水溶肥在提高肥料利用率、節約農業用水、減少生態環境汙染、改善作物品質以及減少勞動力等方面具有明顯優勢。

施肥前要採取二次稀釋水溶肥比一般複合肥養分含量高，用量相對較少，直接衝施極易造成燒苗傷根、苗小苗弱等現象，二次稀釋不僅利於肥料施用均勻，還可以提高肥料利用率。

少量多次施用由於水溶肥速效性強，難以在土壤中長期存留，少量多次是最重要的施肥原則，符合植物根系不間斷吸收養分的特點，減少一次性大量施肥造成的淋溶損失。一般每次每畝用量在3～6千克。

由於作物根系生長密集、量大，對土壤的養分供應依賴性減小，更多依賴於透過滴灌提供的養分。如果水溶肥配方不平衡，會影響作物生長。另外，水溶肥儘量不要隨大水漫灌或流水灌溉等傳統灌溉方法施用，以避免肥料浪費和施用不均。

水溶肥是不能替代其他常規肥料的。要做到基肥與追肥相結合、有機肥與無機肥相結合、水溶肥與常規肥相結合，以便降低成本，發揮各種肥料的優勢

儘量單用，蔬菜出現缺素症或根系生長不良時，不少農民多采用噴施水溶肥的方法加以緩解。在此提醒，水溶肥要儘量單獨施用或與非鹼性的農藥混用，以免金屬離子起反應產生沉澱，造成葉片肥害或藥害。

以施肥為主要目的灌溉時，達到根層深度溼潤即可。不同的作物根層深度差異很大，可以用鏟隨時挖開土壤瞭解根層的具體深度。過量灌溉不僅浪費水，還會使養分淋失到根層以下，作物不能吸收，浪費肥料。特別是水溶肥中的尿素、硝態氮肥(如硝酸鉀、硝酸銨鈣、硝基磷肥及含有硝態氮的水溶性肥)極易隨水流失。

大棚或溫室長期採用滴灌施肥，會造成地表鹽分累積，影響根系生長。可採用膜下滴灌抑制鹽分向表層遷移。

水溶肥一般都是有衝施，要不就是滴管。先用水溶肥放在一個桶裡溶解，然後再倒在比例好的水池裡，然後再澆，這樣有利於果樹的吸收。