通常治療慢性腸炎，建議使用規範的西醫藥物治療以及改善飲食以及生活方面的習慣來進行糾正。

如果治療慢性腸炎效果不佳，也不建議使用偏方來進行治療。

因為偏方的治療療效並不確切，有可能會有不良反應，影響身體的健康，所以不建議使用偏方來治療慢性腸炎。

慢性腸炎的主要治療方法為抗菌治療和對症治療，大部分慢性腸炎透過積極治療預後良好。

細菌感染：使用抗生素如頭孢菌素、喹諾酮類、紅黴素、慶大黴素、黃連素等；

寄生蟲感染：使用吡喹酮，不良反應包括頭昏、頭痛、噁心、腹痛、腹瀉、乏力、四肢痠痛等，眼囊蟲病患者禁用吡喹酮；

真菌感染：使用制菌黴素和兩性黴素。

腹痛、腸痙攣者：醫生會給予止痙鎮痛藥物，如阿托品、山莨菪鹼等。

腹瀉嚴重患者：醫生會給予蒙脫石散等止瀉治療。

患者出現電解質紊亂：一旦出現低鉀，醫生會給予靜脈或口服鉀鹽等。

嘔吐劇烈時：醫生會給予止吐藥物，如甲氧氯普胺肌注等。

腸道菌群失調：可使用雙岐四聯桿菌、地衣芽孢桿菌活菌等改善腸道菌群。

中醫治療

治療以健脾益氣為主，輔以清化溼熱、調氣活血、斂瘍生肌之品。

建議諮詢大夫系統治療，切勿盲目治療延誤病情。