涉及林權權屬糾紛，雙方都有權屬證明，不能直接提起民事確權訴訟，應向當地縣級政府申請確權，對確權行為不服可以提起行政訴訟。

問題的關鍵是存根和山林證，哪個在前哪個在後，在後的不能說明合法取得的方式，那麼時間在前的，就是真實有效的，有法律效力的。

當然不排除山林證和存根是同一天，但是這種可能性微乎其微，試想，存根和山林證對不上，同為承包責任制集體中的成員，不可能一方有，一方沒有。

而且當初在承包山林的時候會有很多人經歷，會有相當深刻的記憶，他們的證言也能夠很好的佐證，山林證和存根哪個是真實的。

兩家對責任的承包經營權有糾紛，應當看當時村集經濟組織發包給哪一家，如果先承包的那一家與村集體經濟組織簽訂承包協議書，則這一家對該責任山擁承包經營權，而另一家無權承包該責任山，根據《物權法》相關原理，在同一塊地上不能同時存兩個土地承包經營權，物權具有排他性，並根據承包順序，由此，可以判斷先與村集經濟組織簽訂承包協議的，該農戶對該責任山擁有承包經營權。以上建議僅供參考，如有疑問，請及時聯絡我。

兩家責任山有糾紛，一家有森林證，一家有森林證存根，兩者都是山林權屬證明，不存在哪一方證明力大、小問題。但是，如果森林證、森林證存根有一方與登記部門登記簿登記的權屬不一致，則以登記簿登記的權屬為準。