在具體操作上，清朝將漢人聚居的支那地區作為直轄領地，並根據以往的支那傳統行政制度加以管理。此外，清朝還將明朝臨時派往地方處理政務的總督、巡撫作為純粹的地方軍政長官常設化並形成定製。

而滿洲地區由於是清朝的龍興之地，因此得到清政府的特別重視，進而被置於嚴密的軍事管理之下。對於蒙古、青海、西藏、新疆等地，清朝則實行被稱為“藩部”的間接統治政策，其具體措施根據各地區的不同特點而大不相同。總之，藩部政策即一方面賦予當地土著以自治權，另一方面則控制其要害，同時施以長期監管。雖然土著首領由皇帝授予官爵和自治權，但清朝仍透過若干巧妙的手段對其內政嚴加控制。這些首領還負有定期向清朝朝貢的義務，而這一規定與日本江戶時代的“參覲交代制”有異曲同工之妙。只有西藏在傳統上由達賴、班禪兩大宗教領袖共同執掌內政，但其軍事、外交事務仍由常駐拉薩的駐藏大臣負責處理。

對於其他實行藩部政策的地區，清朝派遣了大量的大臣、將軍等官員率軍駐紮當地。譬如清朝在今蒙古國的烏蘭巴托便駐有庫倫辦事大臣，在新疆西北部的伊犁地區則駐有伊犁將軍，在新疆南部的喀什還駐有喀什噶爾參贊大臣，等等。

其中伊犁地區作為原準噶爾部的故地而得到清朝的特別關注，因此這裡駐紮了大量的八旗軍隊。此外由於其地處邊境，且生活著大量的滿族人，故而直到今天該地的漢化程度依然很低，幾乎已經失傳的滿語在這裡也得到了很好的傳承。

另外，清朝中央政府在北京還設有總轄藩部事務的政府機關——理藩院。理藩院的前身是清初負責處理內蒙古事務的蒙古衙門。而由清朝首創的這一機構，也充分體現了其作為大中華帝國的多元性特點。理藩院還負責處理與俄羅斯的外交通商事務，即管理由西伯利亞經蒙古前往北京的俄華人以及雙方在西伯利亞與蒙古交界的恰克圖所進行的商貿往來。

清朝擁有1300萬平方公里的遼闊疆域，清代的統治者是如何統治這麼大的疆域的呢？首先，對廣大中原地區，推廣漢化，滿人學習漢族的文化，啟用漢族官員；第二，對邊境地區，如西藏、蒙古採取恩威並施，征討和安撫，同時和親會盟冊封原來的王公大臣和宗教領袖；第三，許多周邊國家成為清朝的藩屬國，擁有如北韓等近二十個藩屬國。