對於腦部的影像檢查，磁共振是較好的，可以檢查腦實質，側腦室，中線結構，鞍區，雙側乳突，雙側眼球及眼眶，以及部分鼻竇和鼻咽。

大腦是人體當中最為重要的一種組織器官。它包括人體的神經中樞、體溫調節中樞以及呼吸道中樞。大腦的病變直接影響到人體的健康。因此，在檢查大腦的過程當中，核磁共振檢查是最主要的檢查手段。目前來說，檢查方面使用最廣、使用意義最高的檢查方法，基本上可以三維一體瞭解相應的大腦中樞的基本狀況、以及相應病變的大小、分佈和良、惡性狀況。檢查為下一步治療方案的確定提供了很大的依據。核磁共振檢查可以發現大腦的腦梗塞、腦出血、腦膜瘤、腦膠質瘤、腦膜下腔出血等疾病。做了相關的核磁共振檢查，漏診的機率是很低的。核磁共振是一項安全、精細的檢查，特別對於中樞神經系統疾病，如顱腦及脊髓的病變，明顯優於其他檢查方式。對於顱腦疾病，透過腦核磁共振可以觀察到腦實質結構的改變，有無縮窄、佔位、水腫等狀況，能夠提供更多、更準確的鑑別資訊。另外，核磁共振增強檢查對於顱腦內的垂體、腦幹等特殊結構，以及小兒先天性疾病的觀察，優於其他檢查方法。磁共振檢查頭部，對於頭部所存在的絕大部分問題都可以查出來，磁共振對軟組織的檢查更具優勢，如腦頸部是否存在有腫瘤、出血、阻塞或者血管畸形等問題，腦磁共振檢查範圍很廣，比如有腦血管、腦功能檢查、眼眶、鼻子及鼻竇、顳頜關節、耳部。顱頸部的磁共振檢查範圍有鼻咽部、口咽部、喉及甲狀腺、頸部大血管等，檢查這些部位是否有腫瘤、出血等等。

磁共振對人體影響不大，類似輻射的傷害，核磁的作用是不明顯的，只要不是天天照，年年照，就不會有任何副作用，沒有必要佩戴嚴格的防護用具。