原子沒所謂煩惱，人的七情有煩惱，人的覺知被遮蔽，妄動七情，改變了物質運動，投七情所好，覺知被支配，演變成人間大戲。物質還原，七情消散。塵歸塵，物質主宰世界仍不可奪。

煩惱是意識中的情緒，情緒是一種能量（負能量），量子力學裡萬物本質上都是能量，只是頻率不同，能量是粒子超高速運動，是波、是頻率。

量子力學還有一個奇特現象，粒子運動是不能觀測的，沒有觀測時他們有自己的規律，只要有觀察者他們的運動就有了另外的規律。雙縫實驗的結果好像粒子是有自己的意識一樣。

那麼有意識就會有情緒。意識本質上也是能量，分子原子也是能量。

結果就是分子可能也會有煩惱（這是一個可能性）！

淨空法師講身體上每一個細胞是一個小宇宙，同理，身體是由原子組成的，原子是小宇宙，所以有煩惱。大家生存宇宙煩惱能少嗎？

原子組成的是色法，色法就是指我們的身體，以及能看得見摸得著的一切法。這些色法與感知無關，煩惱屬於感覺，是屬於心意識所應對的法，所以與色法無關。比如人死之後，還有原子組成的色身，卻沒有了知覺，就是因為心意識離開了色身。再比如有些鬼神，他們雖然沒有色身，卻有知覺，這就是心意識在起作用。就談到這裡，這些道理，希望你能明瞭。

人是由軀幹、肢體、細胞、分子、原子……組成具相的身體，再注入氣息、識知、意念、靈魂……，也便圓成一個完整的具相、具體、具能、具力的生命。

原子是世界萬物之一的基本粒子，當然也是人體的基本粒子，同樣具有一定的能量，而煩惱也是一種能量的表現，因此，原子也存在“原子的煩惱”。

不生不滅，不色不空，不實不虛，不有不無，不動不靜……為“極”、為“道”……。但願你能“般若如是菩提。”

人的身體是一堆物質，物質是不能產生思維意識的，意識必是來自靈魂。

電腦有硬體與軟體，人也是，身體是硬體，靈魂是軟體。

人死亡好像小雞出蛋殼，身體如蛋殼碎了，靈魂如小雞去另一個世界生活(天堂或地獄)。

(相信耶穌靈魂得進天堂)

原子組成了自然界的萬物。但是，萬物之間區分很大，最大的區分就是，有些具有生命力，有些沒有生命力。

也就是說，大家都是原子組成的，但是有些被組成了生命體，有些被組成了非生命體。

而只有具有生命特徵的個體，才會有複雜的思維活動，才會繼而演化出七情六慾，也包括了煩惱。

要注意的是，人類的這些七情六慾，都是演化出來的，這與人類的智力水平的提升有關。有證據表明，幾十萬年的人類先民已經對死亡有了深刻的概念。當種群中有人死去之後，同伴會用石頭對死者進行掩埋。可見，很早的時候，人類就已經有了比較複雜的感情活動，否則他們不會對死者做出這樣的事情。

那麼，為什麼人類這樣的智慧生物要擁有複雜的七情六慾呢？首先，人類的大腦在不斷的進化，神經元的數量越來越多，這使得人類可以進行更多的複雜的思考，七情六慾就是思維的“副產品”。本質上，還是人類複雜思考的產物。

（神經元）

那麼，為什麼人類一定要進行復雜的思考呢？為什麼動物就沒有太複雜的思考和七情六慾呢？

這個就是人類與動物之間本質的區別。

人類和動物的身體構造，在生物學上沒有截然分明的鴻溝，但是人類大腦足夠複雜化，可以有高層次的思維活動。而越高級別的思維活動，越能讓人類擁有更好的學習能力，這些能力有益於人類擺脫愚昧，建立文明，而建立了文明之後，生產力被加速推動，社會組織制度更加嚴密和科學化，反過來增加了人類在自然界的生存能力。

一切生命的本質動力就是為了生存。而生命是負熵為主。任何一個生命體系都會本能的，竭盡所能的對抗熵增，維繫一個低熵的有秩序的系統。人類的一切特徵，從本質上來說，就是為了對抗熵增。這樣看，人類有了煩惱在內的七情六慾，並沒有沒有原因，歸根到底，還是一種為了對抗熵增而自然演化的產品。

至於說原子這樣的微觀粒子擁有思維，那是無稽之談。提問者並非這種意思。提問者是想問，原子沒有煩惱，為什麼原子可以組成有煩惱的存在，而煩惱從何而來。有些人不注意分析，所以有錯誤的解釋。

世間萬物，乃至整個宇宙的絕大部分物質都是由原子構成，無論有生命的還是無生命的，都是！

在不考慮原子還可以再分成更小的粒子的前提下，我們確實可以將原子當成是這個世界物質組成的最基礎的微粒、或者說是“程式設計程式碼”。

不同的原子、不同的數量、按照不同的方式排列組合，可以是一根沒有生命、毫無思想意識的鐵釘；也可以是一個有生命、有思想的、活生生的人。

正如計算機程式語言，如“C++”、“Pyhton”等等。

它有很多指令、語法和函式——我們可以將這些基礎元素當做是程式語言的“原子”。

它們按照不同的方式排列組合出來，可以是完整的電腦作業系統、也可以是特定的應用程式、還可以是電腦病毒……甚至，它還可以成為高度智慧化的AI人工智慧！當然，它們也可以組成毫無作用、毫無意義的亂碼。

注意，這裡的重點是——排！列！組！合！

而非是基礎元素本身！

電腦、手機的作業系統可能包含很多種程式語言的“基礎元素”。但決定作業系統功能的並非是那些“基礎元素”，而是它們排列組合的方式。

正如：人體由很多種元素組成，如碳氫氧、鈣鐵鋅等等等等，但決定人就是人、決定人具有思想的，卻不是那些原子本身，而是它們特定的排列組合的方式！

畢竟幾乎同樣的元素，也可以組成一隻大猩猩、一頭豬、甚至還可以是一鍋肉湯……

我們可以這樣說：很多種原子，按照不同的方式組合起來，形成了各種各樣的化合物（比如說水，H2O），而那些化合物又經過一系列的排列組合，繼而構成了人類，人類是有智慧、有思想的。

但我們不可以忽略所有的過程直接這樣說：原子構成了人類的思想……

更不能直接做出這樣的假設：原子是有思想的！

所以，這個提問本身就是有問題的。

實際上，這個提問是以兩個正確的結論為前提的：

1，人是由原子構成的。

2，人是有思想、會感覺到煩惱的。

接著，提問者又認定了這樣的假設——原子構成的人有思想，會感覺到煩惱，所以原子就是有思想的，會感覺到煩惱的。

最後，才有了“原子為什麼會有煩惱”的提問。

這個提問最大的問題在於——提問者忽略了原子形成化合物、化合物相互作用產生生命、生命在繁衍演化中產生意識、繼而產生“煩惱”這種情緒的過程，“一步到位”了……

這就好像軟體使用者在使用一套應用軟體工作，他知道軟體是用C＋＋編寫而成的，然後軟體崩潰了，他就問——為什麼C＋＋會崩潰？

在這裡，C＋＋若是真的有意識，它大概只能無奈表示自己很無辜了……

事實上，無論一個人是生老病死還是喜怒哀樂，構成他身體的基本元素、也就是各種原子都不會因此有任何變化。缺乏它們之中的某一種，比如說鐵，會導致貧血，繼而影響個人的心情，引起煩惱。但決定人是否會感到煩惱的並不是鐵元素本身，事實上不缺鐵的人也會感受到煩惱的。

可以肯定，一個人感覺到煩惱了，並不是因為構成他身體的元素感覺到煩惱了——如果構成人體元素真的有情緒，那麼死人也應該有情緒、甚至鐵釘、鈣片、葡萄糖酸鋅口服液、碳粉、水等等等等都應該有情緒才對……

這可能嗎？

很多時候，我們會不由自主地陷入一種“自以為是”的想象和假設中不能自拔，按照自己的喜好去思考問題，這種思考問題的方法往往會有很大的侷限性，我們需要站在不同的角度去思考問題。

人確實是由原子構成的，人由煩惱，這沒問題，但人由煩惱並不意味著組成人類的原子也應該由煩惱。這牽扯到意識和自我意識的概念和理解。通俗地講，原子之間的組成結構和方式決定了是否擁有生命或者智慧，當然也有煩惱。

意識產生於物質，當然煩惱也是如此。單個的原子沒有意識，當然也沒有煩惱，但當原子以一定的方式組合起來，彼此之間建立了某種聯絡，就會有意識和煩惱的產生。

具體如何產生的，這是人類面臨的一個難題。但我們可以用一些通俗的例子更好地理解。

比如說，汽車是由鐵組成的（當然還有其它材料，這裡只是打比方），但汽車為何會啟動會行駛？也是因為汽車內部零部件建立了某種關聯，如果沒有了這種關聯，一堆廢鐵當然不會啟動更不會行駛。

更通俗的還有電腦，也可以理解為是由一堆廢鐵組成的，但廢鐵以某種方式組合起來，同時注入了“程式”，電腦就可以思考了，同時也會由“煩惱”。比如，在計算機人工智慧與人類高手下圍棋時，人工智慧確實很強，但在一些情況下，人工智慧也會“方寸大亂”，對於人類來說一個非常簡單的局面，人工智慧也會“蒙圈”！

現實中還有螞蟻的群體生活，單個螞蟻的力量很小，但大批螞蟻能夠以某種形式建立起一種群體結構，這個結構就類似人類大腦，可以傳遞資訊發出指令進行傳播，讓每個螞蟻能更快更直接地分享資訊！

這個問題是世界三大難題之一，怕是一時半會兒沒有答案！

世界上三大難題：大到多大，小到多小，大腦。

一個是宏觀的，一個是微觀的，一個是人腦是怎樣構成和工作的！

想一想自然界萬物巧奪天工的形狀、色彩、結構和功能，無怪有人說有超自然的力量存在！

誰知道呢！

牛頓晚年就致力於研究一個針尖上可以站幾位小天使！

所有物質包括人體都是由原子組成的(原子由亞原子粒子組成——質子、中子、電子等)，它們的能量為99.99999%，物質為0.00001%。想想看――我們生活中的每一件物質都不是固體物質，而是能量場或資訊的頻率模式。物質與其說是“某種物質”(粒子)，不如說是“無物質”(能量)。我們的物理身體和物理宇宙的身體和所有的空間一樣成比例地空著。我們物質實體和看似固體的宇宙的本質是它們都是非物質的。

根據量子物理學，我們是一個巨大的無形能量場的一部分，這個能量場包含所有可能的現實，並對我們的思想和感覺做出反應，包括人類的煩惱。

我們的物質體和宇宙體都以光速變化著。我們的神經系統不能以它們真正發生的速度處理這些量子事件，所以它把宇宙的能量和資訊解碼成固體三維物質體的體驗。

量子力學中的“觀察者效應”表明，在亞原子水平上，能量對我們的注意力做出反應，變成物質。量子實驗證明，電子(構成原子的亞原子粒子的一部分)同時存在於不可見能量場中無限的可能性陣列中。所以，一個粒子(物質)只有在我們觀察到它時才能在普通的時空現實中顯現出來。意識到這一點，思想和物質不再被認為是分離的，它們本質上是相關的，因為主觀思維在客觀的物質世界上產生了可測量的變化。

每一個人，以及宇宙中的每一種物質，都傳播著一種獨特的能量模式，這種能量攜帶著資訊。我們波動的精神狀態，無論是有意識的還是無意識的，都會時不時地改變這種模式，因為我們不僅僅是一個身體，我們是意識，用身體和大腦來表達不同層次的思想。

保持心臟跳動的智慧是我們自主神經系統的一部分，它位於大腦中。大腦邊緣系統是自動神經系統的一部分。在大腦中，有特定的組織負責保持心臟跳動，這些組織由細胞組成。那些細胞是由分子組成的。分子是由原子組成的。原子由亞原子粒子組成，亞原子粒子主要由能量組成。

想想看，我們大多數人大部分時間都把注意力集中在0.00001%的物質現實上，而不是99.99999%的物質能量上。我的意思是，認真考慮一下，我們可能錯過了多少。

煩惱，思維等這些是宇宙、生命在幾十億丶百億年進化的最高層次產物，思維細胞由特定規律原子組成，規律原子再組合成特定之分子，再規律分子組合成細胞。

原子就近有無煩惱情感呢？腦組織是最複雜和規律原子複合體，原子太簡單，沒有情感，但有活動反應。

原子能量增加，則內粒子運動加快，在生命體來說是興奮，激素分必，活動增加，表現高興。

反之原子能量減弱，則是抑制，生命體情感則是憂鬱。

氧原子和鐵原子二者能量大小不一，產生正負電性反應就是氧化反應。

也可說原子有最低等的活動思維意識，由能量大小和結構來決定原子之興奮(激態)，抑制(穩態)。

很簡單，因為1+1>2。

我們知道，人類為什麼要懂得合作？因為人與人之間合作可以效果倍增，只要方法得當，十個人幹一個小時，要比一個人幹十個小時能做到的事情多得多。這就是我們經常強調的1+1>2的合作效果。

比如說，單獨拿出來碳原子、氫原子、氧原子、氮原子……這些原子都是非常普通的物質，但是由這些原子組成了氨基酸，然後氨基酸又組成了蛋白質，蛋白質的形態則何止是百千萬億種，這些各種各樣的蛋白質分子就可以組成人體，然後完成不同功能。

比如說，有一種叫做多巴胺的物質（分子式和作用位置如下圖所示），這種物質由我們的大腦分泌，可以讓我們的身體產生強烈的愉快的感覺，事實上我們生活中能夠有快樂的感覺，跟我們身體在收到某種刺激之後大腦分泌多巴胺有密不可分的聯絡。

當然，為了讓身體在受到多巴胺刺激的時候產生快樂的感覺，其中包含了一系列的生理過程，這就是我們身體中的各種各樣的生理結構“合作”的結果。但是你要是把這些生理結構剖開來看，都是最普通的原子。這就好像說，一塊磚頭很普通，但是不同的磚頭透過有規律的方式排列起來，就成了擁有各種功能的建築物了。

所以，原子不會有煩惱，但是由原子組成的人有煩惱，這是因為人是由不同原子透過極為複雜的方式組合起來的高等生物，不能簡單用原子會不會煩惱來判斷人會不會煩惱。這就好比說房子裡面能住人，一塊磚頭能住人嗎？這是一樣的道理。

煩惱是什麼？是情緒的一種。更深入一點就是你體內多巴胺分泌減少，神經興奮性降低，導致你大腦產生一種難受的感覺。換句話說，有生命的生物體，才會有情緒，才會產生煩惱。

對於單個原子來說，它不屬於生命，沒有意識，沒有情緒，更本沒有煩惱這個概念。而人雖然是由原子組成，但這些原子是先形成了分子，分子形成細胞，細胞在形成人。而人的意識，就來自於大腦神經細胞的一些生理活動，這些活動都是由細胞內和細胞間，分子的改變造成的。比如我們高興，就是因為多巴胺增多，神經細胞變得活躍導致的。本質上，我們的情緒來源於體內分子組合方式的改變。

當然了，意識的形成複雜的多。一堆不能夠思考的原子，竟然可以組成一個具有極強自我意識的生命，十分神奇。到底意識如何透過我們的大腦產生的，現在仍屬於謎題。但相信隨著醫學的進步，人會對這問題研究清楚的。不過可以肯定的是，原子絕對沒有意識，也沒有情緒，更不會煩惱，因為原子實在是太簡單了。

原子是物質的最小組成部分，若將原子再細分必須付給它巨大能量，否則原子無法再往細裡分解。如何分解原子，是人的煩惱，而不是原子的煩惱。

由原子組成各種分子，是原子的電子的減少和增多變成正負離子，由化學鍵作用相互吸引結合或排斥而分離，是物質的電磁力效應，不是因為原子有意識。如何判斷各種分子的結構，是人的煩惱，不是分子的煩惱。

由分子構成的生命是大分子結構的核糖核酸，是物質運動的特殊形式，也是由於原子、離子、分子之間的電磁力、範德華力、強力、弱力作用下的結果，如何分辨哪一種力起主要作用，是人的煩惱，不是原子有意識，有煩惱。

只有由分子構成的生命的時候才有意識。由於意識的發展和擴充套件，並形成了思想的人，才有煩惱。當用思想反觀物質的時候，再反觀人自己的意識的時候，人才有無窮的煩惱，並且想給以原子以煩惱。

人從有生命狀態變成了死亡狀態，身體分解到原子狀態時候，也就還原為物質，和物質世界物質融為一體了。“天人合一”了，物我不分了，也就無煩惱了。

但只要活著，人就達不到原子狀態的。是原子的複雜組合構成神經元，神經元為維持生命延續而具備了意識，由意識構成了思想，才產生了煩惱。歸根結底，煩惱也是一種生命現象的反映。

原子也是有心來支配的，人是活的，每個細胞都是活的，在隨著心理變化而變化。心裡裝事多，釋放不出來，心裡的空間就小了狹窄了，這時候心裡不舒服。心裡不裝事不放事，空間就大，能容不是有多少事和人都裝在心裡。是不裝進去。心裡空蕩蕩，人就喜悅舒服。

汽車是由金屬和塑膠拼接起來的，

金屬和塑膠怎麼會違章、熄火和追尾呢？

人人都是經過了九年義務教育，

學習了文化知識，建立了邏輯思維，

咋就偏偏把你漏了呢？

磚是建築材料，它可以組成不同結構的建築物。汽車由各種部件組成，各個部件是不能執行的，但是各個部件的共同功能，就能使汽車執行起來，這就是系統性功能。這是人造物，自然物也是如此。宇宙是由物質構成的，而物質是以千變萬化的物質形態所組成的，而每一個物質形態就是一個系統，而每一個系統又有更小的系統（稱為子系統）組成，每個子系統都有自己的特殊功能，這些子系統各自發揮著自己的作用，從而形成了系統的總功能。物質的存在方式就是這樣的，層層分，大系統由小（子）系統構成，小系統由更小的系統構成。整個宇宙也是一個整體，是客觀上存在的最大的系統。而微觀世界，其基本粒子，也是系統，各自有各自的功能，這就是科學家所說的量子性。比如原子有原子的特性，它是構成各種宏觀物質形態的基本單位，而電子、原子核又是構成原子的基本粒子，再如光子，雖然是從電子中產生（躍遷）出來的，但是它不是電子的簡單的分割，而是具有自己的特性、功能的，即系統性。

人也是一個系統，而且是一個複雜的、高階的系統。原子沒有意識、沒有煩惱，它的不同組合構成了不同的上級系統——分子。科學發現，炭基有機物是地球生命的基礎。簡單的分子，又組合成大的高階的有機物大分子，炭基有機物大分子又構成了地球的生物，它的系統性功能已經有了生命。生物又慢慢地進化到了動物、人類，人類這種系統性生物，不僅有了生命，還具有意識，且是高階意識。

總之，宇宙中萬物，即各種物質形態，都具有功能性即系統性，上級、高階的物質形態由下級、初級的物質形態組成，但它的功能，絕不是下級、初級子系統功能的疊加，而是大於疊加功能的系統性的功能。比如一個物體需要300斤的力量才能拿起來，父有200斤力氣，子有100斤力氣，都拿不起來，但組成一個簡單的系統就能辦到。再如一個簡單的有機系統，只要具備了攝入能量和消化能量的功能，就是構成了一個生命系統。簡單的生命如此，複雜的人也是如此，人的各個器官的組合功能就是人的生命系統。

這是兩個層面的問題，題主把它放在一起說了。也怪不得題主，因為這是大家普遍的認識，這裡面牽扯到的是物質與精神，而這兩種東西，很難把它們歸為一類。筆者試著從科學的角度以及傳統文化的角度，分別闡述這個問題的回答。

從微觀的角度來看，人確實是由原子所構成的，人的身體，我們能看到的身體表面，以及看不見的身體內部，都是由原子構成的，這是實實在在的物質組成。

但是，精神不是。精神是非物質的，儘管人們普遍認為精神是由人的頭腦中產生的。

筆者告訴你，精神是一種能量。人腦只是一個物質的人身器官而已，這個器官的作用，是將思維轉換成命令，讓我們的身體去具體行為。這個世界就是這麼奇怪，物質的人身與非物質的精神，和合組成了我們認為的有生命的人類。

還有不可思議的事情。很多的科學實驗已經證明，人對外部發生現象的應激反應，不是下意識的，而是早就想電腦程式設計一樣，早就設計好的。唯物主義認為，物質決定精神，實際上，誰也決定不了誰。

之所以沒有用決定這個詞，原因是所有的一切都是設計好了之後的無序碰撞罷了。

現在應該明白了，所謂的煩惱，是精神作用了我們的身體，而我們的身體產生了一系列的反應而已。

《易經》乾卦有云：雲行雨施，品物流形，大明終始，六位時成。

短短的十六個字，將人來到這個世界的過程，闡述的清清楚楚，明明白白。雲行雨施，房事也；品物流形，形成胚胎；大明終始，陰與陽和合稱為明，此時精神已經進入至胚胎中，形成意識；六位時成，組成人體六個最關鍵的能量互動點形成。

不客氣的說，以上十六個字，科學要很久才能追的上，或者說被科學所證實。

老祖宗早就已經告訴了我們，我們的人身，是由陰與陽兩種屬性和合形成的物質加上精神所組成的。

單獨的身體是不會有精神，不會有意識，也不會有煩惱的。正是由於非物質的精神，與物質的身體，一起組成了人，才有了精神的活動，包括煩惱。

讀者看到這裡，不曉得有沒有悟出一個道理。這個道理就是，順則生，逆則死。當身體與意識和合在一起的時候，我們就來到了這個物質的世界，當身體與意識分離的時候，我們就離開了這個花花世界。

這就是修行中，無我，無法，不二的含義。

科學與傳統文化對於這個問題的闡述，總有一天會有一個匯合的時候。

不管物質(人也是運動的物質)是由什麼東西

構成的，總不外乎是分子，原子，電子，

質子，核子等等微小極微小的顆粒組成。

這些微粒本身不產生煩惱，產生煩惱的是

諸多有情物種的識！無種物種，如桌椅板凳，

它沒有識就沒有煩惱。

有情物質都有識，有意識，神識。識在分辨

好壞、美丒，識在決定取捨！分辨苦與樂。

有了這個功能，構成人的各個部位，也就會

感受到痛苦或歡樂。於是，煩惱就生成！

構成舌的物質微粒，會貪美味，厭棄苦澀。

六根都如是如是。

所以無明翳障就產生煩惱，煩惱就是無明

的代名詞。就是黑暗與愚痴。

開了悟的人，讓識轉成智了，就沒有煩惱

可言了。