為消弱林丹汗的勢力，皇太極對蒙古各部採取聯姻、勸誘、征討，蠶食百瓦解林丹汗所控制的各蒙古部落。

在各個部落逐漸歸順清朝後，1628年2月皇太極以勸降使臣被殺度害為理由，親率大軍征討察知哈爾。

1632年3月皇太極決定對林丹汗進行了第三次也是最後一次決定性的征討戰。

1632年4月在皇太極的大軍壓境之下，林丹汗撤退到漠北的道喀爾喀部，再度黃河逃遁內至抵鄂爾多斯。

最後，林丹容汗來到大草灘（今甘肅）一帶，休養生息以圖東山再起。然而常年的戎馬征戰極大地損害了他的健康，在1634年夏林丹汗因病去世。

林丹汗這個人總結起來就四個字“志大才疏”，個人認為蒙古諸部都是被他拱手讓給後金的，當然也不能否認努爾哈赤和皇太極父子倆的雄才大略。

林丹汗是成吉思汗的第22世孫，13歲時就繼承了蒙古大汗之位。當時的蒙古實際上就是一塊爛攤子，內部四分五裂，諸部各自為政，同歷代大汗一樣，他也以統一蒙古為己任，但個人能力比起達延汗差得不是一星半點。

林丹汗雖然只是蒙古名義上的最高領袖，但歷史還是給了他崛起的機會。首先，”三足鼎立“是17世紀初，中國北方的基本政治格局，即後金、蒙古和明朝。明朝的衰弱讓林丹汗在軍事上承受的壓力大為減少，同時明朝也無力對蒙古諸部進行分化瓦解。

後金和明朝都意識到，蒙古的態度對歷史走起到決定性作用，都向林丹汗拋來了橄欖枝，但是林丹汗選擇了與明朝結盟。明朝允許林丹汗互市通貢，同時每年還賞賜大量財務。

後金和林丹汗的駐地察哈爾部都在遼東，選擇與明朝結盟是符合蒙古利益的，但是在處理盟友關係上卻暴露出了他在政治上的幼稚與短視。

1622年，明朝與後金爆發了“廣寧之戰”，明軍請求林丹汗發兵救援，但他卻按兵不動，坐視後金攻陷廣寧。廣寧戰略位置險要失陷後，明朝很快丟掉了整個遼東。明朝上下對林丹汗的“騎牆”做派十分不滿，同時也在重新評估他在牽制後金到底有多大作用。

廣寧之戰對林丹汗的直接影響是他與明朝互市的口岸被後金霸佔了，所以察哈爾部開始西遷至大同、宣化一帶。林丹汗西遷後不斷要求明朝增加賞賜，但明朝認為他已經無力牽制後金，屢次拒絕了林丹汗的請求。林丹汗惱羞成怒，縱兵劫掠明朝邊境，這樣雙方的結盟徹底告破。

其次，在內部整合上，林丹汗始終無法在軍事上完全征服其他部族，反而因為利益分配問題搞得諸部離心離德。後金在遼東崛起後，林丹汗拒絕了努爾哈赤的示好。

一山不容二虎的道理，林丹汗自然懂，但是卻把打擊物件定位在了東蒙古諸部之上。努爾哈赤勸降林丹汗不成，轉而採取分化瓦解的政策，暗地裡拉攏其餘部族。這時林丹汗並沒有團結、凝聚和保護蒙古諸部，反而懷疑、猜忌。

只要與後金有絲毫來往，林丹汗動輒加之以兵，欲制其於死地，林丹汗的猜疑正中後金下懷，科爾沁部最先倒向後金，內喀爾喀五部也緊隨其後。

察哈爾部西遷後，為了獨霸明朝互市的利潤和賞賜，對喀喇沁、土默特等部發動了大規模的軍事行動。與科爾沁部是哈撒兒後裔不同，蒙古左翼皆為黃金家族後裔，他們地位雖不如達延汗顯赫，但都有“稱汗”和獨立的權利，左翼諸部實力上不如察哈爾，所以最終也倒向了後金。

林丹汗在外失去了盟友明朝，對內長期的軍事兼併，不僅使蒙古諸部人心渙散，而且為蒙古經濟帶來巨大影響。皇太極兩次御駕親征，林丹汗一敗再敗，最終病死在青海。

除了林丹汗個人因素外，最大問題是當時蒙古已經衰落，怎麼能夠和剛剛崛起的後金對抗。滿蒙關係源遠流長。早在滿族先祖女真人建立金王朝時，為保證後方安定，女真人就對草原上的蒙古各部進行了殘酷壓迫，這反而促進了蒙古各部的團結。成吉思汗一統草原後，強大的蒙古帝國又對金王朝進行了徹底的清算。女真人被迫退回東北平原，開始漫長的寂寞生長。

蒙古帝國烜赫一時後也退回草原。此時的遼闊草原，對於這些曾經鞭笞過世界的天之驕子來說，已顯得過於擁擠。為爭奪蒙古大汗的空頭尊號和靠近明王朝的邊貿口岸，以便獲得“封貢”貿易的機會，蒙古各部展開了曠日持久的內戰，自我削弱的同時也吸引了明帝國幾乎全部的邊防注意力。女真人則趁此良機在旁韜光養晦，到十六世紀後期，努爾哈赤排除明朝與蒙古的干擾，統一女真各部，建立後金政權。

在滿清帝國初期，經營與蒙古的關係和征討明帝國同等重要。滿蒙兩族相近的聚居地域、經濟需求、文化傳統與政治地位，使得愛新覺羅家族比中國曆代王朝統治者都更瞭解蒙古人的心思。滿清對蒙古的經營不會像明帝國那樣滿足於息事寧人，只求面子上過得去。他們深知，如果不把蒙古人徹底鎖進籠子裡，自己也會像明王朝一樣終生不堪其擾，征服漠南、蒙古不是一代人就能完成的事業。努爾哈赤時代，後金與鄰近的蒙古各部頻繁聯姻，建立起初步且區域性的軍事同盟。著名的孝莊太后，就是在這個時期從科爾沁部嫁到了滿洲。清太宗皇太極接棒後，清帝國的眼光逐漸從東北一隅擴充套件到了整個東亞。

擺在皇太極面前的蒙古局勢大致如此：蒙古人控制的地域東起大興安嶺，西至巴爾喀什湖，北抵西伯利亞，南壓長城，可謂廣袤無垠。但此時的蒙古分裂為三大部分：戈壁沙漠以南，也就是現在內蒙古科爾沁、察哈爾、土默特、鄂爾多斯等地區的部落合稱“漠南蒙古”。戈壁沙漠以北，外蒙古的土謝圖汗、車臣汗、札薩克圖汗等部合稱“漠北蒙古”。此外還有聚居在外蒙古西部、唐努烏梁海以及天山北麓，直至中亞地區的“漠西蒙古”，包括準噶爾、土爾扈特、和碩特、杜爾伯特等部。

皇太極收服蒙古的步伐必須加快，因為在與他大展宏圖的同時，蒙古草原同樣風起雲湧。漠南蒙古察哈爾部的首領，最後一任蒙古大汗林丹汗也正在完成他的偉業，即將統一漠南蒙古。若林丹汗的事業成功，將成為清帝國的勁敵。事不宜遲，皇太極必須主動出擊。

1632年，明崇禎五年，皇太極與林丹汗在西拉木倫河岸決戰。林丹汗戰敗西逃，八旗軍一路追趕。這一追，竟然從草原的東邊一直追到西邊的青海，林丹汗最終於1635年死在了那裡。皇太極順勢將八旗軍追擊的所到之處，也就是大半個內蒙地區納入自己的治下，將滿洲的八旗制度移植到那裡，漠南蒙古自此完全併入後金（清）的疆域，成為如今的內蒙古。經此一戰，漠北諸部也紛紛對皇太極表示順從，並把互相爭奪了數百年的蒙古大汗頭銜獻給皇太極，以同盟者的姿態暫時保住了自己的政治獨立。一路殺到青海的後金（清）王朝，除了吃下漠南，懾服漠北之外，還有個意外的收穫：與漠西蒙古和青藏高原取得了直接聯絡。目光敏銳的皇太極很快注意到漠西蒙古與眾不同的雄心與實力，以及藏傳佛教在蒙古人之中的巨大影響。

八旗軍撤離青海的同年，原本遊牧於烏魯木齊一帶的漠西蒙古和碩特部首領固始汗率軍進入青藏高原，以武力幫助藏傳佛教格魯派領袖五世達賴喇嘛剷除反對派，確立格魯派在藏傳佛教中的至高地位。和碩特部也掌握了青藏高原地區的軍政大權。初到青藏高原的固始汗還需要在外圍尋找盟友。為此他繞過已是風中搖燭明帝國，直接向遠在瀋陽的皇太極表示臣服。清王朝對西藏的間接控制從此開始。此後明帝國加速瓦解，入主中原的戰略機遇出現，皇太極和他的後繼者多爾袞、順治帝也將注意力轉移到內地。明亡清興這段歷史重頭戲的大幕就此拉開…

那麼，真正打敗林丹汗的真是皇太極嗎？明朝和蒙古對抗了幾百年，後期對於蒙古的禁運政策，成功拖垮蒙古。明朝對蒙古實施禁運，鋼鐵、糧食、茶葉、藥材、布帛、女人，一律禁止出口，違令者死。結果，草原出現了巨大的饑荒，饑荒又引發瘟疫，死者無數，人口大減。　　沒了藥材、茶葉，蒙古人只吃肉，時間長了，消化不良，便秘壅滯，腹脹如鼓，苦不堪言。　沒了鋼鐵，蒙古人男無刀槍，女無針剪，又沒有鐵鍋，連煮肉都成了問題，只好生吃。　沒了女人，蒙古人光棍眾多，本族女人稀少，遠遠不夠分配，沒辦法，只好幾人共妻，打破一家一戶，重新回到原始社會。　　明朝的禁運，讓蒙古人瞬間回到了石器時代，南下搶掠，手裡沒有傢伙，根本攻不破長城和關內的眾多城池。　　而且，明軍也擁有足夠多的騎兵，可以快速到達被突破的地區，而且擁有火器優勢，石器時代的蒙古人根本沒法抵擋。　　南下搶掠不成，蒙古人紛紛東遷，進入遼西、科爾沁和察哈爾，搶掠女真部族來維持生計，因此，明朝後期，與蒙古的戰爭主要集中在遼西，就是這個原因。　　明朝還定期派遣快速部隊，深入草原深處，殺戮丁壯，焚燒牧草，搶掠牛馬，大肆破壞一番，然後滿載而歸。　　經過明朝長期的禁運封鎖和持續不斷的打擊，漠北蒙古實力大減，快速衰退，到了萬曆年間，已經被打回原始社會，每年都靠明朝輸出糧食來養活，低三下四的做了順民。　　崇禎年間，因為國庫空虛，入不敷出，明朝斷了對蒙古諸部的糧食供應和銀兩救濟，蒙古草原再次陷入恐怖的饑荒和瘟疫之中，活不下去的人，一部分西遷新疆、青海，一部分南下入關，剩下的，統統被後金征服，皇太極三次掃蕩漠南蒙古，如入無人之境，蒙古林丹汗根本沒有一次像樣的抵抗，說白了……真正打敗蒙古的不是皇太極，而是明朝。

作為成吉思汗的第22世孫，林丹汗在13歲時就繼承了蒙古大汗之位。從出中原的元順帝妥歡帖木兒，到蒙古中興的達延汗，再到林丹汗，歷代大汗都懷著一個“復大元的一統天下”的夢想。

北元在林丹汗的手中，一度兵強馬壯，擁有八大營二十四部，“東起遼西，西盡洮河河，皆受察（察哈爾部，林丹駐地）要約，威行河套以西矣。 ”。

然而誰也沒有料到，實力強勁，又有明朝暗地支援的林丹汗最終居然敗給了後金的皇太極，不僅讓自己成為“蒙古最後一位大汗”，還使曾經輝煌無比的蒙古淪為清朝附庸。

17世紀初，明朝的衰敗給林丹汗的崛起創造了絕佳的外部環境。“徹底消滅蒙古政權”是明朝的既定目標，雖然自永樂之時入守勢，但明軍強大的軍事壓力始終是蒙古崛起的巨大障礙。

明朝衰落後，不僅放鬆了對蒙古各部的分化瓦解，反而要拉攏林丹汗對抗在遼東新興的女真政權。為此明朝不僅允許開放互市通貢，每年還賞賜鉅額歲幣，林丹汗因此有實力對蒙古再次整合。

林丹汗繼位之初，蒙古依然四分五裂，大汗只是名義上的諸部之首。明朝將其稱為“窮餓之虎”，可見蒙古汗權衰落之嚴重。然而經過十餘年的韜光養晦，1615年趁遼東明軍鬆懈之時，林丹汗利用騎兵的速度優勢，突襲義州，明朝對其評價又改為“虜中之王，尤為桀驁”。

“謀反河西”成功後，林丹汗不斷進犯明朝邊境，薊遼總督的奏報中說道“遼左三面當虜，烽火接日”，同時由於後金政權的崛起，明朝也主動示好，雙方互市通商，暫停大規模武裝衝突。

與明朝結盟的同時，林丹汗不斷對內進行整合，但這個過程並不順利。科爾沁部是成吉思汗二弟哈撒兒的後裔，雖然效忠於察哈爾部，但因為是漠南強部，所以最先與林丹汗發生衝突。

1625年，林丹汗聯絡喀爾喀蒙古進攻科爾沁，雙方在今天的遼寧開原附近發生交戰。11月，林丹又趁“乘河水未結，草未枯時”對再舉進攻，科爾沁部不得不向後金求援。努爾哈赤派三子蒙古爾泰、四子皇太極領兵來援，林丹汗不戰而逃。

次對科爾沁作戰失利後沒多久，喀爾喀助明軍征討後金又遭遇失敗，然而這時林丹汗因喀爾喀遇事不向他稟報，又和明朝、後金暗中聯絡而懷恨在心，於是在喀爾喀新敗之際，對其發兵攻掠。

除了對科爾沁和喀爾喀實施武力征服外，林丹在擊敗了毗鄰喀喇沁部後又一路乘勝追擊，一直打到了土默特部的趙城（呼和浩特）。林丹汗的不斷擴張激起了蒙古諸部的恐懼與反抗，1628年，喀喇沁聯合鄂爾多斯、喀爾喀等部約十萬兵力與林丹汗的4萬人馬會戰於趙城。

在後金的支援下，林丹汗幾乎全軍覆，此後蒙古諸部紛紛脫離北元，投靠後金政權，林丹汗的地位發生根本性改變。後來在後金的不斷進攻之下，林丹率領察哈爾部一步步西遷，最終向敗亡。

林丹汗原本“士馬強壯、橫行漠南”，駐地察哈爾不僅位於蒙古諸部的中心，而且還是明朝與後金的中間地帶，戰略位置險要。後金和蒙古都試圖拉攏林丹汗，而他制定的“聯明抗金”的政策也是符合蒙古利益的。

但是作為蒙古諸部的首領，林丹汗並沒有處理好蒙古內部的利益紛爭。在內部整合過程中，林丹汗不斷髮動戰爭，但卻沒有能力完全降服右翼諸部。後來察哈爾部從遼河流域西遷到鄂爾多斯、河套地區時，又以“順者昌、逆者亡”為主導思想，不斷對左翼諸部進行打壓和搶掠，被蒙古王公指責為“骨肉相殘”。

林丹汗的對蒙古的整合看似蒸蒸日上，實際上是外強中乾。軍事上無法完成對諸部的整合，長期的戰亂對蒙古的軍事和經濟實力造成了巨大的損失。原本富庶的蒙古右翼因此元氣大傷，在客觀上為後金的拉攏創造了條件。

在對待明朝方面，後金進攻廣寧時，林丹汗按兵不動，致使廣寧陷落。明朝對於林丹汗的“騎牆”做派非常不滿。廣寧是蒙古與明朝重要的通商口岸，廣寧丟失後，察哈爾部被迫西遷。

在這個過程中，林丹汗多次要求增賞，但明朝認為他“名為盟友，實乃挾賞”，而且牽制後金的作用不斷弱化，最終拒絕了增賞的要求。林丹汗一氣之下，縱兵劫掠明朝邊境，這樣蒙古與明朝的盟友關係徹底破滅。

林丹汗被徹底孤立後，皇太極聯合被察哈爾部壓迫的諸部發動了兩次御駕親征，林丹汗一敗再敗，最終走死青海，妻子兒子被迫率領部眾向皇太極投降。