RAPD技術是建立在PCR技術的基礎上，它用一系列(通常數百個)不同的隨機排列鹼基序列的寡核苷酸單鏈(一般為10個bp)作為引物，對所研究的基因組DNA進行單引物擴增。模板DNA經90—94變性 解鏈後在較低溫度(36～37℃)下退火，這時形成的單鏈模板會有許多位點與引物互補配對，在 72℃下，透過鏈延伸，形成雙鏈結構，完成DNA合成。重複上述過程，即可產生片段大小不等的擴增產物，透過電泳分離和顯色便可得到許多不同的條帶，從中 篩選出特徵性條帶。擴增產物片段的多型性反映了基因組DNA的多型性。如果基因組在這些區域內發生DNA片段插入、缺失或鹼基突變就可能導致這些特定結合 位點的分佈發生相應的變化，而使PCR產物增加、缺少或發生分子量的改變。因此，透過對PCR產物的檢測即可測出基因組DNA在這些區域的多型性。進行 RAPD分析時，可用引物的數量很大，雖然對每個引物而言，其檢測基因組DNA多型性的區域是有限的，但是利用一系列引物則可以使檢測區域幾乎覆蓋整個基 因組。因此，RAPD可以對整個基因組DNA進行多型性檢測。 RAPD技術的優點： ①不使用同位素，減少了對工作人員健康的危害； ②可以在物種沒有任何分子生物學研究 的情況下分析其DNA多型性； ③對模板 DNA的純度要求不高； ④技術簡單，無需克隆DNA探針，無需進行分子雜交； ⑤靈敏度高，可提供豐富的多型性； ⑥RAPD引物沒有嚴格的種屬界限，同一套 引物可以應用於任何一種生物的研究，因而具有廣泛性、通用性。 但是，RAPD技術較易受到各種因素的影響。無論是模板的質量和濃度，短的引物序列，PCR的迴圈次數，基因組DNA的複雜性，技術裝置等，都有可 能是RAPD技術重複性差的直接原因。目前，多從以下幾個方面來提高反應的穩定性： ①操作規範，反應體系的組成要力求一致，儘可能地使RAPD反應標準 化； ②提高擴增片段的解析度； ③將RAPD標記轉化為SCAR標記後再進行常規的PCR分析，可以提高反應的穩定性及可靠性。

RAPD:用一個（有時用兩個）隨機引物（一般8-10個鹼基）非定點地擴增基因組DNA，然後用凝膠電泳分開擴增片段。AFLP標記是選擇性擴增基因組DNA酶切片段所產生的擴增產物的多型性。