1999年11月20日，經教育部批准，中央工藝美術學院併入清華大學，更名為清華大學美術學院。撤銷基礎部和裝飾藝術系，成立繪畫系、雕塑系、工藝美術系。工藝美術學系更名為藝術設計學系。2012年，“美術學”、“設計學”一級學科獲北京市重點學科。在第三輪全國一級學科整體水平評估中，“設計學”名列第一，“藝術學理論”並列第三，“美術學”名列第四。

目前，美術學院設有染織服裝藝術設計系、陶瓷藝術設計系、視覺傳達設計系、環境藝術設計系、工業設計系、資訊藝術設計系、繪畫系、雕塑系、工藝美術系、藝術史論系、基礎教研室等11個教學單位；綜合辦公室、教務辦公室、科研辦公室、國際合作與交流辦公室、學生與校友事務辦公室、離退休人員事務辦公室等職能部門；培訓中心、清華大學藝術與設計實驗教學中心、《裝飾》雜誌社等單位；清華大學藝術與科學研究中心等4個校級研究中心，另有35個研究所。

具有“藝術學理論”、“美術學”、“設計學”一級學科博士學位授予權，國家級重點學科1個（設計藝術），北京市重點學科3個（設計學、美術學、資訊藝術設計交叉學科）；學術刊物有《裝飾》雜誌、《藝術與科學》叢刊、《清華美術》叢刊、《學院雕塑》雜誌（雕塑系）。

顯然，如果不是重點學科、重點刊物照顧的開的比較晚的學科，會容易一點。如工藝美術、藝術史等。