中醫的有效性是由中醫藥的藥性決定的。昆蟲蛋白質可以使細胞產生積極的蠕動而產生熱量，中草藥可以使血液流速加快也可以使血液流速減慢，暢通毛細血管。而致病因素造成身體的損傷是相同的，都是使細胞蠕動減慢導致血液流速減慢造成毛細血管的堵塞。中醫藥可以對症施治，正確的中醫治療旨在合理地搭配藥物以保證方劑的陰陽平衡。所謂科學性：一，確定病症的正確：細胞蠕動減慢的狀態；二，治療旨在強壯細胞暢通毛細血管的唯一性。去研究吧。

中醫的有效性，是肯定的。我們中國從古至今都有中西醫相結合的說法和醫療用法，延續之今，古代有好多名人和名醫，如:李時珍代夫，用草藥治療病人醫術，也有科學性。

中藥治療，療效慢，不傷內臟，西藥，起效快，會傷胃，肝，腎，脾。

中醫是在形而上的陰陽對立統一的哲學理論指導下對人體的五臟六腑以及微迴圈系統進行辯證施治，透過望聞問切等主觀手段察言觀色，其實說白了就是有些人說的用唯心主義的方法論。在古代科學技術不夠發達的情況下，只能憑經驗來治病。但是人類發展史本身也是在經驗和科學的基礎上不斷髮展起來的，對於歷史性疾病來說，經驗是有效的和科學的。但對於新型疾病來說，那就沒有經驗可以參考，所以中醫就顯得手段不夠用了。必須藉助西醫的相關手段比如照射影像學，血漿分析等來結合病情來綜合判斷，然後根據病症辯證就可以。

另外一個問題就是，現在的中醫為什麼不行了？其實原因很簡單，就是現在的中醫從小時候就學習唯物辯證法，而不是從小就學習形而上陰陽，都是在滿腦子唯物主義的情況下去灌輸唯心主義的理論，所以不可能有真正意義上的中醫，只是在從事著中醫的行業而已。

科學本身是一種對自然現象的理解方式。在哥白尼和伽利略的理解中，太陽是宇宙的中心，他們會覺得這就是科學。現代物理學家的理解中，太陽只是銀河系上億恆星之一。也有當代物理學家明確指出，如果我們把地球當成參考系，太陽就是圍著地球轉。中醫有效果，有理論。站在中醫思維方式下，西醫不科學，中醫才科學。站在很多西醫的思維方式下，中醫不科學，西醫科學。站在方舟子的思維下，有效不等於科學，科學不一定有效。