萬曆年間大臣們控制皇帝？我不知道這一說法從何而來，萬曆皇帝由於國本之爭與朝臣們對抗了幾十年，並且將整個大明的財政牢牢掌握在了自己的手中，雖然人不上朝，但對於整個朝局卻是心知肚明。只不過萬曆皇帝以這種消極怠工的方式與朝臣對抗，對於大明王朝產生了嚴重的影響，以致於清朝修的《明史》中認為，明朝實亡於萬曆。

萬曆皇帝是明朝皇帝中少有的聰明人。萬曆很早就已經看透了大明王朝這套臃腫的行政機制。萬曆皇帝甚至看透了這幫自太祖以來靠座主門生構成的官僚機構。在黃仁宇先生的《萬曆十五年》一書裡就提到，萬曆感覺到了一股洶湧的暗流正向他襲來。而這正是由於明成祖之後，大明王朝的文官體系形成的弊病。

萬曆皇帝很想對這一文官體系進行一番改革，甚至基於對他老師張居正的仇恨，萬曆甚至查抄了張居正的家，餓死了張居正的子孫們。但是，萬曆皇帝最終發現，即使自己減除了張居正的影響，繼任的張四維、申時行等人也同樣來自於套體制，也同樣在他的眼皮子底下幹著跟張居正此前一樣的事情。

萬曆十四年（1586年）九月，萬曆帝因病連日免朝，給內閣的解釋是“頭暈眼黑，力乏不興”，服藥之後依然“身體虛弱，頭暈未止”，不但無法上朝，祭祀太廟也無法親自前往。 萬曆十四年後，萬曆帝就開始連續不上朝。

萬曆皇帝從此開始了他與朝臣之間長達數十年的抗爭。但是，萬曆很明白朝廷需要什麼，自己需要什麼，因此，萬曆帝派出礦監和稅監搜刮民間財產。萬曆給自己攢下了幾千萬兩銀子的皇銀內帑，並且透過控制財政的手段來控制朝政。

同樣，萬曆皇帝透過對財政的控制，先後取得了援助北韓王朝抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏哱拜之亂、平定貴州楊應龍之亂的“萬曆三大徵”的勝利。也因此，萬曆皇帝認為自己是繼太祖成祖之後，有著赫赫武功的皇帝，並且認為自己的這套消極辦法也能行之有效。

同時，為了達到他對於官僚的改革，萬曆竟然對官員開缺之後不進行不缺。到萬曆三十年（1602年），南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。

於是，皇帝委頓於上，百官黨爭於下，遭成的結果是政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。萬曆以自己聰明加財政把控能力，還能使明朝勉強運轉，但是到了他的子孫手裡，由萬曆消極怠政而產生的嚴重後果凸顯，最終導致明朝滅亡。

說萬曆年間的大臣都在控制皇帝是不確切的。能控制皇帝的頂多一個張居正，其他的大臣完全控制不了皇帝，張的繼任者申其時甚至是個完全順從皇帝的老好人，因為皇帝身邊還有太后，有司禮監。與其說萬曆皇帝受了控制，不如說皇權受到了限制，這就是明朝特有的皇權與相權相衡制度。

明朝設宰相，內閣大學士是名副其實的首輔。宰相的職責是“燮理陰陽，作育人才”，平時協調皇帝與內閣的關係，有官員出缺，宰相有提名權，報告皇帝批准後任命。

明朝到萬曆年間，文官體系已經初步形成了。那時候文官們都是科舉出身，不需要皇帝過多幹涉，也能按部就班升遷。大臣們學的是程朱理學，不像現在這樣普遍犬儒，甚至特別講風骨，尤其推崇文死諫武死戰，看皇帝有什麼不順眼的地方就上摺子批評皇帝。如果不幸惹怒了皇帝被殺，他們會覺得是一個千古流芳的機會。後來發展到極致就是一群倔強倨傲的東林黨人。

萬曆年間一個標誌性事件是立太子。簡單地說就是皇帝想立自己喜歡的小兒子，而大臣們覺得皇帝如果朝令夕改會動搖國本。大臣們的訴求其實很簡單，太子立長立嫡就不用猜來猜去去站隊，任由皇帝隨心所欲，新皇帝登基了朝局就會推倒重來。

於是大臣們集體抗爭，寧肯挨板子也絕不妥協。皇帝可以殺雞儆猴，但不能把所有大臣都殺掉，於是只好妥協，維持原來立的太子。

但皇帝很鬱悶，只好採取消極怠工的方式，不任命官員，也不上朝，用特務方式統治國家。

明朝大臣都在控制皇帝，你這話就好像說老朱和朱老四是傀儡一樣搞笑。縱觀整個明史也沒有出現一次皇帝被控制的事情，不知道題主這個結論從哪兒來的。有明一朝，不說老朱和朱老四兩狠角色。從內閣制開始，相權和宦權就在皇權的注視和參與下達到一種微妙的平衡。你以為秉筆和掌印兩個大太監都是吃素的麼？還控制皇帝，張居正能那麼風光完全是萬曆太小沒辦法管理國事，這是輔政不是架空皇帝。