既然科學及長期以來並未接受水猿假說，而且過去半個世紀中被發現的古人類化石給了水猿假說以沉重的一擊，那麼為什麼人類會具有那麼多近親物種並不存在的特徵呢?其實，用已有的人類進化的理論，同樣可以很好地解釋這一現象。1997年，美國生物學家朗頓(John Langdon)在《人類進化學雜誌》(Journal of Human Evolution)上發文，總結了對這些現象的解釋。　　為什麼人類體表幾乎無毛?　　一般認為，人類在從樹林到草原以後，在捕獵的過程中需要良好的散熱能力，所以逐漸失去了濃密的體毛。事實上，並非所有可以在水裡生活的哺乳動物都會出現體毛稀疏的特徵，往往是那些需要在深海中作長距離游泳的哺乳動物才會脫去體毛，不過這些動物同時也會出現另外一些伴隨的極端特徵，比如四肢退化，身體呈流線型。同時，一些適應了水生環境的動物(比如北極熊)還保留著他們的體毛。　　為什麼人類有皮下脂肪層?　　水猿假說認為，海洋哺乳動物的皮下脂肪是用來保暖的。因為在海里的動物如果有大量的體毛，會增加游泳的阻力，所以就用皮下脂肪代替了體毛。不過，皮下脂肪的產生並非只有保暖一種用途，它也可以用來儲存能量，這些能量既可以被大腦所用，也可以讓人類長距離的遷移和奔跑。而且，因為皮下脂肪可以讓血管透過，所以人體可以透過調節血流量的方式來保暖或者散熱，而體毛中不可能存在血管，也就不具有這麼靈活的體溫調節方式，這也是皮下脂肪比體毛佔優勢的地方之一。　　為什麼人類會控制呼吸?　　人類的呼吸是自主的，這是雙足行走的結果。僅僅利用下肢行走可以解放軀幹上部的肌肉，用來控制呼吸。控制呼吸有選擇上的優勢，因為這為語言發音的產生提供了必要的條件。　　結論： 水猿假說是一個科學家提出的關於人類進化的假說，但是卻沒有按照學術界承認的方法發表正式的論文，接受檢驗。它從一開始起就只是在面向公眾傳播。因為水猿假說存在的內在矛盾，缺乏足夠的證據支撐，而且還和很多已有的科學證據矛盾，這一假說一直不被科學界認可。