江楓和移花宮的花月奴私奔，在路上誕生一對雙胞胎，單戀江楓的邀月宮主殺了二人，搶走一個嬰兒花無缺（謝霆鋒 飾）。燕南天抱著另一個孩子小魚兒（張衛健 飾）逃至惡魔島。十八年後，在移花宮長大的花無缺，對兩位宮主唯令是從；而在惡魔島十大惡人庇護下成人的小魚兒精靈機智。

　　武林盟主鐵如雲突然失蹤，江別鶴（王伯昭 飾）在黃山召開盟主選舉大會。小魚兒為了身世之謎出島；花無缺奉師命清理武林門派；鐵如雲之女鐵心蘭（范冰冰 飾）追蹤父親也來到黃山，三人不期而遇。心蘭與花無缺一見鍾情。而小魚兒為救心蘭，獨身混入慕容府偷取“火靈芝”，邂逅了慕容愛女小仙女（柏雪 飾） 。東廠頭目劉喜害死鐵如雲，栽贓於慕容並擄走小仙女，利用其靈氣，修煉“吸功大法”。面對小仙女的慘死，小魚兒悲痛欲絕，誤闖毒王群英會，性命難保。鬼醫之女蘇櫻（袁泉 飾）挺身救出小魚兒，並以身相許……

　　當了皇妃的江玉燕（楊雪 飾）無法忘情無缺，因愛生恨、嫉妒心起與父親合謀，剷除所有異已，殺掉燕南天與心蘭，轉嫁於無缺和小魚兒。花無缺與小魚兒兩兄弟從此茫茫江湖，生死相搏……

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小魚兒和花無缺本是雙生兄弟，父親江楓和移花宮的婢女花月奴私奔。就在花月奴產子時，因書童江別鶴的出賣，單戀江楓的邀月宮找到他們，將二人殺害。邀月養大其中一個嬰兒花無缺，另一嬰兒小魚兒交江楓好友燕南天撫養，待十八年後，煽動兩兄弟互相殘殺，作為報復。燕南天抱著小魚兒被仇家追殺，去到惡魔島，便昏迷了。小魚兒被島上十大惡人撫養成人。

十八年後，花無缺在移花宮長大，學得一身好功夫，俊朗不凡，但對兩位宮主唯命是從。相反，小魚兒在惡魔島長大，從十大惡人身上學到各式各樣的整人技倆。島上的鬼醫常百草則專心醫治燕南天，但醫了十八年也未能把他治癒。

武林盟主鐵如雲突然失蹤，江別鶴在黃山召開武林大會，選新盟主。小魚兒初闖江湖，上黃山查探自己的身世；花無缺則代兩位師傅上黃山教訓各大門派；鐵如雲的女兒鐵心蘭亦赴黃山找父親的下落。三人在黃山認識，成了好友，小魚兒與鐵心蘭更結義為兄妹，無缺和心蘭則一見鍾情，互生情愫，奈何無缺早被邀月植入「斷愛絕情丹」於體內，一動情便劇痛難當。

當了皇妃的江玉燕（江別鶴私生女），仍無法忘情無缺，因愛生恨、嫉妒心起與父親合謀，剷除所有異己，殺掉燕南天與心蘭，最終死在花無缺手下。死前恍然醒悟。小魚兒變成活死人，最後奇蹟出現，小魚兒醒了過來，兩兄弟終於相逢 。