜的食物成分轉化為多種多樣的代謝產物。研究顯示 FODMAPs( 可發酵低聚糖、二糖、單糖和多元醇) 飲食能改變腸易激綜合徵患者的組胺水平和微生物構成及其代謝物組分，與高 FODMAP飲食相比，低 FODMAP 飲食組患者 H2產生略減少，組胺含量顯著降低，放線菌丰度和多樣性增加，高FODMAP 飲食組患者細菌相對丰度明顯降低。

2． 抗菌藥物: 目前對抗菌藥物在腸易激綜合徵治療中的應用尚有爭議，因為應用不當將帶來更多不良反應或導致新的菌群紊亂。利福昔明是目前惟一被美國食品藥品管理局( FDA) 批准用於治療腹瀉型腸易激綜合徵的非吸收性口服抗菌藥物，大多數研究結果支援其對腸易激綜合徵腸道菌群具有一定調節作用。口服利福昔明可增加腸道中的乳桿菌、雙歧桿菌等有益菌數量，減少腸桿菌等機會致病菌數量。

3． 益生菌:目前已知一部分益生菌可在腸道定植，如長雙歧桿菌、多形擬桿菌，可成為腸道菌群的一部分發揮作用，而更多菌種雖可在腸道記憶體活，但無法長期定植，原因可能為固有菌群的競爭性抑制作用，如嬰兒雙歧桿菌、乾酪乳桿菌、動物雙歧桿菌，這些益生菌系透過影響固有腸道菌群發揮作用。有研究發現，腸易激綜合徵患者口服嬰兒雙歧桿菌 8 周後，糞便擬球梭菌、直腸真桿菌丰度較治療前顯著增加。

4．糞菌移植: 糞菌移植是一種重建腸道微生態系統的治療方法，其應用於複發性難辨梭菌感染、炎症性腸病等的研究已取得重要進展。糞菌提取分離技術已日趨成熟，歐美已有一些研究嘗試將其用於治療腸易激綜合徵，結果顯示可達到36% ( 20 /55) 的 治 愈率 和 70% ～ 89% 的 症狀 緩 解率，顯示出較好的臨床應用前景。