蒙古當時已經不再強大了，四分五裂，各自為戰，實力大減，明朝大將李成梁幾次討伐將他們打的落花流水，而建州女真八旗統一女真各部後，實力倍增，軟硬兼施，迫使蒙古結盟自然不在話下。 清朝建立以後，更是擁有了他們以前無法想象的巨大人力物力，而作為盟友的蒙古各部仍然是各自為戰，所以雖有反抗，也成不了氣候。 一、清朝初年，蒙古仍然處於各部分裂狀態二、畜牧業為蒙古主要的經濟來源，而以葛爾丹為代表的草場爭奪極大地削弱了蒙古牧民的戰鬥力三、葛爾丹的草場爭奪排擠了大量小部落，而這些小部落就投靠了清政府，使清政府更加細緻地瞭解蒙古內部的利害關係，並各個擊破

在許多人的認知中，清朝最大的的功勞之一，就是徹底解決了北方草原遊牧民族對中原地區的侵擾，始終牢牢的控制著廣闊的蒙古地區。但是，雖然事實的確如此，但是，素來桀驁不馴的蒙古絕不是不戰而降的小白兔。

事實上，從清朝的前身後金開始，清朝始終就沒有停止與蒙古的戰爭。清朝與蒙古諸部的戰爭，從努爾哈赤崛起之時一直到乾隆年間徹底覆滅準噶爾汗國，足足歷經了上百年的時間。

自努爾哈赤統一女真諸部，在白山黑水之間崛起之後，努爾哈赤所建立的後金政權就成為東北地區最具實力的政權。同時，野心勃勃的努爾哈赤及其繼任者一直試圖南下進攻龐大臃腫、反應遲鈍卻又富庶無比的明朝，以壯大自己。但與此同時，位於後金西部、近在咫尺的蒙古諸部，成為後金最大的威脅。

努爾哈赤所建立的八旗之所以能一次次擊敗明軍，除了明朝軍隊的腐敗墮落之外，也得益於八旗的根本——騎射。也就是說，八旗利用戰馬的機動優勢和弓箭的遠端攻擊能力，一次次挫敗了明朝軍隊，並多次入關劫掠。

明末清初中國形勢：明、清、蒙古諸部

但是，八旗的這些優勢相比蒙古而言，不但不再是優勢，甚至還要居於劣勢。因為，漁獵起家的女真人，在騎射方面，先天就差於在馬背上長大的遊牧民族，相比能在馬背上騎射的蒙古騎兵，八旗更像一支騎在馬背上的步兵。

而人口只有幾十萬，早已全民皆兵的八旗，也不具備同時面對明朝和蒙古的實力。因此，努爾哈赤一直對於近代咫尺的蒙古部落極為重視，並想盡辦法消除蒙古的巨大威脅。後金不斷的同蒙古部族聯姻，在將女兒不斷嫁給蒙古貴族的同時，他們也迎娶了大量蒙古妃子。清初著名的孝莊太后，就是在這種情況下嫁給的皇太極。

當然，信奉拳頭大才是真理的蒙古部落，也不可能都甘心聽命於後金，而對於這些蒙古部落，後金則採取了武力征討的方式。例如，對於掌握察哈爾部的黃金家族嫡系後裔、蒙古最後一名大汗林丹汗，皇太極就曾多次糾集投靠後金的蒙古諸部共同進攻，並將林丹汗打得節節敗退。最終，林丹汗病逝西逃的路上，林丹汗的兒子在投降後金後，將元朝的傳國玉璽獻給了皇太極。也從這時開始，蒙古黃金家族嫡系停止了傳承。

在擊敗林丹汗之後，後金政權基本上掌握了人口最多、也最為富庶的漠南蒙古。也正是有了漠南蒙古部落的支援，沒有了後顧之憂，同時又獲得了大量蒙古騎兵的補充之後，八旗最終有了入關佔領天下的實力。

當然，此時的蒙古諸部不僅僅只有漠南蒙古一支，同時位於漠北的喀爾喀蒙古，佔據西域的衛拉特蒙古四部，都不在清朝的統治之下。雖然皇太極之時，喀爾喀蒙古三部曾對皇太極獻了九白之貢，但喀爾喀蒙古並沒有完全臣服清朝，此時尚未入關的清朝，也不具備統治喀爾喀蒙古的實力。

公元1644年，在漢奸吳三桂的帶領之下，八旗入關，擊敗了已亂成一鍋粥的關內諸方勢力，奇蹟般的統一了天下。歷經數十年殲滅各方反抗勢力之後，尤其在剿滅三藩之亂後，終於一統中原的康熙皇帝突然發現，位於西域的衛拉特蒙古準噶爾部在葛爾丹的率領下開始崛起，並基本統一了維拉特蒙古四部，建立了準噶爾汗國。

清朝與準噶爾汗國

同時，野心勃勃的葛爾丹將目標指向了喀爾喀蒙古等其他蒙古部族，意影象成吉思汗一樣，一統整個蒙古。這顯然與以中華自居、要建立大一統王朝的清朝，產生了不可調和的矛盾。而且，如果放任葛爾丹統一整個蒙古，這個統一後的蒙古也將成為清朝西方和北方最大的威脅。

因此，無論作為中央王朝的繼任者，還是現實利益的考量，清朝都不可能放任準噶爾汗國的存在。雙方的戰爭也由此爆發，從康熙年間開始，這場戰爭打了整整68年之久，歷經了康熙、雍正、乾隆這三個清朝中前期最優秀的皇帝，才最終在乾隆年間徹底將準噶爾汗國覆滅。

在準噶爾汗國覆滅之後，尤其在衛拉特蒙古土爾扈特部東歸之後，絕大多數的蒙古傳統疆域和蒙古部族都處於清朝的統治之下，蒙古與清朝的戰爭才徹底結束。

導讀：蒙古臣服滿清是一個長期的過程，從蒙古科爾沁部與努爾哈赤結盟開始到乾隆徹底平定西北準噶爾部結束長達一百多年。當後金崛起時蒙古早已式微，即使黃金家族的末代大汗林丹汗也僅僅統轄察哈爾部。此時黃金家族早就沒有當時在蒙古草原的號召力，雖然林丹汗也曾經嘗試做出過努力。但是被皇太極擊敗遠遁青海後感染天花去世，兒子額哲投降後金。漠南蒙古併入後金版圖。接下來漠北蒙古本就與後金親近，而漠西蒙古四部基本保持著名義上的朝貢。經過從康熙到乾隆長達70餘年的征戰，漠北和漠西蒙古最終併入大清王朝。蒙古各部歷史衍變簡介

蒙元自從退出中原後大致經歷了以下幾個階段：1、北元正統時期；2、韃靼時期；3、瓦剌帝國時期；4、蒙古各部各自為政時期。其實到北元在藍玉捕魚兒海一戰俘虜北元宗室、繳獲元庭印信時黃金家族就威望盡失。到1402年鬼力赤擊殺末代大汗（統一蒙古大汗）去國號改為韃靼時，蒙古草原已經是誰的拳頭大誰做主的時代了。尤其是瓦剌太師也先擊殺韃靼阿魯臺，進而在土木堡俘虜明英宗朱祁鎮瓦剌達到頂峰。也先時候瓦剌帝國分裂，草原恢復到各自為政的階段。雖然中間經過達延汗、俺答汗等一度的中興，但是作為統一蒙古各部的大汗時代已經一去不返了。

林丹汗就是漠南蒙古的最後一任大汗，他也試圖再次嘗試統一蒙古各部。對內他統一了右翼蒙古，對外聯明抗金。但是科爾沁等部已經臣服後金，所以林丹汗作為右翼蒙古之主已經直接和後金接壤沒有任何緩衝空間。1632年皇太極大舉進攻林丹汗，林丹汗戰敗遠遁青海。漠南蒙古從此納入大清版圖。

滿清征服蒙古並不是貪圖土地和草原，而是透過聯姻和戰爭的方式把蒙古綁在大清王朝的戰車上共同對付大明王朝。對於人口基數非常匱乏的滿人來說是個硬傷，巔峰時期滿八旗也沒超過十萬。所以征服蒙古進而建立蒙八旗，通過蒙八旗和滿八旗的嫻熟的騎射來壓制明朝就成為大清的國策。

在漠南蒙古大汗林丹汗病逝後其子哲哲投降，漠南蒙古被大清分為16部49旗後納入清政府的直接控制之下。所以大清對蒙古是兩手政策：一是透過聯姻方式鞏固滿蒙聯盟，讓其他蒙古各部看到大清的親善；二是針對不臣服的部落進行堅決的武力征服。下面我們來說說漠北喀爾喀蒙古和漠西衛拉特蒙古的臣服過程：

喀爾喀蒙古土謝圖汗、札薩克圖汗、車臣汗在滿清入關以前就表達了杜宇後金的臣服，在順治康熙年間這種友好得到了進一步的鞏固。透過多倫會盟喀爾喀三位大汗都受到大清的冊封，三汗也定期朝貢。這種情況一直持續到摩西準噶爾部和沙俄對喀爾喀部的入侵。在大清擊敗葛爾丹對喀爾喀入侵後與漠北蒙古各部大汗多倫會盟，在取消蒙古大汗封號賞賜大清官職並把漠北蒙古劃分為39個旗。從此漠北喀爾喀部併入大清王朝。

而漠西的衛拉特（其實就是明朝時期的瓦剌）四部早在順治三年表示了名義上的臣服。漠西固始汗與衛拉特各部首領二十二人聯名奉表貢，清廷賜以甲冑弓矢並命其統轄諸部。雖然名義上確定了主權關係，但是衛拉特四部還是按照自己內部的劃分統治著自己的故地。也就是說此時的清政府僅僅保持著名義上對西部疆土的統治權，情況如下圖所示：大清王朝直轄的只有東部東北祖地以及大明兩京十三省，西部依舊是羈縻統治政策。這種鬆散的統治激發了噶爾丹的野心，逐漸打算統一蒙古各部恢復蒙元版圖。

在統一漠西各部後趁著喀爾喀內亂入侵喀爾喀部，此時大清平定三藩叛亂沒有多久急需休養生息。所以內亂的喀爾喀部迅速被葛爾丹各個擊破，統一蒙古喀爾喀部的葛爾丹兵鋒直指大清都城。康熙不得不先後兩次親征葛爾丹，把準噶爾趕出喀爾喀部。

經過康熙、雍正、乾隆長達七十年的反覆征剿，大清王朝終於武力掃平西北叛亂把漠西蒙古納入中原王朝版圖。如果從科爾沁蒙古語努爾哈赤會盟開始，到最後徹底平定漠西蒙古時間跨度長達一百多年。

在明朝建立初期，北方的蒙古一直都作為明朝朝的心腹大患，明成祖朱棣更是發動了5次北伐戰爭，雖然鞏固了明朝的統治，但是沒有從根本上消除蒙古對北方邊境的威脅。後來在土木堡之變後，大量的明軍精銳和武將勳貴都全軍覆沒，明朝的軍事實力大大降低，開始喪失對蒙古各部落的壓制力。而明朝政府為了改變這種對自己不利的嚴峻形勢，在明朝隆慶5年，與漠南蒙古右翼達成了“隆慶和議”，雙方開始了正常的政治交往和經濟貿易，使得明朝的西北邊境得到了較長時間的安寧。與此同時還有一部分蒙古左翼，開始了對明朝東北遼東邊境的長時間侵擾。

（努爾哈赤）

直到明朝萬曆年間，努爾哈赤起於微末之間，以父親死後遺留的十三副甲冑起兵，征服了女真各部建立了後金政權，繼而統一了東北全境。結束了東北地區長時間的互相征伐的局面。並且在對蒙古的外交政策上，並不是採用原來遊牧民族常用的武力征服，而是採用和蒙古聯姻，宣傳滿蒙是一家的外交策略。而這種外交策略爭取到了與蒙古各部落的良好關係，讓後金不用同時面對明朝和蒙古兩個敵人。

（林丹汗）

後來直到對明朝的薩爾滸之戰勝利後，努爾哈赤完全掃除了明朝在遼東地區的勢力，鞏固了在遼寧的統治後，開始將注意力轉向了蒙古察哈爾部。首先對察哈爾的外圍內喀爾喀、科爾沁等部採用了離間、拉攏、威脅等手段，來孤立和削弱林丹汗的勢力。而他的這種舉動確實加重了林丹汗對蒙古各部的疑心，開始對他懷疑的部落採取措施，而這也加速了蒙古內部的分化。於是開始有一些部落歸順了努爾哈赤，而努爾哈赤為了支援這種行為，在軍事上也給了林丹汗的很多壓力，導致林丹汗未能有效地組織各部與後金正面作戰，這給了後金一步步蠶食蒙古外圍各部的機會。

（皇太極）

後來直到努爾哈赤去世，皇太極即位，開始加快了征服各蒙古各部的步伐。策反了一部分部落，三徵蒙古最強大的察哈爾部落，打得林丹汗率十萬之眾西逃，經過呼和浩特渡過黃河，到達鄂爾多斯。直到後來林丹汗病逝，蒙古再也沒有實力抵禦後金的侵蝕，至此漠南蒙古全部被征服，承認皇太極為可汗，並奉上“博格達·徹辰汗”的尊號。

被一點點的吞併了，先打敗林丹汗佔領科爾心草原，準格爾吞併草原後，擊敗準格爾，吞併碦爾碦，最後消滅準格爾完全統一草原。

蒙古臣服清朝是有一個過程的。

1.北元帝國。朱元璋建立明朝，蒙元帝國並沒有消失，歷史上稱為北元。明朝和北元也被稱作第三次南北朝。這個時候的北元帝國有三個部落：喀爾喀蒙古，科爾沁蒙古和厄魯特蒙古。其中喀爾喀蒙古有蒙古大汗印，科爾沁蒙古距離滿清近，厄魯特蒙古就是瓦剌蒙古，曾經發生過土木堡之變。它的勢力相當強大。這仨蒙古都有一個特點，都要恢復大元帝國。從這一點說，當時的蒙古有點和中原明朝掙天下正統的感覺。

2.隆慶和議。喀爾喀蒙古自詡北元正統，透過一系列活動，與明朝形成隆慶和議，建立呼和浩特城，勢力突然增強。

3.滿蒙一家。皇太極當政，宣佈滿蒙一家。皇太極政策立刻得到科爾沁蒙古的贊成。順治的媽大玉兒就是這個時候嫁給皇太極的。

4.滿蒙掙正統。皇太極滿蒙一家的政策，讓喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古都不相信。其中喀爾喀蒙古因為挨著科爾沁蒙古，清軍可以染指。喀爾喀蒙古雖然有明朝援軍袁崇煥，但是被皇太極化解。皇太極一入中原，發起北京保衛戰，主要對付就是害袁崇煥，主要目的可能不是殺死袁崇煥，而是對付喀爾喀蒙古領袖林丹汗。所以當皇太極一入中原之後，趁著袁崇煥不在，派出多爾袞率領八旗主力追擊林丹汗時。明朝沒有援軍——袁崇煥因為北京保衛戰抵抗不利，害的大同總兵滿桂死去，而被崇禎下了大獄。此時，接任滿桂職務的曹文詔還沒上任。所以喀爾喀蒙古的首領林丹汗從蒙古草原跑到鄂爾多斯，一名援軍都沒有。多爾袞取得蒙古大汗印，燒了呼和浩特城，獻林丹汗妻子給皇太極。自此清朝正式有蒙古大汗印，法統上是正統，和大明爭正統。

在林丹汗死前。厄魯特蒙古的首領巴圖爾暉臺吉就在抵抗俄羅斯，在林丹汗死後，多爾袞又率兵抵抗俄羅斯。那麼有可能，林丹汗死前，俄羅斯入侵，林丹汗在組織抵抗俄羅斯的時候，被清軍偷襲背後。

喀爾喀蒙古輸的很不爽，此時皇太極二入中原，原想失去滿桂的大同一觸即潰，不想大同總兵曹文詔大帥橫空出世，將皇太極擊退。喀爾喀蒙古聚集在大同以北的地區，漢語名義叫做集寧，而蒙古族叫做烏蘭察布，商議怎麼辦。

5.烏蘭察布會盟。這個時候，厄魯特蒙古首領巴圖爾琿臺吉突然出現，帶來了厄魯特蒙古龐大軍力，包括伏爾加河畔的土爾扈特人。厄魯特蒙古和喀爾喀蒙古簽訂<蒙古-衛拉特法典>，形成厄魯特蒙古和喀爾喀蒙古聯合的形式，入主中原的氣勢明顯。但是因為大同明軍在，明軍又主張隆慶和議，所以這次會盟很多是針對大清。

6.明軍連續戰敗和皇太極五入中原。烏蘭察布會盟讓喀爾喀蒙古人和厄魯特蒙古能獲得源源不斷的物資，當時崇禎有命令，邊區可以自己籌軍資，所以山西大量的優秀物資源源不斷進入蒙古，包括鹽，茶葉，璐稠等，蒙古則提供毛皮和馬匹。（晉商通敵的所謂理由就是這個階段，我個人並不認為這些晉商具有賣國的能力，他們乾的事情並沒有大義問題）這讓科爾沁蒙古十分不滿，於是皇太極五入中原，科爾沁蒙古賺的盆滿缽滿。

7.皇太極和崇禎去世，順治即位。多爾袞入關，大清定都北京。此時滿蒙一家的好處體現了，大玉兒以皇太后身份在大清國頤指氣使，科爾沁蒙古以國舅爺身份在清國走動，蒙古人都羨慕科爾沁蒙古，因為清軍很快佔領北京南京，宣佈大清建立。

8.多爾袞新政。多爾袞新政就是臭名昭著的剃髮易服圈地，其實還有噁心的政策——大清國只有滿族人和科爾沁蒙古可以買賣馬匹，這下子蒙古人和大同總兵姜瓖都不滿。此時大玉兒的勢力頻繁出現在國內，包括陝西賀珍，江西金聲桓和廣東李成棟身邊，都有目的不明女子活動，目的就是害原明朝官員。整個清廷對明人極為不善！

9.騰吉思之亂。騰吉思部是在清軍入關的時候，從喀爾喀蒙古投靠科爾沁蒙古。不想多爾袞新政，騰吉思部無法買賣馬匹，於是騰吉思部憤而回歸喀爾喀蒙古。

科爾沁蒙古發現自然要報告大清，大清自然要派兵鎮壓，但是當時清軍主力在南方，其中豪格率領大約三萬在四川，多鐸率領三萬在江南。於是多爾袞下令，多鐸回到北方，率領北京城不多的一兩萬人出戰追擊騰吉思，卻遇到了喀爾喀蒙古十五萬大軍！

這個計策十分詭異，怎麼看都和大同總兵姜瓖脫不了關係，因為姜瓖一年內也反正了。

清軍2萬，喀爾喀蒙古15萬，誰能贏？

有句古話，女真不滿萬，滿萬無敵於天下。此戰證明了。多鐸以兩萬大破喀爾喀蒙古十五萬大軍！當然有五萬臨陣跑了。

在場的科爾沁蒙古人和喀爾喀蒙古人都驚訝了，無人不服清軍戰力！

雖然結果是多鐸長睡不醒，漢語書籍寫的是天花，我個人覺得是力竭而死。2萬對15萬取勝，這戰績怎麼說也是傲人的。這個歷史中文史籍不詳，主要是蒙古書籍。

10.姜瓖之亂。姜瓖之亂本質是反清復明的一部分，但也是影響蒙古的一戰。

姜瓖和清軍多爾袞對戰時期，喀爾喀蒙古也發生了一件大事：哲布尊丹巴呼圖克圖來到草原。

哲布尊丹巴呼圖克圖和西藏的班禪喇嘛等兩位以及章嘉活佛，是藏傳佛教四大活佛，地位崇高。蒙古人都信佛，而哲布尊丹巴呼圖克圖是喀爾喀蒙古的土謝圖汗兒子，那個在一年前脫離戰場的喀爾喀蒙古人的兒子。此時，這支5萬蒙古士兵戰力發揮巨大作用，在當時起到一錘定音作用。

因為喀爾喀蒙古傳來訊息，清廷順治尊藏傳佛教為國教。在清一代，活佛地位相當於皇后，活佛進城，皇帝儀軌去迎接。皇帝接見四大活佛時，活佛坐在皇帝下首，諸王大臣跪著。

這個地位太高了，再加上土謝圖汗的兵力，喀爾喀蒙古不得不從。

喀爾喀蒙古原本不服，原本他們是大元正統，現在連續被清軍打敗，聯合軍明軍和厄魯特蒙古也不支援，也有點坐山觀虎鬥的樣子，反正順治的國教地位也不差。

11.力挽狂瀾的順治。順治是有清一代最偉大帝王。此時，以藏傳佛教為國教政策穩住了喀爾喀蒙古，以滿漢全席安撫了喀爾喀蒙古，又以和親穩住了厄魯特蒙古。

前面說了喀爾喀蒙古，這裡說一下滿漢全席，滿漢全席是指有清一代開發出來的中國最豪華禮餐，是中華驕傲。需要注意的是，蒙古大元時期有黃金宴可以相提並論。

雖然多爾袞在世，而且多爾袞參加了順治接待喀爾喀蒙古請願人員。說到底，清朝因為尊重滿蒙一家，就不會徹底懲罰蒙古人，裝樣子也要裝出來。順治以滿漢全席安撫喀爾喀蒙古人，而且滿漢全席能續上大元蒙古黃金宴，蒙古人心服口服。在宴席上，順治提出了六白宴的稱呼，並且說要做九白宴，就是蒙古三部每年每部僅供三匹白牲就可以，喀爾喀蒙古人很高興。

還有厄魯特蒙古，順治用和親安撫了。

本來姜瓖之亂，等的最大勢力援軍就是厄魯特蒙古，但是巴圖爾暉臺吉收到順治的和親詔書，猶豫了。清朝軍力強盛，而且順治願意皇族娶厄魯特蒙古女兒，巴圖爾暉臺吉很快就是皇帝姥爺，厄魯特蒙古和科爾沁蒙古一樣，地位崇高。所以厄魯特蒙古答應了順治和親請求，以不出兵的代價，派出一個女子。

所以順治時期是清軍最強大時期，不但佔據漢人土地，而且厄魯特蒙古帶著大量土地尊奉正統，土地遠比康熙大。

12.噶爾丹叛亂。噶爾丹是巴圖爾暉臺吉的兒子，因為他的獨立，土爾扈特人才失去了和祖國的聯絡。要知道順治時期，厄魯特蒙古是臣服清朝的，人家是親家。噶爾丹經過了康雍乾三朝才平定。

13.土爾扈特人東歸。土爾扈特人的慘劇是因為噶爾丹的造反，導致和祖國的分裂。乾隆皇帝非常重視土爾扈特人東歸，以最肥美的草原賜予土爾扈特人。此時噶爾丹叛亂已經結束，土爾扈特人東歸表示最後的蒙古人歸附大清。（12和13部分，別人比我寫的多，想知道細節可以看其他人的）

自此蒙古基本臣服清朝。

綜上所述，蒙古臣服大清的順序是科爾沁蒙古，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古。關鍵政策是滿蒙一家，滿漢全席和藏傳佛教為國教。這個過程長達百年。

自努爾哈赤統一女真諸部，在白山黑水之間崛起之後，努爾哈赤所建立的後金政權就成為東北地區最具實力的政權。同時，野心勃勃的努爾哈赤及其繼任者一直試圖南下進攻龐大臃腫、反應遲鈍卻又富庶無比的明朝，以壯大自己。但與此同時，位於後金西部、近在咫尺的蒙古諸部，成為後金最大的威脅。

努爾哈赤所建立的八旗之所以能一次次擊敗明軍，除了明朝軍隊的腐敗墮落之外，也得益於八旗的根本——騎射。也就是說，八旗利用戰馬的機動優勢和弓箭的遠端攻擊能力，一次次挫敗了明朝軍隊，並多次入關劫掠。

明末清初中國形勢：明、清、蒙古諸部

但是，八旗的這些優勢相比蒙古而言，不但不再是優勢，甚至還要居於劣勢。因為，漁獵起家的女真人，在騎射方面，先天就差於在馬背上長大的遊牧民族，相比能在馬背上騎射的蒙古騎兵，八旗更像一支騎在馬背上的步兵。

而人口只有幾十萬，早已全民皆兵的八旗，也不具備同時面對明朝和蒙古的實力。因此，努爾哈赤一直對於近代咫尺的蒙古部落極為重視，並想盡辦法消除蒙古的巨大威脅。後金不斷的同蒙古部族聯姻，在將女兒不斷嫁給蒙古貴族的同時，他們也迎娶了大量蒙古妃子。清初著名的孝莊太后，就是在這種情況下嫁給的皇太極。

當然，信奉拳頭大才是真理的蒙古部落，也不可能都甘心聽命於後金，而對於這些蒙古部落，後金則採取了武力征討的方式。例如，對於掌握察哈爾部的黃金家族嫡系後裔、蒙古最後一名大汗林丹汗，皇太極就曾多次糾集投靠後金的蒙古諸部共同進攻，並將林丹汗打得節節敗退。最終，林丹汗病逝西逃的路上，林丹汗的兒子在投降後金後，將元朝的傳國玉璽獻給了皇太極。也從這時開始，蒙古黃金家族嫡系停止了傳承。

在擊敗林丹汗之後，後金政權基本上掌握了人口最多、也最為富庶的漠南蒙古。也正是有了漠南蒙古部落的支援，沒有了後顧之憂，同時又獲得了大量蒙古騎兵的補充之後，八旗最終有了入關佔領天下的實力。

當然，此時的蒙古諸部不僅僅只有漠南蒙古一支，同時位於漠北的喀爾喀蒙古，佔據西域的衛拉特蒙古四部，都不在清朝的統治之下。雖然皇太極之時，喀爾喀蒙古三部曾對皇太極獻了九白之貢，但喀爾喀蒙古並沒有完全臣服清朝，此時尚未入關的清朝，也不具備統治喀爾喀蒙古的實力。

公元1644年，在漢奸吳三桂的帶領之下，八旗入關，擊敗了已亂成一鍋粥的關內諸方勢力，奇蹟般的統一了天下。歷經數十年殲滅各方反抗勢力之後，尤其在剿滅三藩之亂後，終於一統中原的康熙皇帝突然發現，位於西域的衛拉特蒙古準噶爾部在葛爾丹的率領下開始崛起，並基本統一了維拉特蒙古四部，建立了準噶爾汗國。

清朝與準噶爾汗國

同時，野心勃勃的葛爾丹將目標指向了喀爾喀蒙古等其他蒙古部族，意影象成吉思汗一樣，一統整個蒙古。這顯然與以中華自居、要建立大一統王朝的清朝，產生了不可調和的矛盾。而且，如果放任葛爾丹統一整個蒙古，這個統一後的蒙古也將成為清朝西方和北方最大的威脅。

因此，無論作為中央王朝的繼任者，還是現實利益的考量，清朝都不可能放任準噶爾汗國的存在。雙方的戰爭也由此爆發，從康熙年間開始，這場戰爭打了整整68年之久，歷經了康熙、雍正、乾隆這三個清朝中前期最優秀的皇帝，才最終在乾隆年間徹底將準噶爾汗國覆滅。

在準噶爾汗國覆滅之後，尤其在衛拉特蒙古土爾扈特部東歸之後，絕大多數的蒙古傳統疆域和蒙古部族都處於清朝的統治之下，蒙古與清朝的戰爭才徹底結束。