隨著明朝的建立蒙元皇族退回北方草原，但草原脆弱的遊牧經濟並不足以供養一個龐大的帝國，於是北元帝國迅速解體，草原重新回到部落林立的狀態。明朝為維護自己的江山積極扶植重獲獨立地位的蒙古各部族反對成吉思汗的直系後裔黃金家族，可隨著蒙古諸部族的日漸崛起，明朝不得不在各部族之間玩起了平衡外交，東北女真建州部乘機做大做強。

清太祖努爾哈赤統一女真各部建立後金時作為成吉思汗直系後裔的黃金家族正由林丹汗掌控，林丹汗渴望恢復黃金家族統一蒙古的榮耀，這引起了早已獲得獨立地位的蒙古各部的反抗，後金敏銳察覺了蒙古內部的矛盾，於是開始扶植各部族對抗林丹汗。林丹汗則和明朝合作，共同對付後金。

到了努爾哈赤之子皇太極在位時期後金擊敗林丹汗，林丹汗被迫狼狽西逃，1634年死於大草灘（今甘肅省民樂縣東南）。1635年林丹的兒子額哲在上都被後金追上，只好投降，獻出了元順帝當年帶走的傳國璽。於是延續429年的蒙古汗國徹底從歷史上消失了。原有的蒙古各部部眾大都依附於後金。皇太極得到玉璽後召集女真、蒙古各部於盛京稱帝，改國號“金”為“清”，改女真族名為滿洲，改天聰年號為崇德。努爾哈赤時代沿襲遊牧民族傳統稱汗不稱帝，皇太極以得到傳國玉璽之故自視正統，漸漸有取明代之的想法，於是效法中原漢族王朝稱帝，但與此同時對歸附滿清的蒙古各部則依舊稱汗

博格達徹辰汗即皇太極

額耶爾札薩克汗即順治帝

恩赫阿木古朗汗即康熙帝

納伊拉爾圖託布汗即雍正帝

騰格里特古格奇汗即乾隆帝

薩伊什雅爾圖伊魯格爾圖汗即嘉慶帝

托爾格勒特汗即道光帝

圖格莫爾額爾伯特汗即咸豐帝

布倫札薩克汗即同治帝

巴達古爾特托爾汗即光緒帝

哈瓦圖猷斯汗即遜帝溥儀

1603年，蒙古布延薛禪汗去世，次年由他的長孫林丹汗繼位。

林丹汗即位後，在巴林部境內的阿巴噶哈喇山修建了瓦察爾圖察漢浩特作為整個蒙古的政治、軍事、經濟、文化中心。林丹汗加強了傳統的左右翼三萬戶的地方行政體制，命永謝布部卻熱斯塔布囊為特命大臣，率領一支軍隊駐防趙城（今呼和浩特一帶），管理右翼三萬戶的蒙古各部，任命烏齊葉特(內喀爾喀)鄂托克錫爾呼納克洪臺吉為管理左翼三萬戶的特命大臣。察哈爾八鄂托克雖屬左翼三萬戶，但直屬林丹汗。

林丹汗為了有效地控制蒙古各部和鞏固汗權，以察哈爾部為基礎，直接控制了內喀爾喀巴林、札魯特、巴嶽特、烏齊葉特、弘吉剌特等五部，同時也遙控了蒙古其他各部。林丹汗執政前期，漠北喀爾喀三汗以及漠南喀喇沁的昆都倫汗、阿魯科爾沁的車根汗、科爾沁奧巴洪臺吉、鄂爾多斯土巴濟農等，定期前往察漢浩特，朝見林丹汗，並與大汗共同商討政務大事，參加大汗舉行的宴會、圍獵等活動。蒙古各部汗、濟農、諾延、臺吉，按照圖們札薩克圖汗大法約束諸鄂托克，並定期向林丹汗朝貢獻物（《大黃冊》，1957年列寧格勒版）。

林丹汗利用藏傳佛教，進一步擴大自己的影響。林丹汗登基那年，四世達賴雲丹嘉措所遣邁達裡呼圖克圖札阿囊昆噶寧波(大慈諾門汗)經鄂爾多斯抵達呼和浩特，作為蒙古地區黃教的坐床喇嘛。不久，林丹汗將邁達裡諾門汗、卓尼綽爾濟迎請至察漢浩特，不但自己信奉黃教，而且讓他們在察哈爾地區活動，宣揚該教。1618年，當林丹汗26歲時，西藏紅教方面派遣沙爾巴呼圖克圖到達蒙古地區，尋找自己的支持者，林丹汗為紅教喇嘛沙爾巴呼圖克圖的法術所折服，在察漢浩特隆重地迎接了他。林丹汗封他為國師，並接受深奧密乘之灌頂。沙爾巴呼圖克圖為了取得林丹汗的信任，從五臺山取來元世祖時紅教八思巴喇嘛用千金所鑄嘛哈噶喇金佛。林丹汗修建金頂白廟，將金佛供於其中。林丹汗為了弘揚佛教，召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名大翻譯家，在1628-1629年期間翻譯了108卷《甘珠爾經》 (前人已翻譯過其中一部分)，並用金字抄寫在藍紙上。林丹汗把祖傳下來的傳國金印和嘛哈噶喇金佛、金《甘珠爾經》視為三大法寶。

林丹大汗以沙爾巴呼圖克圖為國師，改奉紅教後，極大地影響了他從前的形象和聲譽。信奉黃教的漠北喀爾喀和右翼三萬戶的各部汗、濟農、諾延、臺吉，與林丹汗逐漸有所疏遠。影響較大的邁達裡諾門汗，也與林丹汗發生了分歧，久居漠北喀爾喀，已不再同情和支援林丹汗。儘管林丹汗改奉紅教後，其統治地位大受影響，但蒙古各部基本上仍聽從於他的統一號令。 而正當此時，女真人已從東北地區崛起。其建州部首領努爾哈赤，統一了女真各部，於1616年在赫圖阿拉即汗位，國號曰“金”，史稱“後金”。努爾哈赤統一女真各部的戰爭，早已引起蒙古和明朝的注意。

更何況，後金勢力和影響已波及到蒙古邊緣各部。科爾沁、內喀爾喀五部及喀喇沁等，不斷遣人至察漢浩特，希望林丹汗採取必要的防範措施，以遏制後金勢力。1608年，努爾哈赤的長子褚英率領5000人進犯烏拉部。烏拉部為女真人的一支，與科爾沁相鄰。烏拉部派人向科爾沁部求援。經林丹汗同意，科爾沁部翁阿岱巴圖爾諾延及其子奧巴率領科爾沁部大軍到達烏拉境，與烏拉部聯軍共同打退了褚英的軍隊。不久，葉赫部(在昌圖和開原之間所居)首領錦太什受到努爾哈赤的威脅，又向林丹汗告急求援。林丹汗遂命翁阿岱巴圖爾及其子奧巴領科爾沁部兵，往援葉赫部，殺死了努爾哈赤的部將布揚古（《皇清開國方略》卷12）。後金天命年間，科爾沁部的臺吉們奉林丹汗的命令，曾幾次同後金交戰，保衛了自己的邊疆。顯示了自己的勢力，科爾沁部的明安諾延的3個兒子還曾率領部眾深入後金境內，大掠其牲畜。 但是，後金國主努爾哈赤在遼東地區的地位尚未鞏固，他不敢與蒙古和明朝同時對立。因此，對蒙古人的挑戰，儘量採取忍讓遷就的態度，甚至以通婚（努爾哈赤娶科爾沁明安臺吉女為妃）為手段，爭取與科爾沁、內喀爾喀諸臺吉保持和睦友好關係。

1619年六月，當努爾哈赤攻打明朝撫順、開原.鐵嶺、遼陽之際，林丹汗也趁機親率察哈爾和內喀爾喀五部，攻佔了明朝的廣寧城。當時，明朝為了不讓努爾哈赤與林丹汗聯合，使明朝東、北兩面受敵，不斷派人到察漢浩特，竭力討好林丹汗，希望他與明朝保持友好關係。林丹汗也考慮到，與明朝保持友好，進行貿易，有利可圖；同時利用明朝可以遏制和削弱後金勢力。因此，努爾哈赤攻打遼東地區的初期，明朝北境基本上安然無事。為了表示謝意，明朝每年向林丹汗贈送白銀千兩。

針對錫爾呼納克杜稜等臺吉投奔努爾哈赤，林丹汗傳令內喀爾喀和科爾沁部，不得與後金使臣擅自往來，若被發現，定要興師問罪。

1623年五月，努爾哈赤又暗遣佑雷和伊沙穆，分別前往札魯特右翼臺吉達雅和色本兩處。奉命監視右翼的札魯特左翼臺吉鍾嫩和巴林左翼臺吉昂安等，中途劫奪了佑雷、伊沙穆所帶衣物。色本懼怕林丹汗問罪，於是率部逃入科爾沁。科爾沁奧巴也惟恐得罪林丹汗而不敢收留。色本臺吉走投無路，只好投奔後金國主努爾哈赤。努爾哈赤得知內喀爾喀的很多臺吉懷有歸順之心，但被林丹汗所阻不敢輕舉妄動。於是決定以武力相助欲附之臺吉。經多次往來，努爾哈赤已爭取了科爾沁奧巴為首的諸臺吉。1624年二月，努爾哈赤遣巴克什、希福、庫爾禪至科爾沁，在伊克唐噶哩坡(今科左中旗花土古拉蘇木一帶)與奧巴為首的諸臺吉刑白馬烏牛盟誓（《皇清開國方略》卷8）。此時，林丹汗叔祖岱青臺吉與林丹汗不和，遂領所屬錫納明安鄂托克及其六子逃入科爾沁境內，受到奧巴洪臺吉的保護。林丹汗命弘吉剌特鄂托克齊賽諾延領兵追回岱青臺吉。齊賽諾延深入科爾沁，斬殺了前來堵截的奧巴屬下六臺吉，取勝而返。1625年十一月，林丹汗親自率領內喀爾喀部分兵力，前往科爾沁奧巴洪臺吉所在地格勒珠爾根城，圍城問罪。努爾哈赤命三貝勒莽古爾泰、四貝勒皇太極率領5000名精銳騎兵，由農安塔前來援助奧巴，迫使林丹汗撤走。內喀爾喀巴嶽特鄂托克達爾漢巴圖爾之子恩格德爾臺吉欲歸後金，因懼林丹汗，不敢前移。努爾哈赤命諸貝勒率兵，移其部眾於遼陽。

在此期間，努爾哈赤以札魯特部人奪其使臣財務為藉口，派阿巴泰、德格類等貝勒率領3000人，深入札魯特左翼擊斬了昂安臺吉，盡獲其妻孥人戶畜產而去。面對後金統治者的軍事壓力，林丹汗未能有效地組織各部與後金正面作戰，客觀上為後金提供了蠶食其外圍各部的機會。

1626年五月，努爾哈赤親統大軍，分兵八路進攻巴林部，擊斬了該部臺吉囊努克，收其畜產班師。巴林部的部分臺吉率部逃入科爾沁境，歸順了努爾哈赤。同年十月，後金以札魯特臺吉鄂爾齊圖等兵阻前往科爾沁的使臣為藉口，由大貝勒代善、二貝勒阿敏率領萬餘兵馬攻打了左翼札魯特諸臺吉，俘虜了巴克為首的14個臺吉及人畜。隨後，後金統治者又以武力迫使察哈爾所屬阿剌克楚特鄂托克小臺吉圖爾濟率屬下百餘戶歸附了後金。

1626年八月，後金國主努爾哈赤去世，其四子皇太極即位。皇太極登基後，加快了征服蒙古各部的步伐，三徵林丹汗。

皇太極以軟硬兼施的手段，拉攏並征服了察哈爾部外圍的內喀爾喀(巴林、札魯特、巴嶽特、烏齊葉特、弘吉剌特)和科爾沁部，使素來強大的察哈爾部的力量大為削弱。於是皇太極將軍事行動的鋒芒直指察哈爾部。

奈曼和敖漢為察哈爾八鄂托克成員，影響較大。努爾哈赤及其繼承人皇太極早就透過奈曼鄂托克中有影響力的烏木薩特綽爾濟喇嘛，策動奈曼部長袞楚克巴圖魯臺吉歸順後金。1627年二月，皇太極暗中遣人至奈曼部袞楚克所在地，希望袞楚克說服敖漢部首領索諾木杜稜及克什克騰部首領索諾木諾延歸順後金。四月，奈曼和敖漢部遣人表示，他們曾說服林丹汗與後金講和，但他們的努力遭到林丹汗和克什克騰部長的拒絕。六月，奈曼和敖漢部長派遣烏木薩特綽爾濟喇嘛至都爾弼城(後為清朝養息牧場)，通知後金兩蒙古部來降。皇太極領諸貝勒自都爾弼渡遼河，迎接了兩部長。1627年十二月，察哈爾阿喇克楚特部長多爾濟伊勒登、安班和碩齊、扣肯巴圖魯、昂坤杜稜等臺吉，也先後率部依附於皇太極。

在此期間，皇太極曾數次遣人策動喀喇沁部歸順後金，但其所遣使臣均被察哈爾所屬多羅特部人截殺。1628年二月，皇太極以使臣被殺為由，親自率領精銳之師征戰察哈爾。皇太極命其弟多爾袞和多鐸貝勒為先鋒，率精兵先進。多爾袞探知多羅特部青巴圖嚕塞稜及其部眾在敖穆倫住牧，於是合兵襲擊了敖穆倫，多羅特部多爾濟哈坦巴圖嚕受傷遁走，臺吉固嚕被殺，其部眾萬餘人被皇太極俘獲（《皇清開國方略》卷11）。

皇太極與喀喇沁通使，進兵察哈爾殺掠了多羅特部。於是，林丹汗興師進抵喀喇沁部所在地，以武力裹走了喀喇沁蘇布地塔布囊及其弟萬丹偉徵所屬戶口牧產。喀喇沁拉斯喀布汗與土默特、鄂爾多斯、阿蘇特、永謝布的部分臺吉聯合，攻打了駐守趙城(在呼和浩特城一帶)的林丹汗的一支軍隊。1628年七月，喀喇沁部首領派遣以4名喇嘛為首的使團與皇太極的使臣，刑白馬烏牛盟誓，歸順了皇太極。

趁此機會，皇太極決定第二次徵察哈爾林丹汗。1628年九月，皇太極分遣巴克什和希福傳令西北歸順的外藩蒙古各部率領所屬兵馬，到達約定地點，以徵察哈爾林丹汗。敖漢部長索諾木杜稜、奈曼部長袞楚克巴圖魯會於都爾弼城；內喀爾喀諸貝勒所率兵馬會於遼陽城；喀喇沁和科爾沁部會於綽羅郭勒。皇太極統領大軍乘夜攻入察哈爾部的錫爾哈錫伯圖、英湯圖等地，俘獲了很多人畜而還。科爾沁臺吉滿珠習禮及巴敦(孔果爾之子)力戰察哈爾部眾，將所獲物獻給了皇太極。皇太極分別賜二人"達爾漢巴圖嚕"和"達爾漢卓哩克圖"號。惟有科爾沁部長奧巴不忍心殺掠林丹汗及其部下，以足疾為由未到達所會之地，與其弟布達齊率部抵達察哈爾邊界，虛張聲勢而還。皇太極遣人問罪，罰駝十峰，馬百匹（《皇清開國方略》卷12）。

1630年十一月，阿魯科爾沁部長達賚楚琥爾、四子部落臺吉伊爾扎布墨爾根臺吉、阿魯伊蘇特部臺吉齊桑達爾漢、噶爾瑪伊勒登等各率所部先後歸順了皇太極。皇太極將他們安置在西拉木倫河北岸遊牧。1631年十一月，林丹汗為了用武力奪回阿魯諸部臺吉，遂興師到達阿魯科爾沁達賚楚琥爾牧地，帶走了塞稜阿巴海的部眾。皇太極親率2000名精銳騎兵聞訊趕來，林丹汗早已越過興安嶺而去。

1632年三月，皇太極決定第三次遠征察哈爾林丹汗，傳令歸順後金的蒙古各部速率部來會。四月，科爾沁、札魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的部長臺吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。四月下旬，皇太極率領大軍越過興安嶺，駐守都埒河。當夜，鑲黃旗兩個蒙古人偷馬逃出，將大軍壓境的訊息報告給林丹汗。林丹汗欲率部撤至漠北喀爾喀，但喀爾喀三汗與他不和。於是林丹汗率領所屬10萬之眾，西奔庫赫德爾蘇，經呼和浩特，渡黃河到達鄂爾多斯。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，五月下旬進駐呼和浩特，得知林丹汗已南渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。

後金大軍到達呼和浩特後，林丹汗在成吉思汗陵前舉行莊嚴的儀式，宣稱自己為全蒙古的"林丹巴圖魯汗"，遂帶領察哈爾、鄂爾多斯部眾，移動成吉思汗之陵，西渡黃河至大草灘。林丹汗在大草灘永固城一帶擁眾落帳，等待時機，重整旗鼓，準備東山再起。此時，一向堅決支援林丹汗事業的漠北喀爾喀卻圖臺吉(土謝圖汗部)，於1634年初，率所部4萬之眾，直奔大草灘與林丹汗會合。林丹汗和卻圖臺吉透過紅教的關係，與藏巴汗和白利(康區)土司頓月多吉建立了聯絡（金巴道爾吉《水晶鑑》，留金鎖校注）。

1634年夏，林丹汗不幸因病去世。林丹汗福金蘇泰與其子額爾克孔果爾額哲率領察哈爾和鄂爾多斯部眾自大草灘返回鄂爾多斯。喀爾喀卻圖臺吉率部進入青海。

林丹汗病故後，皇太極於1635年二月命多爾袞、嶽託、薩哈廉、豪格領兵1萬，前往鄂爾多斯尋找林丹汗子額哲。三月，多爾袞在西喇珠爾格地方遇到林丹汗的妻子囊囊，得知額哲所在地。四月二十日，渡過黃河，至托里圖找到了額爾克孔果爾額哲。後來，後金統治者將察哈爾部安置於義州，分設左右翼察哈爾八旗，封林丹汗子額哲為親王，並將皇女馬喀塔格格嫁之，設都統和副都統統治察哈爾左右翼。

1636年三月，漠南蒙古十六部49個大小領主齊聚瀋陽，承認皇太極為汗，並奉上“博格達·徹辰汗”的尊號（內蒙古社科院歷史所《蒙古族通史》，民族出版社，2001年發行版）。同年，皇太極在盛京(瀋陽)即位，改國號“清”，改元崇德。

皇太極在致書蒙古、西藏上層人物時開始自稱「博格達汗」，取「仁聖」之義（清太宗諡號應天興國弘德彰武寬溫仁聖睿孝敬敏昭定隆道顯功文皇帝）。其後滿清諸帝統治蒙古諸部時，均沿用「博格達」尊號，但僅作為其神聖頭銜，沒有實際意義。第八世哲布尊丹巴在外蒙獨立時採用「博克多葛根」，也是為了拔高自身地位，圖謀在稱號上繼承滿清統治喀爾喀蒙古的合法性。

1632年，後金汗皇太極討伐蒙古林丹汗，林丹汗遠遁青海。第二年林丹汗因天花死於青海，終年四十三歲。1635年，林丹漢之子子額哲投降後金，並獻出了據說元順帝當年帶走的傳國玉璽。自此，延續429年的蒙古汗國便從歷史上消失。

林丹汗本名林丹巴圖爾，是成吉思汗之嫡系後裔、達延汗的7世孫。布延徹辰汗（卜言臺周）去世後，由於其子莽骨速早逝，故由長孫林丹巴圖爾於1604年繼承汗位。林丹汗即位時年方13歲，尊號為“呼圖克圖汗”（明朝人特別有意思，將其譯為虎墩兔憨）。

林丹汗繼位時，蒙古汗權早已名存實亡。漠南諸部的科爾沁、內喀爾喀、土默特、鄂爾多斯諸部各自為政，僅奉蒙古大汗為名義上的共主。漠北的外喀爾喀連承認蒙古大汗為共主都不做表示，漠西衛拉特蒙古更是與蒙古大汗為敵。蒙古大汗僅能支配察哈爾部（分為浩齊特、奈曼、克什克騰、烏珠穆沁、蘇尼特、敖漢、阿喇克卓特和主錫惕八個鄂托克）。

林丹汗初期頗有中興的氣象，但面對新崛起的女真，林丹汗也無能為力，終被皇太極擊敗。

女真與蒙古關係實則非常密切，清朝基本是滿蒙聯合。皇太極原來蒙古名字就是黃臺吉，乾隆時期才改為皇太極。皇太極從大元得到了傳國璽，也有北元合法承繼者的意思。

據記載，1636年4月皇太極在盛京以得佛像和傳國璽為由召開大會，內蒙古十六部（察哈爾、科爾沁、扎賚特、杜爾伯特、郭爾羅斯、敖漢、奈曼、巴林、土默特、扎魯特、四子部落、阿魯科爾沁、翁牛特、喀喇齊哩克、喀喇沁和烏喇特部及察哈爾部的額爾克孔果爾額哲、科爾沁部的土謝圖濟農巴達禮和翁牛特部遜杜稜）四十九名王公貴族與後金滿蒙漢文武百官參加，蒙古各部代表與滿蒙漢各大臣，以滿蒙漢三體表文上書，共推皇太極為“博格達徹辰汗”，即寬溫仁聖皇帝，建國號為大清，改元崇德。

“博格達徹辰汗”中的“博格達”是“仁聖”的意思。其後滿清諸帝統治蒙古諸部時，均沿用「博格達」尊號。但僅作為其神聖頭銜，沒有實際意義。“徹辰”意思是“聰明的、聰慧的、賢明的”。

皇太極在致書蒙古、西藏上層人物時均自稱「博格達汗」。

會上皇太極對蒙古部王公臺吉分別封以親王、郡王等爵位和賜以達爾漢諾青等號。從此皇太極不僅是東北滿、漢人的皇帝，而且也成為內蒙古各部貴族的大汗。

自此以後歷代大清君主都是蒙古人的大汗。

順治帝：額耶爾札薩克汗

康熙帝：恩赫阿木古朗汗（恩赫是平安的，阿木古朗，也是平安的意思。康熙的蒙語意思）。

雍正帝：納伊拉爾圖託布汗

乾隆帝：騰格里特古格奇汗

嘉慶帝：薩伊什雅爾圖伊魯格爾圖汗

道光帝：托爾格勒特汗即

咸豐帝：圖格莫爾額爾伯特汗

同治帝：布倫札薩克汗

光緒帝：巴達古爾特托爾汗

宣統帝：哈瓦圖猷斯汗

汗最初並不是某位“草原帝王”的專屬，在鐵木真一統蒙古之前，理論上蒙古各部的首領都可以被稱為汗。而彼時的蒙古也如同“一盤散沙”，不僅沒有統一的政權、統一的首領，各部之間相互攻伐也從來沒有斷絕過。在鐵木真一統蒙古、建立蒙古帝國之後，“通天巫”闊闊出為鐵木真從“長生天”那裡求來了成吉思汗的名號。自此，鐵木真成為了蒙古帝國的成吉思汗。而這，也是蒙古帝國大汗的由來。

此後，蒙古帝國大汗變成了唯一的“草原帝王”。但值得一提的是，鐵木真雖然成了蒙古帝國的大汗，卻沒有像中原王朝的皇帝將“皇帝”二字“私有化”那樣將“汗”字“私有化”，理論上鐵木真之下的一些首領仍然是可以被稱為汗的，例如鐵木真分封的朮赤汗國、察合臺汗國等，其首領仍然是可以稱汗的，甚至其下二次分封的首領也依然可以被稱作汗，只不過他們不是蒙古帝國的大汗而已。

鐵木真晚年心血來潮，學著中原王朝玩起了立儲，將嫡出第三子窩闊臺立為了汗儲。可鐵木真卻沒有學到中原王朝立儲的真諦，在立儲的同時鐵木真又遵從“幼子守灶”的蒙古舊俗，在臨終前將自己直屬的軍隊、財產、百姓交給了嫡出幼子拖雷，禍根就此埋下！

窩闊臺即位之後，借巫師之手除去了胞弟拖雷。但根據蒙古人的傳承製度，拖雷手裡的軍隊、財產、百姓卻不會被充公，而是由他的兒子繼承，拖雷系子弟仍然是蒙古帝國宗王中實力最強的一脈！窩闊臺在位期間雖然不斷在削弱拖雷系的勢力，但拖雷系的實力依然不容小覷。窩闊臺去世後，他的兒子貴由繼承了汗位，但正式即位之後還沒來得及繼續削弱拖雷系的勢力、沒多久便去世了……

貴由死後，嫡長房朮赤的兒子拔都支援拖雷係爭位，拖雷系更是“全家總動員”、連拖雷的遺孀唆魯禾帖尼都親自出馬了！最終，拖雷系想方設法湊齊了忽裡臺大會的法定人數，拖雷的嫡長子蒙哥被推舉為蒙古帝國的新任大汗。這次大宗轉移直接導致了察合臺系、窩闊臺系與拖雷系的離心，察合臺汗國、窩闊臺汗國與後來的元王朝漸行漸遠，走向了事實獨立。拔都去世之後，朮赤系的欽察汗國也開始與元王朝分道揚鑣、走向了事實獨立。最後，連拖雷系自己建立的伊兒汗國也在旭烈兀死後走上了事實獨立之路。自此，元王朝的皇帝只剩下一個蒙古帝國大汗的虛名和四大汗國名義宗主的地位……

但是，有一點必須明確，元王朝的皇帝名義上仍然是蒙古帝國的大汗！元王朝的歷代皇帝都擁有蒙古帝國大汗的汗號，如元世祖忽必烈的“薛禪汗”、元仁宗愛育黎拔力八達的“普顏篤汗”等等。即便是元王朝作為大一統王朝的最後一任皇帝元順帝妥懽帖木兒，也同樣擁有蒙古帝國大汗汗號——“烏哈噶圖汗”。

明洪武元年，明將徐達攻陷元大都。此前，元順帝妥懽帖木兒率元宗室、後宮、群臣，帶著成建制的軍隊“主動退卻”、回到了蒙古故地，史稱“北元”。雖然大一統的元王朝被明王朝取代了，但元王朝和蒙古帝國並沒有滅亡，它仍然是存在的，元順帝也仍然是北元政權的皇帝和蒙古帝國的大汗。

北元天元十年、明洪武二十一年，明將藍玉獲得捕“魚兒海大捷”，元順帝的孫子脫古思帖木兒兵敗後在逃往哈拉和林途中被部將也速迭兒縊殺，出身“黃金家族”的蒙古帝國大汗自此淪為了任權臣擺佈的傀儡，蒙古各部也紛紛獨立。雖然後來出現了所謂“達延汗中興”，但“黃金家族”早已輝煌不再！雖然“達延汗中興”確保了蒙古帝國大汗的名號仍然在“黃金家族”手中，但隨著分封的繼續，“黃金家族”早已一盤散沙，根本無力恢復祖先的輝煌與榮耀了，更加無力再統一蒙古各部。

明萬曆三十二年，末代蒙古帝國大汗林丹汗即位。平心而論，這位大汗並不是無能之輩，更加不甘心平庸！即位之後，林丹汗便清楚地認識到女真人對蒙古各部的覬覦，開始企圖重新一統蒙古各部。但做起來談何容易？在對蒙古各部長期的吞併戰爭中，林丹汗自身的實力也受到了沉重的拖累。更重要的是，在林丹汗的“統一攻勢”下，許多蒙古部族出於自保選擇了透過政治聯姻等方式歸附女真！著名的孝莊文皇后博爾濟吉特氏家族就是在這個時候歸附女真的。最後，林丹汗非但未能一統蒙古各部，反倒是成了女真人的首要打擊目標。

後金天聰六年，清太宗皇太極會同歸附的蒙古各部共擊林丹汗，林丹汗不得已只能放棄歸化城（今呼和浩特）西逃，在逃往途中，林丹汗部眾作鳥獸散……最後林丹汗只得率領少量隨便逃往青海地區，兩年後病死於青海打草灘。後金天聰九年，林丹汗的兒子額爾孔果洛額哲捧著元王朝的傳國璽（不是傳說中的傳國玉璽）投降後金政權，名義上的蒙古帝國不復存在！

首先我們必須明確一點，清朝皇帝兼任的並不是蒙古帝國大汗。因為自額爾孔果洛額哲投降之後，蒙古帝國便不復存在了。同年，清太宗去汗號稱帝，改國號為清、改元崇德。作為一個王朝，清太宗不可能容忍蒙古帝國的名號繼續存在！否則外藩蒙古豈不是成了國中之國？

既然清太宗不是蒙古帝國的大汗，那麼他的“蒙古大汗”身份又是從何而來呢？首先，末代蒙古帝國大汗林丹汗的兒子投降了後金，理論上後金政權包括後來的清王朝全盤接受了蒙古帝國的一切、包括汗位。其次，畢竟外藩蒙古和清王朝納入八旗編制的八旗蒙古還是有區別的，某種程度上它更像是“外藩”，尤其是外扎薩克，清王朝的手還伸不到那麼長！作為蒙古各部共同的宗主，清太宗必須有一個站得住腳的名分以確立對清王朝外藩蒙古地區的主權。

最終，在蒙古各部的“共同擁戴”之下，清太宗被尊為了蒙古各部共同的大汗，上汗號博格達徹辰汗，事實上取代了原蒙古帝國大汗的地位。後來，作為清王朝對外藩蒙古、尤其是外扎薩克擁有主權和宗主地位的象徵，清王朝皇帝“蒙古大汗”的身份被繼續保留了下來，直到清亡一直如此。甚至連清王朝的末代皇帝溥儀也是擁有“蒙古大汗身份”的，汗號為哈瓦圖猷斯汗。

綜上所述，清王朝皇帝兼任“蒙古大汗”已經不是鐵木真時期的那個所謂蒙古帝國大汗了。其更多地是宗主地位和主權的象徵，代表著清王朝對外藩蒙古各部、尤其是鞭長莫及的在扎薩克擁有絕對主權！除了這個大汗的名分，還有烏里雅蘇臺將軍的設定，並不是為了“鎮守外蒙”，烏里雅蘇臺將軍手裡那點兒兵力根本無法鎮守。說到底，同樣是主權的象徵！正式因為有了清王朝皇帝“蒙古大汗”的這個身份，作為清王朝繼承者的民國北洋政府後來派出徐樹錚收復外蒙才名正言順、師出有名！

清朝的皇帝能夠一統江山，聰明的一點就是以蒙古大汗的身份統治蒙古諸部的，掃滅蒙古黃金家族最後一任林丹汗後，清朝皇帝自己兼任蒙古大汗，使的喀爾喀蒙古終清朝一代都服服帖帖，大清皇帝同時是蒙古大汗，也是西藏的保護人。

太宗--溫思渾額勒德猛哥汗， 世祖--翼吉思琿達散汗， 聖祖--額爾赫太芬汗， 世宗--華麗雅蓀陶卜汗， 高宗--阿布卡伊溫希葉赫汗， 仁宗--賽衝阿豐紳汗， 宣宗--多羅額爾登額汗， 文宗--谷卜其額爾揭英額汗， 穆宗--永寧阿達散汗， 德宗--巴達朗噶多羅汗 ，宣統帝--葛洪額佑叟汗。

不過還有一說認為除了皇太極的“博格達徹辰汗”是按照草原規矩所立外，其他清朝皇帝的“汗號”都是年號的蒙古語意譯。換句話說，就是其他清朝皇帝壓根就沒有“汗號”。 所以說，中亞的、新疆維族哈族的很多文獻，都把清朝皇帝統一叫“博格達汗”，而不會用那些年號音譯的汗號。是因為只有皇太極的“博格達徹辰汗”是個真的汗號。

在明朝將元朝蒙古人趕往漠北後，元朝蒙古人逃亡漠北故地，元朝的一班人馬仍在，史稱北元。同時蒙古人除北元外，在中亞、歐洲還存在有幾大汗國。

歷史發展到了明朝末年，蒙古因為內部問題紛爭不斷，而明朝也國力衰微，後金卻乘勢崛起，有人用“明亡清興”來概括當時東亞中國的形勢。

此時的蒙古草原，雖然披著蒙古帝國的外衣，但諸侯割據，互不買賬，各自為戰。作為神聖蒙古大汗的林丹汗繼位後，蒙古諸部並不服氣，不承認林丹汗汗位。此時林丹汗繼位後又與蒙古諸部在宗教信仰上發生矛盾。原初林丹汗信仰的本是藏傳佛教中的黃教，但在他26歲那年，在青藏高原一位紅衣活佛的教導下，改信藏傳紅教。此後，林丹汗開始大興土木，大肆興修紅教寺院，意圖將整個蒙古變成紅教天下，遂引起蒙古諸部不滿，引發戰爭。

此時後金努爾哈赤借蒙古內部紛爭之際，乘勢統一了女真各部，建立了後金，後金勢力崛起。

原來東北的女真人一直受蒙古人統轄，看到後金有勢不可擋之勢，林丹汗既有武力統一蒙古各部企圖，也有聯合明朝打擊後金努爾哈赤勢力的想法。

林丹汗對蒙古諸部的統一戰爭進展順利，諸如蒙古科爾沁部、土默特部兩個最強大部落都被打敗歸順。但在明朝萬曆47年，林丹汗指令科爾沁部、喀爾喀部與後金努爾哈赤進行戰爭，結果出人意料的是努爾哈赤大勝。

明朝皇帝此時希望藉助林丹汗軍事實力聯手阻止努爾哈赤後金的崛起，但林丹汗不知是出於對中原明朝的疑慮，還是出於蒙古人與漢族人歷史恩怨原因，竟然沒有答應，導致林丹汗在蒙古諸部與後金的對峙中怨聲載道，聲望大降。處於自保，加上原有矛盾，喀爾喀蒙古等五部落與後金建立了同盟關係。

氣急敗壞的林丹汗派兵攻打喀爾喀蒙古諸部，卻不料導致蒙古其他諸部的追隨者紛紛倒戈投降後金。

1628年，即明朝崇禎元年，清天聰二年，林丹汗率軍與蒙古喀喇沁、鄂爾多斯諸部聯軍激戰，結果兵敗；繼而又在對陣後金軍隊和漠南蒙古諸部聯軍戰鬥中被打敗；1631-1632年林丹汗與後金皇太極率領的軍隊在西拉木倫河的軍事戰役中大敗，被迫西逃；1634年死於現今甘肅民樂縣東南部的大草灘。

林丹汗死後，其子額哲被後金追殺，走投無路只好於1635年投降後金，不得已獻出元朝皇帝傳國玉璽。原有漠北蒙古諸部都歸順後金。

1636年，漠南蒙古16部46個領主先後歸順後金，皇太極順理成章繼承蒙古大汗汗位，成為“博格達徹辰汗”，建立國號“大清”。從皇太極一直到末代皇帝溥儀共11帝，大清皇帝始終都是蒙古人的可汗。

是征服大唐周邊的少數民族以後，獲得的“尊稱”，一直到安史之亂前的唐玄宗時期，都被萬族共尊為“天可汗”，包括“武則天”。

清朝是什麼時候征服蒙古族的？

朱元璋滅亡元朝以後，對於逃亡草原的“北元”政權一直耿耿於懷，多次不惜國力的派遣精兵強將遠征草原，終於滅亡“北元”，使蒙古族再次成為一盤散沙。

同為草原上的遊牧民族，滿清與蒙古是天生的敵人，因此滿清崛起以後先後多次與蒙古族林丹汗發生激戰，終於在1635年被多爾袞滅亡，甚至獲得了元朝的傳國玉璽。

從此以後，漠南蒙古臣服於滿清，皇太極也正式被蒙古族尊為“博格達徹辰汗”，這也被清朝皇帝視為榮耀，歷代皇帝都以身兼“蒙古大汗”為榮。

漠南蒙古族歸順滿清以後，清朝歷代皇帝採用規模遠朝歷代的“和親”政策，死死的綁架漠南蒙古族，成為清朝北方邊境線上的堅實屏障。

這一時期，清朝皇帝也會迎娶蒙古貴女為皇后、妃子，比如非常著名的“孝莊太后”就是蒙古族出身。

所以，康熙才是歷代的所謂“蒙古大汗”，含金量最高的。

1935年，後金終結了世襲482年的蒙古黃金家族的統治拿到了北元玉璽。從此清朝皇帝成為了蒙古的大汗又是滿人的皇帝加漢人的皇帝，清王朝亊實上又一次促成了大漠南北遼河內外大中華真正意義上的大一統！